Az ifjú császárnét nem készítették fel az igen nehéz, komoly feladatokkal járó császárnéi szerepre. A társasági illemet megtanulta, bár Possenhofenben nem kellett sokat törodnie vele. Anyanyelvén, a németen kívül beszélt angolul és franciául. (évekkel késobb tanult meg magyarul és újgörögül.) Európa egyik legkonzervatívabb udvarának etikett eloírásait nem tudta, nem akarta elfogadni. Nem érezte jól magát az "aranykalitká"-ban. Az addig szabad és gondtalan életet élo Erzsébet egyszerre egy zárt, eloírásos világba került, ahol bármit tett, rossz volt, anyósától rettegett. A Zsófia-Erzsébet konfliktus meghatározta a császárné késobbi életét, viszonyát az udvarral.

 Ferenc Józsefet  lekötötötték az államügyek, kevés időt tudott szentelni szerelmének. A császárné népszerűsége az udvarnál vészesen megcsappant, főleg akkor, amikor 1855-ben lánygyermeket szült a császárnak.Erzsébet 1855. március 5-én hozta világra Zsófiát (megh. 1857. május 29-én Budán), 1856. július 12-én  a következo lányt, Gizellát, akiket azonnal elszakítottak tőle. Zsófia a gyermekek szobáját anyjukétól távol, a saját lakosztálya mellett jelölte ki, amely a Hofburg másik szárnyában volt, így ha Sissi látni szerette volna gyermekeit, az egész épületen át kellett haladnia. Emellett soha sem lehetett egyedül lányaival, mindig jelen voltak a főhercegnő udvarhölgyei. A nevelésükbe pedig egyáltalán nem szólhatott bele 1857-ben magyarországi útja alkalmából kieroszakolta, hogy a kis Zsófiát magával vihesse. A már akkor gyengélkedo gyermek Budán súlyosan megbetegedett és néhány nappal késobb vérhasban meghalt (május 29.). E szörnyu élmény hatására Erzsébet szinte "lemondott" gyermekeirol. Zsófia haláláért önmagát vádolta

1858. augusztus 21-én pedig a régóta várt trónörökös, Rudolf. A házasságban fellépo nehézségek miatt hosszabb szünet után 1868. április 22-én jött világra a negyedik gyermek, Mária Valéria, akit "magyar gyermeknek" neveztek, nemcsak azért, mert Erzsébet kívánságára a budai várban született meg, hanem mert magyarul is oktatták. A Magyarországért lelkesedo császárné és királyné Mária Valériát kedvenc nemzetének szánta ajándékul. Pontosan tíz hónappal azután született, hogy férjét, Erzsébet nagy erofeszítései árán, magyar királlyá koronázták..