A harmadik évadban Michael, Mahone, Bellick és T-Bag társaságában ismét börtönben raboskodik, ezúttal Panamában. Ezt a fegyintézetet kívülről őrzik, hogy könnyebben elejét vegyék a lázadásoknak.
A Cég egyik embere, Gretchen Morgan zsarolja Lincolnt a fiával és Saraval. Ha élve akarja őket viszontlátni, cserébe Scofieldnak ki kell hoznia a börtönböl James Whistlert, aki a börtön alatti csatornahálózatban rejtőzködik a panamai igazságszolgáltatás elől. Aki megtalálja a férfit, az kiszabadulhat a börtönből. Mahone mindent bevet annak érdekében, hogy ő találja meg előbb Whislert és kiadja a helyi drogbárónak, Lecheronak.
Időközben Lincoln kapcsolatba lép Whistler barátnőjével, akitől kap egy kulcsot, amellyel egy bankletét ajtaját lehet kinyitni. Az ott talált könyvet Lincolnnak át kell adnia a Cégnek. A férfi azonban ragaszkodik hozzá, hogy előbb láthassa Sarat és a fiát különben Scofield nem hozza ki Whistlert a börtönből. Eljuttatnak hozzá egy fényképet, amin Sara egy friss újságot tart a kezében. Lincoln úgy érzi Sara mondani akar valamit, ezért megszerzi a börtön egyetlen mobiltelefonját, hogy felhívhassa a nőt. Sikerül kiderítenie, hogy hol tartózkódnak, ám mire odaér az elrablók odébbállnak. Morgan figyelmezteti, hogy nem érdemes ilyenekkel próbálkoznia és eljutatt egy csomagot a hotelszobájába, amiben Sara levágott feje található.
Ezzel egy időben T-Bag megöli Lechero egyik emberét, hogy átvehesse annak munkáját, mint drogdiler. Scofield Mahone számára is felkínálja a menekülés lehetőségét, ám azzal a rejtegetett szándékkal, hogy idővel átvágja. Mahone azonban rájön a dologra és késsel próbálja megfenyegetni Scofieldot.
Egy sikertelen szökés alklamával T-Bag, Bellick és Lechero lebukik. Mahone, Whistler, Scofield és Luis kihasználják a helyzetet és lelépnek a kerítésen keresztül. Scofield ezután egy múzeumban megszervez egy találkozót, hogy kicseréljék Whistlert Lincoln fiára és Sofiara. Miután Lincoln visszakapja a fiát, Scofield bosszút esküszik Gretchen ellen, mert az megölte Sarat. A harmadik évad végén T-Bag megöli Lecherot, aki pénzt szerzett neki, hogy megvesztegessék a korrupt börtönőröket. |