Lincoln Burrowst azzal vádolják, hogy megölte az Amerikai Egyesült Államok alelnökének testvérét. Egy videofelvétel és az ujjlenyomatok a gyilkos fegyveren mind ellene szólnak, ezért villamosszék általi halálra ítélik. Lincoln kivégzése napjáig a Fox River fegyintézetben kénytelen raboskodni. Testvére, Scofield szentül hisz fivére ártatlanságában és elhatározza, hogy kihozza bátyját a börtönből. Mivel Scofield statikusként részt vett az intézet átépítésében, könnyen hozzáférhet a tervrajzokhoz is. Azonban egy igen bonyolult alaprajzról van szó, ezért azt motívumnak álcázva rátetoválta teljes felsőtestére. Miután eltüntette maga után terve nyomait, szándékosan kirabol egy bankot, hogy később már elítéltként könnyebben bejuthasson a Fix Riverbe és ott megkezdhesse terve megvalósítását.
A fegyintézetben viszont ideje korán meggyűlik a baja az ex-maffiavezérrel, John Abruzzival. Scofield úgy dönt, nem késlekedhet, ezért beavatja terveibe a maffiózót.

Az idő előrehaladtával újabb tagok felvételére kerül sor, mint Theodore Bagwell, Benjamin Miles Franklin, Fernando Sucre és Charles Westmoreland. Az egyetlen menekülési útvonal a gyengélkedőn át vezet, viszont abban az épületben van az őrök társalgója is. Ezért Westmoreland tüzet csinál a helységben. Az estet követően a foglyokra bízzák a romok eltakarítását, akik a renoválás ideje alatt megássák azt a föld alatti alagutat, amely egyenesen elvezi őket a gyengélkedőhöz. A terv szerint még Lincoln kivégzésének végrehajtása előtt megszöknek. Ám röviddel a kezdés előtt Lincoln váratlanul leüt egy őrt, hogy megakadályozza tervük leleplezését. Büntetésből magánzárkát kap, így a menekülés számára lehetetlenné válik. Egyetlen megoldásként ételmérgezést színlel, hogy bekerülhessen a gyengélkedőbe és onnan csatlakozhasson a többiekhez. Ott viszont kicserélték a szellőzóaknát, a szabadulás esélye pedig egyre reménytelenebbé válik. A kivégzés előtt nemsokkal a bíró hirtelen felfüggeszti az ítéletvégrehajtást, Scofield ennek hatására idegösszeroppanást színlel, hogy bekerülhessen a börtön pszichiátriájára.

Mindeközben Lincoln ügyvédje és egyben ex-barátnője Veronica Donovan azon dolgozik, hogy törvényes úton leleplezze a gyilkosság körüli összeesküvést, így akadályozva meg az ítélet végrehajtását. Két titkos ügynök, Paul Kellerman és Hale ellenben mindent megtesznek azért, hogy ez ne sikerüljön az ügyvédnőnek. A kivégzés felgyorsítása érdekében még a kormányzót, Frank Tancredit is megzsarolják.

Sara, a kormányzó lánya és egyben a börtön orvosa megkedveli Scofieldot és beavatást nyer a csapat terveibe. Segítkezik a szökésben is, azzal hogy nyitva hagyja a gyengélkedő ajtaját. Ezzel egyidőben viszont az ügyvédnő rájön, hogy a meggyilkolt férfi valójában nem halt meg, így Lincolnt sem ítélhetik halálra.