Zsarolási hadjárat:Michael, Mahone, Zsebes és Bellick egy bizonyos Sona nevű börtönbe kerül, amit egy lázadás óta csak kívülről őriznek. A börtön feketebőrű "nagyfőnöke", Norman St. John/Lechero különböző bánásmódban részesíti a négy új elítéltet. Eközben Lincoln Sara után nyomoz.

Tűz és víz:Michael beszél a csatornában élő James Whistlerrel. Zsebes Lechero mellé szegődik, Mahone pedig megkísérli feláldozni Whistlert, hogy kijuthasson a börtönből. A Sona vízkészletét elzárják, ami konfliktusokhoz vezet. Sucre Maricruz nyomára bukkan. Lincolnt megzsarolja egy Gretchen Morgan nevű nő a Cégtől: ha Michael nem juttatja ki a börtönből Whistlert, megölik az elfogott LJ-t és Sarát.

A kapcsolat:Michael beszélni akar Sarával telefonon, ezért Zsebes segítségét kéri. Lincoln megtalálja LJ-t és Sarát, ám a Cég emberei elmenekülnek a két tússzal. Mahone rossz híreket kap ügyvédjétől, míg Bellick ellenséget szerez magának a börtönben.

Beszervezés:Sucre és Whistler barátnője, Sofia segítséget ajánl Lincolnnak. Michael beveszi Mahone-t is a szökésbe, akit a gyógyszere hiányában Zakkant szelleme kísért. Susan elhiteti Lincolnnal, hogy végzett Sarával és elküldi neki egy levágott nő fejét. Zsebes egy gyilkossággal feljebb kerül a ranglétrán. Sucre áll a Sona Susan által meggyilkolt sírásójának helyére. Michael majdnem kihúzza a gyufát Lecherónál.

Zavaró tényezők:Lincoln eltitkolja Michael elől Sara halálát. Új rab érkezik a börtönbe, aki azt állítja, ismeri Whistlert. Sucrét Augusto, Lechero unokatestvére környékezi meg. Michaelék elveszítik cellájukat. Mahone-nak értékes információi vannak a szökéssel kapcsolatban.

Célfotó:Mivel veszélyezteti a szökést, Mahone megöli az új férfit, így a börtönben ismét konfliktusok kezdődnek. Miután megtudja, hogy Sara halott, Michael kihívja Whistlert egy ál-párbajra. Mahone egy ajánlatot kap az FBI-tól.

Életben maradni:Michael és Whistler belevág a szökésbe, ám az őrök miatt kénytelenek lesznek visszamászni. Kényszerpárbajba kezdenek, amit később a katonaság zavar meg. Mahone beleegyezik a Cég elleni tanúskodásba. Lechero is beszáll a szökésbe.

A tisztító tűz:Susan megbízza Whistlert, végezzen Michaellel. Miután ez nem sikerül, a Cég megtámadja helikopterekkel a börtönt, hogy kihozzák Whistlert. Az akció nem sikerül, Michael pedig bajba kerül: a katonaság valamiért kihozza a börtönből. Lincoln, Sucre és Sofia élete veszélyben forog Susan emberei miatt.

A trónkövetelő:Scofield és Whistler elmond mindent a szökési kísérlettel kapcsolatban Zavala tábornoknak, aki elfogja Susant, mialatt a nő Lincolnnal találkozik. Sucre Augusto megbízására ismételten dobozt csempészik be Sammynek a börtönbe, aki Lecheróval többször összetűzésbe keveredik. Mahone visszakerül a Sonába, miközben Bellicket párbajra hívják. Zavala magánakciója váratlan fordulatot vesz: Susan végez vele és egy őrrel, majd megszökik.

Hatalomátvétel:Sammy átveszi a hatalmat a börtönben, és hajtóvadászatot indít Scofield után. Míg Zsebes azon ügyködik, hogy bekerüljön a szökésbe, Bellick vakmerő lépésre szánja magát - szintén a csapatba kerülés miatt. Lincoln, Sucre és Sofia azon ügyködik, hogy tudják kivonni a forgalomból Susant. Sammy és bandája megtalálja Michaeléket, ám végül Lechero segítségével "leölik" a bandát.

Startra készen!:Egy vihar miatt Michael előbbre hozza a szökést. Lincoln és Sucre a szökést készítik elő, ám a hatóságok valamiért elfogják Sucrét. A szökésbe a fiatal McGrady is beszáll. Eljön a szökés ideje, ám a csapat két felé szakad: Lechero, Bellick és Zsebes akar ugyanis előbb kimászni.

Menny és pokol:A szökés során Lecherót meglövik, majd Bellickkel és Zsebessel együtt visszaviszik a börtönbe. Michaeléknek sikerül megszökniük, majd találkoznak Lincolnnal. Sucre kilétére rájönnek a hatóságok. McGrady apjával folytatja tovább útját, míg Michaelék a Cég elől menekülnek. Mikor Lincoln végezni akar Mahone-nal, Whistler ellopja az autójukat.

Lezáratlan ügy:McGrady hazajut családjához. Sucrét brutálisan megverik a börtönőrök. Zsebes megöli Lecherót és átveszi a hatalmat a Sonában. Michael és Lincoln elfogják, majd kicserélik Whistlert LJ-re, ám Gretchen emberei lövöldözni kezdenek és Sofia megsebesül. Mahone Whistler és Gretchen szolgálatába áll. Michael elindul, hogy bosszút álljon Saráért.