1.évad:Lincolnt Terrence Steadman gyilkosaként ismerhetjük meg, aki a kivégzésére vár a Fox Riverben. Minden vádpontban bűnösnek találták, a fellebezéseit visszautasították. A kivégzés időpontját 2005.május 11-re tűzték ki.

Miután Michael is bekerült a börtönbe, Lincoln bekerül a Börtön Munkára, ahol minden nap találkozik öccsével. Keményen dolgozik, hogy kijuthasson, ám egy alkalommal leüt egy őrt, nehogy rátaláljanak az őrök szobáján ásott lyukra. Mikor egy busszal elindul, hogy a gyilkossági kísérlettel vádolt fiával, LJ-vel találkozzon, a CÉG egyik embere, Paul Kellerman próbálja őt megölni. Ekkor apja, Aldo Burrows menti meg és elmeséli, miért őt ültették fel Steadman meggyilkolásával. Miután visszakerült a Fox Riverbe, társaival együtt sikeresen megszökik a börtönből.

2.évad:A szökés után öccsével együtt menekül a hatóságok elől, majd Westmoreland pénze után kutat. Később megtudja, hogy LJ-t szabadon engedik, így különválik Michaeltől és felveszi a fiát. Később kénytelen különválni LJ-től, majd az apját is megölik. Miután megszereznek egy felvételt, ami felmenthetné őt, megtudja egy szakértőtől: mivel ez csak másolat, nem tudnak vele mit kezdeni. Michael és Linc azonban megzsarolják vele az elnökasszonyt, ám hiába. Mivel nincs más esélyük, Panamába menekülnek, de oda is követi őket a CÉG. Michaelt elfogják, ám Lincolnnak sikerül elszöknie az ottani hatóságok elől.

3.évad:Michael-t egy Sona nevű börtönbe zárják, LJ-t és Sarát pedig elfogja a CÉG. Lincolnt egy Gretchen Morgan/Susan B. Anthony nevű nő megzsarolja, hogy szöktessen meg öccsével egy James Whistler nevű férfit a börtönből. Miután megpróbálja átvágni őket, Sarát megölik, így Linc kénytelen Michaellel elvégezni a feladatot. Miután Michael, Mahone, Whistler és McGrady kijutott a börtönből, Linc bosszút akar állni Mahone-on apja halála végett, ám a volt FBI ügynök elmenekül. Miután a csere lezajlott a CÉG-gel és LJ újra vele lehet, megpróbálja megállítani Michaelt, hogy az megbosszulja Sarát, ám sikertelenül.

4.évad:Lincet először még Panamában láthatjuk, ahogy reggeliznek Sofiával és LJ-vel. Michael felhívja telefonon és közli vele, hogy Sara életben van. Miután összetűzésbe keveredik a CÉG egyik ügynökével és megöli a férfit, letartóztatják és visszaszállítják az Államokba, Michaelhez. A testvérével, Sucréval, Mahone-nal és Bellickkel együtt választás elé állítja őket egy Donald Self nevű nemzetbiztonsági ügynök: vagy segítenek neki a CÉG ellenében, vagy mennek vissza a börtönbe. A második epizódban a bandával megteszik az első lépést, amikor is megszereznek egy merevlemezt az egyik ügynöktől, ám később kiderül, hogy ez csak az egyik lemez a hatból, ami a CÉG fekete könyvéhez kell. A következő részben miközben próbálnák megszerezni az újabb kártyát, az akciót váratlanul lefújják, és Self ügynök el akarja őket kapni. Később ez sikerül is neki, de Michaelnek köszönhetően mégiscsak folytathatják az akciót. Miután megtudja, hogy Mahone kisfiát megölték, biztosítja Alexet a segítségéről és hogy meg fogják találni a fia gyilkosát. A negyedik epizódban Linc Los Angeles-i rendőrnek adja ki magát Michaellel és Mahone-nal együtt, hogy a következő kártyaőr közelébe férkőzhessenek, de kiszúrja őt a CÉG egyik ügynöke. Miután sikerült megölnie a férfit, visszamennek a titkos raktárba, hogy megtudják, mit tartalmaz a második kártya, aminek megszerezték a tartalmát.