1x12 | Odd Man Out
Michael az öltönyéből egy belevarrt nylonzsákot és egy kötelet vesz elő. Az öltönyt a zsákba rakja, a zsákra ráköti a kötelet, és eltömíti vele egy akna lefolyóját. C-Note tudomást szerez róla, hogy túl sokan vannak a szökéshez. Ezt az információt továbbadja a többieknek. T-Bag ekkor nincs ott, így őt akarják kihagyni. Éppen akkor lép be, és elmondja, baj lesz, ha őt akarják kihagyni a szökésből, mert amennyiben egy kinti emberrel nem lép kapcsolatba bizonyos időpontokban, az bejelenti a szökést a rendőrségen. C-Note elkezdi magyarázni Sucrénak, hogy bizonyára őt nem akarja Michael magával vinni, ezért nem mond neki olyan sok dolgot el a szökésről. T-Bag eközben Westmorelandet igyekszik meggyőzni, hogy tegyen le a szökésről. Michael elmagyarázza a csapatnak a házassága okát, de nem igen figyelnek rá. Sucre találkozik Maricruz-szal, akiről kiderül, hogy terhes. Ám Hector megkérte a kezét és úgy néz ki, hajlik rá, hogy igent mondjon. Abruzzi kideríti T-Bag külső kapcsolatának kilétét (James Bagwell) és megnyugtatja Michaelt, hogy ráállít egy embert, hogy az illetőnek ne legyen módja telefonálni. Később azonban kiderül, a dolog nem zajlott simán, az illető és egy kisgyerek is meghalt. Ez utóbbi hatására Abruzziban bűnbánat ébred – mivel neki is van gyereke -, amely még álmában is kísérti. Később a börtön lelkészével beszél. Nicket kórházba vitték, de előtte a golyót kiszedték a sebből. Ám az orvos figyelmezteti Veronicát, hogy meg kell mondania, hogy milyen körülmények közt lett meglőve. Ezalatt a velük levő L. J. a helyi napilapból értesül édesanyja temetéséről, és szinte azonnal eltűnik a kórházból. Kellerman utasítására társa, Hale ekkor már várja, majd követi vissza a kórházhoz, és elmegy Nick kórterméig, ahol Veronica meglátja. Láthatóan elhatározásra jutott, feleségével arról beszél, hogy el kéne utazniuk, de nem mondja meg az igazat, hogy miért, Veronicát pedig felhívja, és névtelenül felajánlja az információit. Bellick tudomást szerez az óratolvaj kilétéről, és felajánlja Tweenernek, hogy ha információkat ad a Scofielddel bonyolított beszélgetéseikről, akkor nem kap büntetést. Michael időközben egy időre megnyitott egy csapot, amelynek eredményeként a korábban említett akna megtelt vízzel, így amikor legközelebb ott jár, fel tud jutni annak tetejéig, és kimászni a rácson. Eközben vitte a kötél végét is, amit most megrántva kihúzza a lefolyót eltömő zsákot és a víz lefolyik. A kötelet ráköti a rácsra, amit visszatesz és lemászik. Eredmény: egy kötél, amin lehet közlekedni az aknában függőleges irányban. Abruzzi bandájával korábban megbeszélte, hogy elintézik T-Baget. Amikor ennek az ideje eljön, Abruzzi szentimentális rohamában megbocsát T-Bagnek, megesketi, hogy kiszáll a szökésből, ezért cserébe nem mélyeszti bele a nála levő fél ollót. Azonban T-Bag, amint Abruzzi elfordul, előkap egy borotvapengét és Abruzzi véres torokkal fekszik a padlón, egy mentőhelikopter viszi őt kórházba. A felújításon dolgozó Sucre és társai áttörik a csövet, ám Michael, akinek ott kéne lennie, késik. Ezért Lincoln azt a feladatok kapja, hogy a közeledő őröket feltartsa. Ez csak erőszak árán sikerül, így magánzárkába viszik, ahonnan ezek után elég nehéz lesz megszöktetni.

1x13 | End of the Tunnel
Abruzzit mentőhelikopterrel szállítják egy chicagói kórházba, mert T-Bag egy borotvapengével megvágta Abruzzi torkát. Mialatt kiviszik a helikopterhez, eszméleténél van. Pope közli Michaellel, hogy a kivégzésig Lincolnt nem láthatja. Michael emiatt el szeretné halasztani a szökést, ám erről C-Note és T-Bag hallani sem akar. Ha úgy adódik, ők a következő börtönmunka alkalmával akár Michael nélkül is szöknek. Sucre és Westmoreland szintén hajlik erre. A cellájában Michael belevág a kezébe a tetoválás által jelzett helyen egy borotvapengével, és a bőre alól egy apró papírgalacsinban elhelyezett fekete golyócska kerül elő. Miután a doktornőtől távozott a kötözés után, láthatjuk, hogy egy karbantartó figyelmét felkelti az orvosi szoba lefolyójának rácsa. Mindkét testvérnél hosszú ideig ott van a lelkész, és Michael megkéri, hogy egy olvasót adjon át bátyjának. Ebbe rejtette bele a galacsint egy papírdarabbal együtt, amelyre az "edd meg 8:10-kor" utasítást írta. Veronica elhatározza, hogy elmegy a névtelenül telefonáló Hale által kezdeményezett találkozóra. Nick szeretné lebeszélni, ám nem hallgat rá. A találkozó előtt a börtönnél jár, ahol interjút ad az éppen ott levő tévéseknek. Megnevezi az áldozatokat és megemlíti, hogy belső informátora van, bár ekkor még nem találkozott Hale-lel. A találkozón Veronicának Hale elmondja, hogy Steadman él, azonban nem tud minden információt átadni, ugyanis megérkezik Kellerman, aki - miután véletlen hozzákerül a levél - lelövi Hale-t. Az egésznek szemtanúja volt Veronica. C-Noteról megtudjuk, hogy kislányának és a feleségének azt hazudta, hogy a tengerentúlon szolgál katonaként. Telefonon beszél a bátyjával is és a járműve után érdeklődik. Úgy tűnik, a kiesett Abruzzi helyett immár C-Note szervezi a falakon túli menekülést. Michael beleegyezett a szökésbe, azonban azt legkorábban este 9 órakor kezdhetik el, amikor sötét van. A börtönmunka viszont 5 órakor fejeződik be, így valami ürügyet kell találni, hogy a pihenőben maradhassanak a börtönmunka keretében. Ezért kalapáccsal belevernek egy vízvezetékbe, így addig kell ott maradniuk, amíg meg nem szerelik a sérült csövet. Lincoln 8:15-kor megeszi a gyógyszert, aminek hatására rosszullét fogja el, hányni kezd. Átszállítják a betegszobára. A doktornő szerint ételmérgezés. Felajánlja, hogy vele marad, ám Lincoln ezt elhárítja, így sikerül egyedül maradnia. C-Note emberei egy furgonnal, felnyitott motorháztetővel várakoznak a szökevényekre a börtön mellett, de az arra járó őrök elküldik őket. "Találkozunk a túloldalon" – mondja Michael és előreindul a csőben, utána a többiek. Felmásznak az aknán az orvosi szoba alatt levő helyiségbe. De a régi, vegyszerrel kilyukasztott cső helyére egy új, erős csövet szereltek be, így lehetetlen a szökés. Egy őr meghallja az orvosi szoba alatti helyiségből kiszűrődő zajokat.

1x14 | The Rat
A sikertelen szökési kísérlet után késsel fenyegeti T-Bag Michaelt, de belátja, hogy akkor sem fog tudni szökni. Az egyik őr eközben figyelmes lesz a gyengélkedő alatti teremből kiszűrődő zajokra. A fegyencek nem buknak le, az őrök pedig a megtalált cső odakerülésének módján tanakodnak. Elbújnak a szekrények között, majd lemennek oda, ahonnan jöttek. Bellick felfigyel a pihenőszoba előtti gipszkartonokra, és bemegy megnézni a börtönmunkás csapatot, akik közül hiányzik Westmoreland, mert nem tudott idejében feljönni az alagútból. Amikor újból bejön, hogy szóljon a megfogyatkozott társaságnak, már ott van Westmoreland. Már csak 16 óra van hátra a kivégzésig, amikor tévériporterek Pope börtönigazgatót kérdezik az elkövetkezendő eseményekről: Lincoln ügyvédei kérelmet fognak benyújtani. Pope börtönigazgató elmondja, általában a halálbüntetés ellen van, szerinte semmi nem indokolhatja, hogy valakinek az életét kioltsák. Michael Sara Tancredi-hez megy, és kéri őt, beszéljen az apjával, a kormányzóval, és kérje meg, hogy olvassa el Lincoln kegyelmi kérvényét. Lincolnnal már nem találkozhat a kivégzés előtti utolsó vacsoráig. Megtudja a doktornőtől, hogy az apja a halálbüntetés mellett foglalt állást, és a lányára semmiképpen nem fog hallgatni, nem is szereti azt, hogy a börtönben dolgozik. Nick Savrinn egy barátjától, Lyle-tól segítséget kér: próbáljon meg kicsikarni egy kihallgatást Kessler bírónál. Wetsmoreland ismét remek ötletet ad Michaelnek: ha valami nem lenne rendben a villamosszékkel, új halálos ítéletet kell írni, új orvosi igazolásokat kell beszerezni, így a kivégzés három héttel eltolódna. Sara Lincoln zárkájában elmondja, hogy ő is felügyelni fogja – most először – a kivégzést. Azt is tudatja Lincolnnal, hogy Michael nagyon szeretné látni, de nincs rá mód. Michael ezúttal ismét fényes nappal megy be a falak mögé. Egy valami eledelfélét visz, és az erre ráharapó patkányt elkapja. Tweener jelenti Bellicknek, hogy Michael valamin töri a fejét a három hetes halasztás érdekében. Bellick elmegy a villamosszékhez, próbaképpen beindíttatja és az valóban nem működik. Lemennek Gearyvel megnézni, hogy mi a probléma. Látják, hogy egy patkány került a kapcsolókhoz. Veronica és Nick a bíróságon próbálnak halasztást kérni. Kessler bíró egyelőre nem tud ítéletet hozni, mivel senkinek nincsen semmilyen bizonyítéka, csak megsemmisült bizonyítékok, meggyilkolt tanúk. A villanyszerelőnek papírmunkát kellene végezni az elromlott biztosíték cseréjéről, de Bellick meggyőzi, hogy ezzel csak egy gyilkosnak, ráadásul az alelnök testvérének gyilkosának adna időt. A szerelő kicseréli a biztosítékot, bár ez mindannyiuk állásába kerülhet. Veronicáékhoz megérkezik Sara, aki később beszél az apjával, és odaadja neki Lincoln aktáját. Lincolnt a villamosszék felé vezetik, amikor telefonhívást kap Pope. A kormányzó hívja, de nem ad kegyelmet. Később láthatjuk, hogy Reynolds alelnök gratulál Tancredi kormányzónak. Lincolntól végző búcsút vesz Veronica és Michael, majd a villamosszékhez viszik őt.

1x15 | By the Skin and the Teeth
Lincolnt beszíjazzák a villamosszékbe. Ő próbálja elmondani Michaelnek, hogy forduljon hátra, mert ott van az apjuk, de Michael nem érti, mit akar mondani. Ezután a villamosszék melletti melléknél megcsörren a telefon. A figyelő elé függönyt húznak. Nem sokkal később Lincoln kijön élve. Michael elmondja Lincolnnak, hogy nem látta azt a férfit, pedig Lincoln szerint valóban ott ült a figyelőben. A kivégzést Kessler bíró halasztotta el, mivel új bizonyítékokat kapott. Reynolds alelnök, Kellerman és Samantha Brinker azon gondolkoznak, hogy ki adhatott a bírónak bizonyítékokat. Ha Hale ügynök lett volna, akkor már a kivégzés előtti utolsó tárgyaláson bemutathatta volna azokat Veronica. Így valószínűleg a Cégből volt valaki. Kessler bírónál van a két peres fél, és a bíró egy régi orvosi leletet kapott Steadman vakbeléről: 12 éves korában megműtötték a vakbelét, de a boncolási jegyzőkönyv szerint az sértetlen volt. Ezért 2 héttel elhalasztja a tárgyalást. A bizonyítékok esetleg hamisak is lehetnek, mivel az eredeti dokumentumokat már nem őrzik meg a kórházak ennyi időre visszamenőleg. Pope-tól megkérdezi Lincoln, hogy ki volt a férfi a figyelőben. Az egyetlen férfi a Headline Press újságírója, William Prall. A cellában Michael másik menekülési útvonalat keres, de ez a B-terv felér egy öngyilkossággal, annyira veszélyes, viszont a régi úton nem mehetnek, mert gyanús lenne, ha megint kilyukadna ugyanaz a cső. A Fox Riverben havazik. A börtönmunka alatt Michael ismét eligazítást tart: ugyanúgy az őrök pihenőjéből indulnak majd, és a gyengélkedőig kell eljutniuk. Ehhez mindenképpen be kell jutniuk az elmegyógyintézetbe. C-Note elmagyarázza, hogy azt a helyet, ahol feljönnek a csatornából a felszínre, három toronyból is látni lehet, így könnyen észrevehetik őket. Sucrének ezzel kapcsolatban egy ötlete támad. Steadman testét exhumálják későbbi vizsgálat céljából. Steadman koporsóját rossz állapotban találják, ugyanis „zöld” temetése volt – környezetbarát módon temették el, így hamar lebomlik a koporsó és benne a test, ami Lincoln ügyvédei szerint kiváló módszer akkor, ha a holttest későbbi azonosítását meg akarják akadályozni. Sucre egy szívességet kér unokatestvérétől, majd mindkettő a másik bűneit sorolja fel, amit mindig titokban tartottak. Ezután átvisz egy csomagban egy ruhát, amiről később kiderül, hogy egy őr egyenruhája. Az őrök pihenőjében C-Note munka közben elejt egy iraki képeslapot, amit Westmoreland észrevesz, és odaadja neki. T-Bag jelzi egy őr, Bellick közeledtét, de ezután nem sokkal C-Note észrevesz valamit a gipszkarton burkolaton, és hozzányúl. Elkezd belőle ömleni a cement, amit kiástak a lyukból. Bellick bejön megnézni, hogyan megy a munka. Látja, hogy elég lassan, így C-Noteot rendreutasítja, viszont ő ellenkezik, mivel lábával éppen a csorgadozó cementet nyomja. Westmoreland ellöki, majd felszólítja munkára. Bellick még meg is dicséri ezért, hogy még maradt valami jó is benne. Amikor az őr kimegy, a fal kiszakad, kiömlik a sok kavics. Közvetlenül ezután két őr azon vitatkozik, hogy Art Schlicter melyik iskolába járt. T-Baget megkérdezik, de kapásból nem tud rá válaszolni. A két őr be szeretne menni a belső szobába is, hogy megkérdezzék a többi munkást, akik még a kiásott lyukba lapátolják vissza cementet. Zsebes ekkor kiböki, hogy ohiói volt. Az őrök erre megnyugszanak és elmennek. Sara újra megvizsgálja Lincolnt, aki megkérdezi tőle, hogy a villamosszékben ülve láthatott-e olyan dolgokat, amik nem voltak ott - mert már kételkedik abban, hogy tényleg az apját látta-e, aki sok évvel azelőtt eltűnt. Westmoreland és C-Note megbeszélik, hogy mindketten a lányaikhoz fognak menni. C-Note titkolja a családja elől, hogy börtönbe került, ezért iraki képeslapokat ír, és elküldi Irakba egy ismerősének, aki Irakból postázza azt a családnak. Lincoln visszaemlékezik egy nevezetes baseballmérkőzésre, ahol a 11-es számú játékost is ugyanúgy Prallnak hívták, ahogy az újságírót a kivégzés megfigyelőszobájában. Michael magyarázza Sucrénak a Fox River csöveinek történetét, és újra lemegy szétnézni a WC mögé. A Manchétól kapott egyenruhát magával viszi, és a csatornafedélen keresztül már abban megy ki. Az egyik toronyból rávilágítanak, de úgy gondolják, egy őr az. Bemegy az elmegyógyintézetbe, és azt mondja, a mosdóba szeretne menni. A folyosó végén lévő ajtó után jobbra kellene mennie, de ő balra megy, hogy szétnézzen. Talál egy fedőt, ami a karbantartókhoz vezet. A portás megtalálja őt, de nem lesz belőle semmi baj, hiszen a kékruhások, a köztörvényes bűnözőknél lévő őrök ritkán járnak ide be, így nem ismeri a portás az arcokat. Veronica és Nick az orvossal és a másik fél ügyvédjével a tetemet vizsgálják, kiderül, hogy a fogak lenyomata azonos, így úgy tűnik, valóban Steadmant temették el. Kifelé menet szembetalálják magukat Reynolds alelnökkel. Sucre egy tükörrel néz ki a rácson, és látja, hogy már mindjárt ott van az őr a cellájuknál létszámellenőrzésre. Michael most már anélkül eljut a karbantartókhoz, hogy fel kellene mennie a felszínre. Az egyik őr, Mack éppen akkor jön le. Bár nem veszi észre Michaelt, de Michael háta egy forróvizes csőhöz nyomódik, ami égetni kezdi, de ő csendben marad, hogy ne vegye észre az őr. Sucréhoz éppen odaér az őr, de nem veszi észre a létszámhiányt. Ekkor kopog Michael a WC-n. Az égett ruhát le kell venni, mivel egy része beleégett a bőrébe. Michael hatalmas fájdalmat él át, miközben Sucre letépi róla a ruhát, és az orvosi rendelőben tér magához. Sucrét az igazgató és Bellick faggatja az eseményekről. Csak ő égethette meg cellatársát, mivel csak ketten voltak a cellában. Sucre azt hazudja, hogy éjjel ő már így talált rá, és már az utolsó sorakozónál is furcsán viselkedett. Sara Michaelt kérdezi erről, ő azt válaszolja, hogy nem Sucre volt. Sara telefonál a másik doktornőnek, Katie-nek, mert a sebben furcsa ruhanyomokat talál. Lincolnhoz bejött Veronica. Lincoln elmeséli neki, hogy az apját látta a kivégzésen, és most William Prallnak hívják. Veronica azt mondja, hogy csak a feszült idegállapot miatt képzelte oda. Samantha Brinker Paul Kellermannel elemzik a bíró irodájának videofelvételeit. Samantha felismeri a videón látható férfit. Sara Katie-nek magyarázza, hogy egy kis darabot operált ki Michael bőréből, és az egy őr ruhájából származik. Michael megnézi a tükörben a hátát, és látja, hogy a térkép egy része az égeskor megsemmisült.

1x16 | Brother's Keeper
Ez a rész visszamegy az időben és bemutatja a rabok korábbi életét.
  • Lincoln és Michael : a kezdő jelenet bemutatja a két testvér feszült viszonyát és Michael Lincoln iránt érzett keserűségét. Miután Michael elmegy, Lincoln elmegy egy drogkereskedő lakására, aki közli vele, hogy a 90 000 dolláros adósságának kiegyenlítéséhez meg kell ölnie egy embert, de nem mondják el neki, hogy az Steadman, az alelnök öccse. Órákkal később Lincoln elhatározza, hogy meghúzza a ravaszt, és megöli az autóban lévő Steadmant, de megdöbbenve veszi észre, hogy már érkezése előtt megölték a kiszemelt áldozatot. Lincolnt hamar elkapták és letartóztatták gyilkosságért. A letartóztatás után Michael csalódottságát fejezi ki Lincolnnak. Lincoln bizonygatja, hogy ő nem ölt meg senkit. Michael tájékoztatja, hogy sokan úgy gondolják, volt indítéka megölni, mert Steadman cégénél, az Ecofieldnél dolgozott, ahonnan néhány hete kirúgták. Veronica szemrehányást tesz Michaelnek, amiért nem érti meg bátyját, és azt mondja, Lincoln nem olyan, mint amilyennek hiszi. Elárulja, hogy Lincoln a 90 000 dollárt Michael számára kérte kölcsön, de úgy adta neki, oda, hogy az anyjuk életbizosításának a fele. Miután az esküdtszék Lincoln bűnösnek találta ás villamosszék általi halálra ítélte, a Fox Rivert jelölte ki börtönként, ahol a kivégzéséig fogva tartják. Lincoln arra biztatja Michaelt, élje az életét és ne törődjön már vele, de a családi kötelezettség miatt ezt Michael nem teheti. Ezután - részben bűntudatból - a szöktetési terven gondolkozik, és eszébe jut, hogy hozzájuthat a börtön alaprajzához, valamint más fontos dolgokhoz és ezeket tetoválás formájában fogja rögzíteni magának.
  • Sucre: Terrence Steadman "gyilkosságának" éjszakáján Lincoln menekülés közben belefut Sucréba, aki ezután meglátja szemben álmai asszonyát, Maricruzt. Sucrét a rendőrség fegyeres rablásért kapta el, és ezért került a Fox Riverbe. Az elfogás után látható, hogy unokatestvére, Hector Avila telefonált a rendőrségnek, a 911-es segélyhívó látszik a mobiltelefonjának képernyőjén.
  • T-Bag: T-Bag a barátnőjéhez, Susan Hollanderhez és annak két gyerekéhez megy. Mialatt az kislánynak a szorzótáblákat tanítja, Susan meglátja az Amerika Legkeresettebb bűnözői c. sorozatban T-Baget, akit 40-szeres emberrablásért, megrontásért, és gyilkosságért köröznek. Barátnője feljelentése után került börtönbe. Amikor később Susan a börtönben meglátogatja, T-Bag azt mondja, hogy még mindig nagyon szereti, és nem felejtette el, hogy hol lakik Susan.
  • C-Note: C-Noteot elbocsájtják az USA hadseregétől felettese illegális árukkal való kereskedelem címén, mert jelentéseket ír egy olyan katonáról, aki kínozza a foglyokat. Amikor hazaér, nem talál magának munkát. Nem szívesen, de jobb híján elfogad egy illegális ajánlatot sógorától. Elfogásakor egy kamiont vezetett, benne csempészáruval. Feleségének és lányának azt hazudja, hogy a tengerentúlon szogál katonaként, az igazságot csak sógora tudja.
  • Sara: Sarát előszőr mutatják kábítószeradagolás közben. Hazafelé találkozik egy barátjával, aki szintén kábítószer hatása alatt áll. Eközben egy fiút elüt egy autó. Sara odaér, kérik, hogy segítsen, mert látják rajta az orvosi kitűzőt. Sara nem tud neki segíteni a kábítószer miatt. 18 hónappal később a kábítószerről leszoktató foglalkozáson találkozik Bellickkel, a Fox River őrével, aki álláslehetőséget ajánl neki, és vacsorára hívja Sarát. Sara udvariasan visszautasítja őt, és érdeklődését mutatja az állás iránt.
  • Reynolds és Kellerman: amikor Lincoln a ravaszt készül meghúzni, Kellerman és Hale az egészet rögzíti. Később Kellerman egy szakértővel úgy manipulálja a szalagot, hogy Lincoln tűnjön gyilkosnak.