12 évvel ezelőtt egy kilenc farkú róka démon támadta meg Hidden Leaf Village-t (Rejtett Levél Falut), a falu ninjái megküzdöttek vele, de sokan elpusztultak a csatában, míg végül a falu vezetője, a IV. Hokage feláldozta magát, és egy csecsemőbe zárta a démont. Azóta eltelt 12 év, a csecsemőből azóta serdülő lett, úgy hívják őt, hogy Uzumaki Naruto.
Szegény Narutot viszont mindenki utálja a faluból, bár viszonylag kevesen tudnak arról, hogy valójában miért. Ennek az az oka, hogy a ninják akik megküzdöttek a kilenc farkúval Narutoban magát a démont látják, aki százakat ölt meg, és ezért gyűlölik. A többiek, pedig csak azért, mert látják, hogy mások sem szeretik. Ezért Naruto megpróbálja felhívni magára a figyelmet, és próbál elismerést szerezni valamilyen módon.
A sorozat ott kezdődik, hogy Naruto, aki a ninja akadémiára járt, megbukik a ninja vizsgán, de az egyik tanára, Mizuki elárul neki egy titkot: Ha megszerzi a Tiltott Technikák Tekercsét (de jó, T. T. T., csak most veszem észre), akkor ninja válhat belőle. Ez azonban csak átverés, magának a tanárnak kell a tekercs, és Narutot átveri, majd mikor épp eltenné lábalol, megjelenik Naruto egy másik tanára, és megvédi, de ez kishijján az életébe kerül. Ekkor Naruto feldühödik és felhasználva az egyetlen technikát amit megtanult a tekercsről legyőzi Mizukit, ezért a másik tanára, - elösszőr Naruto életében - elismeri és mégiscsak átengedi a vizsgán.
Ezek után Naruto egy 3 fős ninja csapatba kerül, aminek tagjai az általa legjobban és legkevésbé szeretet volt osztálytársai. Sakura, Naruto szerelme, aki ügyet sem vesz rá, és Sasuke, a legjobb ninja az osztályból és egyben minden lány (Sakurának is) elsőszámú férj jelöltje, aki viszont mindkettejüket utálja. Vezetőjüknek Kakashi senseit kapják, akinek az első benyomása róluk, hogy utálja őket, és soha nem lehetnek ninják.
A sorozat tulajdonképpen egy egyszerű ninja anime is lehetne, ha nem rendelkezne két pozítivummal ami kiemeli őt az átlagból. Egyrészt az alternatív világ ahol játszódik, ami tulajdonképpen inkább a jelen korunkhoz hasonlít, mint egy klasszikus ninja világhoz. Másrészt a rengeteg féle (az eddigi számításaim szerint minden részra legalább egy jut) ninja technika, kezdve a tűzfújástól, a klónozáson át egészen a szuperszónikus hanghullámok gerjesztéséig. Ez utóbbi által a csaták sokkal inkább egy finalfantasy szerű RPG csatáihoz hasonlítanak, mint mondjuk a DBZ ész nélküli megmentem a világot minden 100 részben, amiből 50 rész csata, ami abból áll, hogy ütök-védek-kamehame.
Hibája is van természetesen, ez pedig az, hogy hiányzik belőle az, ami miatt egy animét szeretek, nincs benne meg a misztukusság, a hátsó tartalom, egyszerüen csak van egy érdekes történet.