A második epizód egy merénylettel indul. Padmé Amidalát, aki már nem a Naboo királynője, csupán a bolygó követe a Galaktikus Szenátusban, megpróbálja egy ismeretlen támadó felrobbantani, azonban csak egy hasonmását sikerül megölni. Padmé a Köztársasági Hadsereg felállítása ellen, és a demokrácia mellett küzd, valószínűleg emiatt történt a merénylet. A szenátornő Dooku grófra, egy renegát jedire gyanakszik, aki elhagyta a rendet, szembefordult a Köztársasággal, összefogta a vele szimatizáló erőket és a Köztársaságtól elszakadó Szeparatisták élére állt. A jedi tanács nem osztja véleményét, nem merik azt feltételezni, hogy egy volt jedi képes lenne ilyen tettre.

Anakin felcseperedett, és fiatal jediként látja viszont Padmét a Coruscant városbolygón, s már első látásra szerelem szövődik közöttük, amit később kénytelenek eltitkolni.

Anakin és Obi-Wan közt majdhogynem apa-fiú kapcsolat alakult ki, de érezhető Anakin ellenállása mesterével szemben: többször megkérdőjelezi mestere utasításait. Palpatine szenátor kérte meg őket, hogy legyenek Padmé testőrei, elejét véve az esetleges további merényleteknek. Ami nem is várat sokáig magára.

Egy Zam Wesell nevű fejvadász mérges csúszómászókkal próbálja megölni Padmét, de a két jedinek sikerül ezt megakadályoznia, és üldözőbe veszik a fejvadászt. A vakmerő légi üldözés után sikerül kérdőre vonni Zam Wesellt, akit azonban mérgezett nyíllal megölnek, mielőtt elmondhatná, ki volt a megbízója. Csupán annyit látnak, hogy egy jellegzetes páncélban levő hátirakétás alak menekül a helyszínről.

A jedi tanács két különböző megbízást ad nekik: Anakinnek Padmét kell visszakísérnie a Naboora, Obi-Wannak pedig utána kell járnia, ki lehetett ez a titokzatos merénylő. Míg Anakin és Padmé között egyre erősebb szálak szövődnek a kényszerű elvonulás alatt, Obi-Wan megtalálja a mérgezett nyíl eredetét, viszont a származási helye, a Kamino bolygó szőrén-szálán eltűnt a csillagtérképről, márpedig csak egy jedi törölhette ki az archívumból. Az egyre rejtélyesebbé váló ügy csak méginkább bonyolódik, mikor Obi-Wan a bolygóra ér, és ott régóta várt vendégként fogadják.

Kiderül, hogy kaminóiak klónozással foglalkoznak, és a Köztársaság számára egy klónokból álló hadsereget rendelt tőlük egy Sifo-Dyas nevű jedi, még tíz évvel ezelőtt. (Erről persze a Köztársaság részéről senki nem tud.) Obi-Wan megismerkedik a klónok eredetijével, egy Jango Fett nevű fejvadásszal is, akiről gyanítja, hogy ő lehetett a titokzatos coruscanti merénylő, Zam Wesell megbízója is. Gyanúja bízonyossággá válik, miután a fejvadász és fia, Boba Fett el akarnak menekülni előle (Boba Fett valójában nem is Jango hagyományos értelemben vett fia, hanem nyersklónja, aki nem esett át a többi klónon alkalmazott génkezelésen és gyorsított tanításon.)

A jedi és a fejvadász összecsapnak, és Jangonak sikerül elmenekülnie, de Obi-Wan még az utolsó pillanatban egy jeladót helyez az űrhajójára. Fették a Geonosis nevű bolygóra mennek, ahova Obi-Wan is követi őket, miután elkerüli a fejvadász űrhajójának halálos meglepetéseit. A bolygón a jedi megdöbbentő dolgokra jön rá: a Köztársaság szétszakadásáért küzdő Szeparatisták Dooku gróf vezetésével jelentős droidsereget gyártottak, hogy összecsaphassanak a Köztársaság erőivel. A Kereskedelmi Szövetség mellett Dookunak egyre több szervezetet és csillagrendszert sikerült maga mellé állítania. Miközben Obi-Wan jelentést tesz minderről a jedi tanácsnak, a Szeparatisták elkapják.

Dooku elárulja neki, hogy a jedik önteltségének és kényelmes életénenek hála, egy sith nagyúr irányítja titokban a Köztársaságot. Dooku, aki Obi-Wan mesterének, Qui Gon-Jinnek volt a tanítója, azt ajánlja, csatlakozzon hozzá az ifjú jedi, és együtt képesek lesznek elpusztítani a sith urat. Obi-Wan csalárd mesterkedésnek hiszi Dooku minden szavát, ezért elutasítja őt, aláírva saját halálos ítéletét.

Eközben Anakin bevallja szerelmét Padménak, és az is kiderül, hogy a lány is hasonlóképp érez a fiatal jedi iránt, de kénytelenek elnyomni érzelmeiket, mert egy jedi az ősi tradíciók szerint nem lehet szerelmes. Később Anakin - bár Padmé megóvása lenne a feladata - megérzi, hogy anyja nagy bajba került, ezért az utasítások ellenére szülőbolygójára, a Tatooine-ra megy, s vele tart a lány is. Itt megtudja az öreg Wattotól, hogy anyja már nem rabszolga: egy Lars nevű farmer megvásárolta az ócskavas-kereskedőtől, majd felszabadította őt, később pedig elvette feleségül. Anakin és Padmé felkeresik a Lars-családot, ahol kiderült, hogy mindez igaz, de későn érkeztek, mert Shmit, Anakin édesanyját elrabolták a buckalakók. Anakint hiába próbálják lebeszélni, elindul megkeresni anyját.

Mikor megtalálja, Shmi már csak néhány szót tud kinyögni, a buckalakók kínzásainak következtében meghal. Anakinben iszonyatos harag gerjed, és bosszút áll az egész taszken falun. Olyan mértékű a dühe és a fájdalma, hogy Yoda még a távolból is megérzi a tragikus fordulatot. Miután Anakin bevallja Padménak, hogy lemészárolta az egész hordát, beleértve a nőket és gyerekeket is, eltemeti anyját. De nincs idejük gyászolni, ugyanis megkapják Obi-Wan üzenetét, amiben elfogása előtt nem sokkal beszámol a Geonosison tapasztaltakról: Dooku gróf terveiről és a droidgyárról, ahol hatalmas sereg készül.

Anakin, mestere kérésére, továbbítja az üzenetet a jedi tanácsnak, de ismét ellentmondva azok utasításainak úgy dönt, hogy Padméval elindul Obi-Wan megmentésére, hisz a jedik Coruscantról nagyon soká érnének oda. A bolygóra érve mindhárman csapdába esnek, s már épp a kivégzésük folyik, mikor a jedik megérkeznek. Összecsapnak a droidsereggel és a geonosos-i őslakókkal. A jediket megtizedelik, és a csata teljesen kiltátástalannak tűnik. Ekkor azonban megérkezik Yoda a felmentő klónsereggel, s megfordítja a csata kimenetelét.

A menekülő Dooku grófot utóléri Obi-Wan és Anakin, azonban az ifjú tanítvány hevessége miatt nem bírnak el a renegát jedivel. Dooku levágja Anakin fél kezét, és Obi-Wan is komoly sebesülést szerez. Ismét Yoda menti meg őket a végső pusztulástól. Amikor a két nagyhatalmú Erőhasználó összecsap, világossá válik, hogy Dooku gróf a sötét oldalt szolgálja. Mivel Yodával azért nem bír, cselhez folyamodik, és végül elmenekül a bolygóról. Amikor jelentést tesz, végleg lehull a lepel, hisz láthatjuk, hogy mestere, Darth Sidious, Dookut sith-nevén, Darth Tyrannusként hívja, és az is kiderül, hogy az egész csata Sidious mesterkedésének az eredménye.

A film végén láthatjuk, hogy Palpatine, immáron teljhatalmú kancellárként bejelenti, hogy a Szeparatisták növekedő fenyegetése ellen felállítja a Köztársasági Hadsereget. Yoda pedig szomorúan konstatálja, hogy megkezdődtek a klónháborúk.

A film Anakin és Padmé titkos házasságkötésének képével zárul.