A motoros szűrők az utóbbi években terjedtek el igazán hazánkban, egyre csökkenő áruk miatt. Népszerűségüket kényelmes használatuk, zajtalanságuk és kiváló szűrőkapacitásuk indokolja. Két típusa ismert: a mágneses és a szivattyús modell. Az első egy mágnessel kapcsolt lapátkereket használ a víz mozgatására. A másik típus a szivattyús szűrő az erősebb, mert direkt elektromotor hajtja. A választás így attól függ, mekkora az akvárium.
A fő előnye ezeknek a szűrőknek a légárammal működővel szemben az, hogy sokkal nagyobb a rajtuk átfolyó víz mennyisége, így a medence vizét gyorsabban szűrik meg. Sok haltartó úgy véli, hogy a halai gyorsabban nőnek, ha a szűrő által keltett erősebb vízáramlásban élnek. A motoros szűrők különösen a nagy akváriumok és a piszkos medencék gyors tisztítására alkalmasak. Használatuk különösen javasolt hidegvízi akváriumokban, ahol a halak oxigénben gazdag vizet igényelnek.
Az újabb készülékek egyike szellőzteti a vizet, amikor a szűrőn átmegy, egy másik típus a vizet a motor hűtésére használja (vagy fordítva, a motor hőjét használja a víz melegen tartására). Van egy típus, amelyben diatómaföld a szűrőmassza. Ezt csak néha használd a szokásos szűrő pótlására.