Van néhány kifejezés a sorozatban, ami talán nem rögtön egyértelmű, mégis sokszor használják:

Academy Student: azaz akadémiai tanuló. Egy ninja legelőször az akadémián gyakorol, megtanulja a ninja-élet alapvető szabályait és elsajátítja az elemi ismereteket, mint problémamegoldó képesség, alapvető technikák stb.

Akatsuki: szó szerinti jelentése hajnal, pirkadat. Egy olyan bűnszervezet, ami mindössze kilenctagú, de a tagok mind S-osztályú bűnösök (azaz a legveszélyesebbek), köztük Orochimaruval és Itachival. Mind a kilenc ninjának van olyan gyűrűje és fejvédője, ami bizonyítja, hogy ennek az elit körnek a tagjai.

ANBU: = sötét oldal. Az Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai rövídítése, vagyis Gyilkossági Tervekre Specializálódott Egység. Az ANBU nem rang, hanem egy hatalmas erejű shinobikból (min. Chuunin) álló szervezet, akiket gyilkosságra képeztek. Céljuk a falu megvédése kivételesen veszélyes helyzetekben. Állati maszkokat viselnek, hogy megkülönböztethessék őket az átlag ninjától és karddal harcolnak. Az ANBU közvetlenül a Kage parancsait teljesíti. Hatake Kakashi korábban a tagja volt, Uchiha Itachi kapitány lett 13 évesen. Morino Ibiki, az első Chuunin vizsga vezetője irányítja a kínzó és vallató osztályt.

Chakra: ninja technikák használatához elengedhetetlen energia, ami a spirituális és fizikai erő kombinációjaként jön létre.

Exploding Note: olyan papírdarab, ami néhány másodperc után felrobban és fellángol.

Forehead Protector: egy fejvédő, ami azt mutatja, hogy aki viseli, már levizsgázott az akadémián. A közepén levő szimbólum azt is megjelöli, ki melyik falu lakója.

Genin: az első ninja rang, ők még edzésre szorulnak. Mindegyik Genint hármas csoportokba sorolják egy Jounin mester alá, és hárman edzenek, tanulnak. Csak C és D rangú (vagyis a legegyszerűbb) küldetéseket végezhetik el, mint növényeket ültetni, kutyákat keresni, megvédeni valakit rablóktól stb.

Genjutsu: (= illúziós technika) olyan technika, ami a csakrát arra használja, hogy az ellenfelet megzavarva illúziót hozzon létre. Egy haladó szintű ninjutsu. A genjutsuk használata jelentősen egyszerűebb magas intelligenciájú ninjáknak, mint Nara Shikamaru, olyanoknak, akik jól kontrollálják a csakrájukat, mint Haruno Sakura, vagy Sharingannal rendelkezőknek, mint Uchiha Sasuke. A legáltalánosabban használt genjutsuk egyszerű fantazmák, emiatt a célpont gyakran lát, hall, érzékel olyan dolgokat, amik valójában nincsenek ott. Más alkalmazása nagyon ritka.

Hand Seal: kézmozdulatok, amik segítségével ninja technikát lehet használni.

Hokage: a legerősebb ninja Konohában. Szó szerinti fordítása 'tűzárnyék'.

Hoshikage: a Hidden Star Village vezetője.

Jinchuuriki: olyan személy, akibe egy szellem vagy démon van zárva.

Kazekage: a Hidden Village of the Sand irányítója.

Kikai Bugs: csakraevő bogarak, amiket az Aburame-klán tagjai használnak csatában. Cserébe megengedik, hogy a testükben éljenek, a csakrájukon élve. Védelemhez és támadáshoz egyaránt használatosak.

Kinjutsu: a jutsu négy típusa közül az egyik. Tiltott, mert életveeszélyes.

Kunai: olyan fegyver, amit a ninja az ellenfélre hajíthat, de akár tőrként is használhat.

Missing Ninja: röviden csak Missing-Nin. Renegát harcos, aki elhagyja faluját igazolás nélkül.

Mizukage: a Hidden Village of the Mist vezére.

Ninjutsu: a négy technika közül az egyik fajta, ami kézmozdulatokat használ a ninja technikák előhívásákhoz, általában támadásra.

Proctor: olyan személy, aki vizsgáztat egy bizonyos tárgyból.

Raikage: a Hidden Village of the Cloud irányítója.

Sannin: ninja-mesterek, közülük kerül ki a következő Hokage.

Scroll: papiruszból készült tekercs, ami titkos dokumentumokat és információkat tartalmaz.

Shinobi: másik kifejezés a ninjára.

Shuriken: kicsi dobófegyver, ami általában csillag alakú.

Taijutsu: a jutsuk egyik fajtája, amikor a shinobi közelharcban, fegyverek nélkül harcol.

Tsuchikage: a Hidden Stone Village vezetője.