Ez a második animációs film, amely a Bionicle történetéből készült. Metru Nui-ról, és a Toa Metru megszületéséről, Makuta alakjának felvételéről, a Mata Nui előtti, vagyis a 2004-es évről szól. A film ismét a Bionicle történetével kezdődik. Utána Toa Lhikan-t láthatjuk, az egykori Toa-k egyikét. Ő keresi azokat a köveket, amelyekkel új Toa-k születnek a nagy templomban. Szétosztja minden város egy-egy Matoran-ja között. Mikor az utolsó Matoran-nak nyújtja át, megjelennek a sötét vadászok, és elrabolják. A Matoran-ok a nagy templomban találkoznak, és Toa lesz belőlük. Vakama álmot lát. Látja elpusztulni a szigetet, és Lhikan azt mondja neki, hogy ők a város egyetlen esélyei. Elindulnak felkutatni az összes város nagy korongját, amiket a Kolosszeumba visznek a nagy versenyre. Ott megtudják, hogy fölöslegesen fáradtak, inkább bizonyítaniuk kell. Egy próba elé állítják őket, és mivel még nem tudják kezelni új Toa erejüket, csalóknak kiáltják ki őket, és rájukuszítják a Vahki-t.Két csapatra oszlanak. Az egyik csapat fogságba esik, a másik eélmenekül. A fogságba esett Toa-k találkoznak Turaga Lhikan-al, akiről eleinte nem tudják, hogy ki valójában. Az elmenekült csapat is rájön különleges képességére, kivéve Vakama-t. Tőrbe csalják a Vahki-t, és találkoznak a barlangban, ahova a másik csapatot zárták, akik közben kijutnak onnan. Közösen indulnak el a szabadság felé, és találkoznak a sötét vadászokkal. Kiderül, hogy Turaga Dume ki is valójában. Makuta felveszi a később ismert alakját, mert elnyeli a sötét vadászokat. A Toa ki akarja szabadítan a Matoran-t, de Makuta meg akarja őket akadályozni. Vakama harcol ellene, de Lhikan beleavatkozik, és elpusztul. Vakama ekkor ismeri meg maszkjának erejét, és egyesített erővel legyőzik Makuta-t. A Matoran-okat Mata Nui-ra viszik, ahol életre keltik őket. Összes erejüket elhasználva a 2001-ben megismert Turaga-vá válnak. Itt ér véget a film.

Jelenetek:

1. Főcím / Lhikan Toa küldetése
2. Matoránok a Nagy Templomban
3. Az új Toák próbatétele
4. A szökés
5. Veszélyes sivatag
6. Az üldözés megkezdődik
7. A Rahi szörnyek segítsége
8. Kitörés
9. Az árnyék megérkezett
10. A végső összecsapás
11. Toák / Vége főcím

Extrák:

- Így készült a Bionicle 2: Metru Nui Legendája
- Metru Nui felfedező
- A legenda életre kel
- Reklámok