2032 Tokió. A főszereplő Bateau aki a rendőrség egyik különleges alakulatának a tagja (9-es szekcíó). Három évvel az események előtt Bateau elvesztette társát Kusanagit aki eltünt a hálózaton. Ezt Bateau nagyon nehezen tudja feldolgozni, és új társát Togusát is nehezen tudja elfogadni. Bateau és Togusa egy igen rejtélyes ügyet kapnak. Az új cyborgok melyek piacra kerültek (gyonidok) megtámadtak több magas beosztásban lévő személyt. Mivel terrorista cselekménynek vélik ezért a 9-es szekcíót állítják rá az ügyre. A nyomozás folyamán kiderül hogy egy Locus Solus nevű szervezet áll a dolog mögött és mint kiderül a támadások nem terrorista cselekmények de nem is véletlenek....

Számomra a film nagy csalódás volt az első részhez képest. a grafika és a karakterek kidolgozása hihetetlen, viszont ez a történet rovására ment. És mindezt fokozza az idézetek tömkelege ami a 1,5 órás film végére gyakorlatilag az őrületbe kergeti az embert.(Ennek csupán annyi haszna lesz, hogy tudok majd mit írogatni). Mentségükre legyen mondva és ezt mégegyszer ki kell hangsúlyoznom, a grafika hihetelen. Amikor először néztem a szöveggel nem is nagyon törődtem mert olyan aprólékos a kidolgozás hogy lehetetlen minden részletét megnézni úgy, hogy közben olvas az ember.