A törvény általános szabálya szerint költségnek a vállalkozási tevékenységgel közvetlenül összefüggő, kizárólag a vállalkozói bevétel megszerzése, a tevékenység folytatása érdekében a naptári évben ténylegesen kifizetett, szabályszerűen igazolt kiadás minősül.

A kiadást számlával, egyszerűsített számlával, illetőleg számlát helyettesítő okmánnyal kell igazolni, ha az egyéni vállalkozó olyan terméket vagy szolgáltatást vásárol, amelynek az eladója bármely oknál fogva ezek adására kötelezett. Ha az eladó nem kötelezett számlaadásra, akkor a kiadást más bizonylat (például szerződés) alapján lehet elszámolni. Eben az esetben is követelmény az eladó azonosíthatóságának megteremtése.

Az elszámolás pénzforgalmi elven történik, azonban vannak esetek, amikor maga a törvény minősít a kiadás tényleges kifizetésének időpontjától függetlenül egyik vagy másik év költségének valamely tételt (például tárgyi eszközök esetében az értékcsökkenési leírás).

Bármely kiadást csak egyszeresen egy alkalommal lehet elszámolni költségként.

Ha az egyéni vállalkozó mezőgazdasági őstermelői tevékenységet is folytat, akkor a tevékenységek bármelyikében az adóalap megállapítása az igazolt költségek figyelembevételével történik, a tevékenységek folytatása érdekében felmerült költségeket elkülönítve kell nyilvántartania. Azokat a költségeket, amelyek mindkét tevékenységgel összefüggenek - így nem különíthetőek el - a bevételek arányában kell megosztani. Ha a magánszemély többféle önálló tevékenységet is folytat (pl. egyéni vállalkozása mellett mezőgazdasági őstermelést és szellemi tevékenységet is), választhat, hogy a tárgyi eszközök és nem anyagi javak értékcsökkenését melyik - a több tevékenység közül csak az egyik - önálló tevékenységének bevételével szemben érvényesíti.

Ha az egyéni vállalkozó kereskedőként saját őstermelői termékét is értékesíti, akkor ezeknek a termékeknek a szokásos piaci értékét őstermelői bevételként kell figyelembe vennie - azaz az őstermelői igazolvány értékesítési betétlapjába feltüntetnie -, és ezeknek a termékeknek az értékesítéséből származó bevételt az egyéni vállalkozói bevételei között is szerepeltetnie kell. Mindezek akkor is érvényesek, ha akár az egyik, akár mindkét tevékenységében átalányadózást alkalmaz. Ha azonban vállalkozói jövedelemadózás szerint adózik, az egyéni vállalkozás érdekében felmerült költségek között figyelembe veheti az őstermelői bevételek közé beírt értékeket.

Az egyéni vállalkozó költségként számolhatja el

1. a vállalkozói kivétet, azt az összeget, amelyet az egyéni vállalkozó vállalkozói tevékenysége során személyes munkavégzés címén költségként elszámol. A vállalkozói kivét önálló tevékenységből származó jövedelemnek minősül, de abból költség, költséghányad vagy más levonás nem érvényesíthető. A vállalkozónak a kivét összegéből meg kell fizetni a személyi jövedelemadó, az egyéni nyugdíjjárulék az egyéni egészségbiztosítási járulék, illetőleg, ha az egyéni vállalkozó magánnyugdíj-pénztár tagja, a tagdíj összegét, amelyek nem számolhatók el költségként mivel a munkabérben már érvényesítésre kerültek. A kivét összegéről a vállalkozó maga dönt, a törvény nem ír elő annak mértékére szabályt. Fontos összefüggés azonban, hogy az adóévben "kivett" vállalkozói kivét összege jelentősen befolyásolja a vállalkozói osztalékalap után fizetendő adó mértékét, valamint a járulékfizetési kötelezettség alapját is képezi.
2. a bevétel megszerzésével közvetlenül összefüggő kiadásokat, az adott előleget, mint:

1. Az anyagbeszerzésre, az árubeszerzésre, a göngyöleg beszerzésére, szállítására fordított összeg; a 50 ezer forint alatti értékű, kizárólag üzemi célt szolgáló tárgyi eszközök beszerzésére, előállítására fordított kiadás; valamint a kizárólag üzemi célt szolgáló tárgyi eszközök és nem anyagi javak folyamatos, zavartalan, biztonságos üzemeltetését szolgáló javítási, karbantartási munkára fordított kiadások.

2. Az alkalmazott részére kifizetett bér és annak közterhei, az alkalmazottnak megítélt és kifizetett baleseti kártérítés, a jogszabály, illetőleg a kollektív szerződés vagy a munkaszerződés alapján az alkalmazottnak járó, a munkáltatót kötelezően terhelő juttatás, kifizetés.

3. Bármely más magánszemély javára a társadalombiztosítással vagy magánnyugdíj-pénztárral kötött megállapodás alapján a nyugellátásra jogosító szolgálati idő szerzése céljából fizetett összeg és a magánnyugdíj-pénztári tagdíj, az a magánnyugdíj-pénztári tagdíjbefizetés, amelyet bármely magánszemély javára támogatási megállapodás alapján vállal át szolgálati idő és magánnyugdíjra jogosító jövedelem szerzése céljából fizet a vállalkozó.

4. A 16. életévét betöltött segítő családtag részére kifizetett - de legfeljebb a mindenkori minimálbért meg nem haladó - összeg és annak közterhei.

5. A természetbeni juttatásra fordított kiadás és annak közterhei (ideértve a 44 százalék személyi jövedelemadót is), a megfizetett cégautó adó, valamint a kamatkedvezmény miatt fizetett személyi jövedelemadó.

6. Az olyan biztosítás díja, amelynek biztosítottja az alkalmazott, továbbá az alkalmazott javára az önkéntes kölcsönös biztosító pénztárba történő munkáltatói hozzájárulás befizetése és annak közterhei.

7. A nem megállapodás alapján befizetett saját társadalombiztosítási járulék, a baleseti járulék, a vállalkozói osztalékalap után fizetett egészségügyi hozzájárulás (kivéve, amelyet a megszűnés után kell megfizetni).

8. A köztestület számára fizetett tagdíj, vagy annak megfelelő jogcímen fizetett összeg, továbbá az egyéni vállalkozói tevékenységgel kapcsolatos érdekképviseleti feladatot is ellátó társadalmi szervezet számára tagdíj címén fizetett összeg.

9. A megrendelő, a vevő által igazolt szavatossági és jótállási költség, továbbá a bevétel, illetve az ehhez szükséges feltételek biztosítása érdekében kifizetett vagyon-, felelősség-, kockázati élet-, balesetbiztosítás díja (az életbiztosításnál feltéve, hogy az egyéni vállalkozó e címen nem vett igénybe adókedvezményt).

10. Az állami költségvetésbe, központi alapokba, a helyi önkormányzatoknak az adóévben megfizetett, kizárólag a tevékenységhez kapcsolódó adó - kivéve a vállalkozói személyi jövedelemadót -, illeték, hatósági díj, vám, vámkezelési díj, perköltség, kötbér, késedelmi kamat, önellenőrzési pótlék, valamint a vállalkozási tevékenységgel kapcsolatban felvett pénzintézeti hitelre (kölcsönre) kifizetett kamat, kivéve, ha a tárgyi eszköz beszerzési árának a részét képezi.

11. Az üzlet, a műhely, a gazdasági épület bérleti díja, a fűtés, a világítás és a technológiai energia költsége, a telefon, rádió-telefon, telefax, cb-rádió, telex használati díja azzal, hogy ha a lakás és a telephely műszakilag nem elkülönített, akkor a tevékenységgel arányosan lehet a kiadásokat figyelembe venni. 2003-tól ha az internet használat csak részben szolgálja a tevékenységet, akkor -tételes elkülönítés nélkül - használati díj 30 százaléka, de legfeljebb évente 60 ezer forint számolható el költségként. A telefon, a rádió-telefon, a telefax, a cb-rádió, a telex telephelyre történő beszerelése esetén a készülék ára és a beszerelés díja, de a telefon árának és beszerelési díjának csak 50 százaléka számolható el költségként abban az esetben, ha az egyéni vállalkozó lakása és telephelye műszakilag nem elkülönített.

12. A törvényben meghatározott a képzésre fordított kiadásokat, amelyeket az egyéni vállalkozó költségként számolhat el. A saját maga, vagy alkalmazottjának képzésére (továbbképzésére) fordított kiadást akkor számolhatja el az egyéni vállalkozó költségként, ha a képzés a vállalkozási tevékenységhez hasznosítható szakismeretek megszerzését célozza. A vállalkozási tevékenységhez hasznosítható ismeretek megszerzéséhez szükséges képzésre fordított kiadások más magánszemély esetében is elszámolhatók, ha az egyéni vállalkozó a vele kötött tanulmányi szerződés alapján viseli a költségeket.

13. A reprezentáció, üzleti ajándék címén adóköteles természetbeni juttatások - közterheikkel együtt - költségként elszámolhatók.

14. Az adómentes természetbeni juttatásnak minősülő munkaruházati termék, a védőruha, a védőeszköz, a munka-, baleset- és környezetvédelmi berendezés költsége. Költségként elszámolható az olyan ruházati terméket, amely a törvény szerint adómentesnek minősül. Nem számolható el azonban az olyan ruházati termék, amely mindennapi viseletre alkalmas abban az esetben sem, ha az egyéni vállalkozó tevékenysége elvárható az elegáns megjelenés.

15. Továbbá minden olyan költséget, amely a vállalkozással összefüggésben felmerültek, és nem minősülnek el nem számolható kiadásoknak.

1. a tárgyi eszközök és nem anyagi javak értékcsökkenési leírását.
2. a tevékenységhez használt járművek fenntartásának, üzemeltetésének költségeit.

Az egyéni vállalkozói tevékenység kezdő évében - a fentieken túlmenően - elszámolható;

1. a vállalkozói tevékenység megkezdése előtt legfeljebb három évvel korábban beszerzett, és utóbb e tevékenységhez felhasznált anyag- és árukészlet beszerzésére fordított, korábban költségként még el nem számolt kiadás;
2. a tevékenység megkezdéséhez szükséges egyéb kiadások; illetőleg
3. megkezdhető a legfeljebb három évvel korábban beszerzett tárgyi eszközök és nem anyagi javak értékcsökkenési leírásának elszámolása.