Alain Johannes igazából nem volt a Red Hot Chili Peppers tagja, de a létrejöttében neki is jelentős szerepe volt. Jack Irons és Hillel Slovak egyik iskolai fellépésüknél barátkozott össze Alain-nel, 1977 vége felé megalapították a Chain Reactiont. Alain és Hillel volt a gitáros, Irons dolbolt, és Tom Strassman lett a basszeros. Első fellépésük 1977 karácsonya előtt zajlott a suli tornatermében, nemsokára Anthem (később Anthym) lett a zenekar neve. 1979-re Tom kilépett, a basszusgitáros Flea lett.

Hamarosan bevették a bandába Anthony Kiedis-t, ő lett a konferanszié. Nemsokára megint új nevet kapott a zenekar: What Is This. 1981 nyarán Flea és Anthony kilépett, Hillel-lel és Jack-kel megalapították egy este erejéig a Tony Flow and the Miraculously Majestic Masters of Mayhem-et, aminek később Red Hot Chili Peppers lett a neve. 1983-ban Slovak-nak és Irons-nak választaniuk kellett, hogy melyik bandában maradnak, végül a What Is This-t választották. Nemsokára Hillel átment az RHCP-be, a What Is This-hez pedig csatlakozott Alain barátnője, Natasha Shneider. Kis idő múlva Jack is otthagyta őket, ettől függetlenül 1987-ben kiadtak egy albumot Walk On The Moon címmel. A banda nevét 1990-ben Eleven-re változtatták. Debütáló albumuk az Awake In A Dream 1991-ben jelent meg, olyan pop alapú dalokat tartalmaz, mint a Rainbows End és az All Together. Következő albumaik a Thunk! (1995), az Avantgardedog (2000) és a Howling Book (2003).

2005-ben csatlakozott a Queens Of The Stone Age-hez, gitározott és basszusgitározott a Lullabies To Paralyze-on, korábban pedig vendégszerepelt a Lullabies elődjén, a Songs For The Deaf-en. Johannes vette fel a Queens Of The Stone Age előző 3 albumát, és kevert Hilary Duff Gypsy Women-jén is. Johannes a Line 6 Amplifiers támogatója, és a Flextone erősítők használójaként is fel van sorolva.