A banda története a 80-as évek legvégén kezdődik a floridai Fort Lauderdaleben, mivel itt találkozott az eredetileg Ohioból származó Brian Warner és Scot Putesky, akik 1989-ben alapították meg a bandát Marilyn Manson & The Spooky Kids néven. Megállapodtak, hogy a banda minden tagja megváltoztatja a nevét, az új névben pedig egy szexszimbólum keresztnevét keresztezik egy sorozatgyilkos vezetéknevével. Így Brianből Marilyn Manson, Scotból pedig Daisy Berkowitz lett. Céljuk az volt, hogy tükröt tartsanak az ostoba, média által kiüresített agyú, gondtalan Amerika elé, hogy rámutassanak, hogy nincs minden annyira rendben, mint amennyire azt a hollywoodi filmek mutatják.

Manson írta a dalszövegeket, Daisy gitározott, hangszerelte a dalokat, és programozta a dobgépet(mivel dobosuk akkor még nem volt), a basszusért Olivia Newton-Bundy, a szintetizátorért Zsazsa Speck felelt, ám az utóbbi kettő hamar távozott, de hama sikerült új tagokat szerezni. Giget Gien vette át a basszust, a szintetizátor mögé pedig Madonna Wayne Gacy állt. Első demójukat 1989-ben Meat Beat Cleaver Beat címmel adták ki, amelyből kapott egy példány Trent Rezoner, a Nine Inch Nails frontembere, Mansonék késöbbi mentora. 1990-ben végre sikerült találniuk egy dobost, akit Sara Lee Lucas névre kereszteltek. 1993-ig több demot is készítettek, az utlsó Refrigerator néven jött ki. Ebben az évben rövidült a banda neve Marilyn Mansonná, és Giget Gien is távozott a bandától, akinek a helyét Twiggy Ramirez vette át.

Így indultak neki első klubturnéjuknak a Nine Inch Nails tárasaságában 1994-ben!Már ekkor borzolták a kedélyeket színpadi előadásmódjukkal, valamint egy poloval, amelyen a következő állt:„Kill God, Kill Your Mom and Dad, Kill Yourself”.Ebben az éveben adták ki első albumukat "Portrait Of An American Family" címmel, amelyről a "Get Your Guns", a "Lunchbox", és a "Dope Hat" című szám lett megklippesítve. Ez év őszétől majdnem az év végéig tovább turnéztak a Nine Inch Nailsel, melynek párszor az erkölcsrendészeten lett vége. 1994 legvégén pedig Manson azzal botránkoztatta meg ismét a közvéleményt, hogy tiszteletesi rangot vállalt az Anton Sandor LaVey által alapított Sátánist Egyházban. A következő évben kivált a bandából Sara lee Lucas. Miután megtaláltál helyettesét (Ginger Fish) megjelentették a Smellls Like Children című maxilemezt, amely a népszerűvé vált "Sweet Dreams" feldolgozás révén hamar platinává vált. Ez után a banda folyamatosan koncertezett. 1996-ban terjedt el az a pletyka, hogy Daisy ki akar lépni, amely nem sokkal késöbb be is következett, az ő helyét Zim Zum vette át. A rajongóknak nem kellett sokáig várniuk, 1996 őszén megjelent az együttes második albuma, a híhedt Antichrist Superstar. Ez sokkal sötétebb, elborultabb zene volt az előzőeknél, hamarosan Amerika legbetegebb bandájakén kezdték emlegetni Mansonékat. A "Beautiful People" és a "Torniquet" című számokból elég durva klip született, majd világ körüli turnéra indultak, melynek a Dead To The World Tour nevet adták. A balhé most sem maradt el, Manson Biliát tépett szét, dobfelszerelést gyujtott fel, vagdosta magát, a pletykákkal ellentétben viszont szexre, állatáldozásra, sátán idézésre soha sem került sor. Hallhattunk tőlük több betétdalt is; A Long Hard Road Out Of Hell-t, mely a Spawn-nak volt a betétdala, az Apple of Sodom-ot, mely a Lost Highway filmzenéje és a The Suck for Your Solution-t, mely a Private Parts filmzenealbumon szerepelt.

1998-ban megjelent a Dead To The World turné videója, melyet még ebben az évben követett az új album, Mechanical Animals címen, a megjelenés elött Zim Zum viszon kilépetta bandából, hogy szólókarriert kezdhessen, helyét John5 vette át. Ezzel a lemezzel Mansonnak sikerült mindenkit nagyon meglepnie, hiszen az előzőektöl gyökeresen eltérő hangzásvilág fogadta azokat, akik megvásárolták a lemezt. A tőlük megszokott kemény idustrial metál helyett ez az album sokkal lágyabb, melankólikusabb, talán David Bowiehoz lehet hasonlítani, és a banda a külsőségekben is átváltott a glamrocker stílusba. Az album első kislemeze a "Dope Show" volt, melyet elnyerte az MTV Music Awardson a lejobb rock klipnek járó díjat. Az új turnéról sem lehet elmondani hogy szerény, és visszafogott lett volna, Ausztráliában például a tömeg kikelt magából, miután Manson melegebb éghajlatra küldte az üvegekkel dobálózó tömeget, melynek tömegverekedés lett a vége 400 sérültel. 1999 áprilisában ismét előkerült az a téma hogy Manson zenéje mennyire van hatással a fiatalokra, mert ekkor történt az a híres Columbine Foiskolai mészárlás amelyiben 2 fiatal gyerek megölt 12 tanulót, több tanárt és saját magukkal is végeztek. A tragédia után Manson-t vádolták, meg azzal hogy az ő zenéje ihlette meg a fiatalokat a bűntettre. Fontos viszont megjegyezni, hogy Harris és Klebold, a két neofasiszta elkövető akik miután végeztek az áldozatokkal, magukkal is végeztek – egyáltalán nem szerette Marilyn Manson zenéjét, tehát amivel Manson-t megvádolták, teljességgel alaptalan. A két elkövető a "Viharkabát Maffia" elnevezésű újfasiszta csoport tagjai voltak, főként feketékkel és jó sportolókkal végeztek.

Egy részlet Manson cikkéből melyet az üggyel kapcsolatban jelentetett meg" … Sokan elfelejtik és nem ébrednek a tudatára annak, hogy a kétségbeesés illetve a hipokrízis kritikájaként indítottam a zenekaromat. A Marilyn Manson név sohasem népszerűsítette azt a szomorú tényt, hogy Amerika a Time magazin címlapjára tette a gyilkosokat, és olyan hírhedtte változtassa oket, mint a kedvenc filmcsillagjainkat. Jesse James-tól Charles Mansonig a média a bunözoket nemzeti hosökké nemesítette. Ezt tették, kreáltak két újabb ilyen "hőst" abból a szaros Dylan Kleboldból meg Eric Harrisbol, amikor fényképeiket az összes újság elejére benyomták. Ne lepodjön meg senki, ha a hányatott sorsú fiatalok őket nevezik ki majd két új bálványuknak…". Novemberben megjelent a Last Tour On Earth című koncert dvd, majd a banda 2000-ben elkezdte készíteni új albumukat, amely 2001-ben Holy Wood néven jött ki. Az új LP ismét változást hozott, részben visszatértek a régi, sötét, hangosabb zenéjükhöz, de mégsem lehet azt mondani, hogy az Antichrist Superstar ikertestvére lenne.

Az első kislemez október végén jelent meg, és a Disposable Teens című nótát tartalmazta pár feldolgozással társulva. Ezuttal a lemez borítója váltott ki nemtetszést a keresztény érzelmű emberekből, mivel az illusztráción Manson látható, amint Jézushoz hasonlóan egy feszületen lóg, és állkapcsa is hiányzik. Ezt a borítót több orszában be is tiltották, és arra kötelezték a kiadót, hogy takarja le Manson arcát. A Guns God And Government Tour az eddigiekhez képest botrányments volt. Ez után kétszer is szerepeltek az Ozzfesten, majd 2002-ben Twiggy Ramirez, az összes rajongó nagy bánatára kilépett a bandából. Az ő helyére Tim Skold, az ex-KMFDM tag érkezett, aki a következő album társproducere is lett.

Az új albumnak a Golden Age Of Grotesqu címet adták, amely 2003 májusában került a boltokba. Október 29-én megjelent egy újabb koncert DVD, amelyet a Guns, God and Government World Tour-on készült felvételekből vágtak össze. A Golden Age of Grotesquhez kapcsolódó turné után a banda összeállította best of albumát, amelynek a "Lest We Forget" címet adták, amelyen a legjobb dalok mellett a "Personal Jesus" című feldolgozás is helyet kapott.Újabb turnét bonyolítottak le, amelyel keretein belül eljutottak hazánkba is.A tiltakozás itt sem marad el, be akarták tiltani a koncertet, az Ergo énekese Szikora Robi, pedig a Mátyás templomban imádkozott a koncerten résztvevők lelkéért.A turné után jópár évig, Manson esküvőjén kívül semmi sem történt a zenekar körül, egészen 2007 júniusáig, amikor is megérkezett a várva várt album Eat Me, Drink Me címmel.Már a megjelenés elött turnéra indultak, melyen európai fesztiválokra látogattak el, majd egy rövid szünet után egy körülbelül 30 megállós koncertsorozatot indítottak a trashmetal egyik legmeghatározóbb együttesével, a Slayerel.Sokan ugy gondolták, hogy a két rajongótábor külömbözősége miatt kudarcba fulladnak majd a koncertek, de ez nem így lett, semmien komolyabb konfliktusról nem érkezett hír, és állítólag a koncertek hangulatán sem látszott, hogy két teljesen külömböző stílusú együttes játszott, egy ugyanilyen külömböző stílusú közönség elött.