Az Advent Children ott kezdődik, hogy a játék befejeződik. Sephiroth - ot megölték és az emberek kezdenek újra nyugalomban élni, de nem sokáig. Ugyanis megjelenik egy halálos kimenetelű rejtélyes betegség, melyre nincs orvosság. Feltűnik három ezüsthajú fivér is, akik JENOVA maradványai megszerzésén fáradoznak. A Shinra (a vállalat az Életfolyamot használta fel a bolygó energiaellátására, ezzel kis híján teljesen tönkretéve az élővilágot) szeretné kárpótolni tetteit és felbéreli Cloud - ot. Vajon sikerül keresztbe tenni a három testvérnek és sikerül újra helyreállíteni a nyugalmat a Földön?