A bajorok története a berlini Franz Johnnal kezdődött. A   századfordulón a Bayern München alapítóoklevelében 18 játékos neve szerepel. A bőrnadrágosok virágzása már 1907-ben elkezdődött, amikor is beköltözhettek a Leopold Strassén található új stadionjukba. Az új aréna felavatásához keresve sem találhattak volna jobb ellenfelet a FC Wackernél, hiszen a Bayern 8-1 arányban győzött a helyi rivális ellen. Innen a müncheniek útja már szépen ívelt felfelé. Az új stadionban a nézők 1910-ben tanúi lehettek,amint kedvenceik a Kelet csapatait magába foglaló bajnokság első helyezettjei lettek.De a bajorok nem elégedtek meg ennyivel és a következő esztendőben veretlenül és az emberek többségét megnevettető rövid gatyában játszva, megvédték bajnoki címüket. A Bayern München ekkor már a soraiban tudott egy válogatott játékost. Max Gaberl Gablonsky volt klub történetének első német játékosa, aki magára húzhatta a nemzeti színű mezt. Gaberl 1910.májusában a belgák elleni 3-0-ra elvesztett találkozón mutatkozott be első ízben Németország színeiben. Innentől kezdve fölgyorsultak az események a Bayern háza táján.1920-ban már 700 taggal rendelkezett, és csakúgy mint napjainkban, már akkor is München legnagyobb futballklubjának számított. 1926-ban elhódították a dél - német bajnokságért járó trófeát, majd 1932-ben első ízben ülhettek egész Németország trónjára, amikor is az Eintracht Frankfurtot 2-0 arányban legyőzték. A csatárokat Rohrnak és Krummnak, a sztárokat Heidkampnak és Breindlnek,az edzőt, aki egyszemélyben volt  masszőr, szervező és üzlettulajdonos is Richard "Little" Dombinak hívták.

A Bayern Münchent ünnepelte egész Németország, egészen az 1936-os olimpiáig, mikor a lakosság döntő hányada Berlinre fókuszált és a futball háttérbe szorult. Azonban az ötkarikás játékok végeztével a csend nem tört meg,hiszen következett a II.világháború, ami alatt csakúgy mint országszerte mindenütt szüneteltek a sportjátékok és a szakosztályok.

Ezt a hosszú periódust követően Németország romokban hevert és csakúgy mint az országnak a futballnak is szüksége volt a regenerálódásra. Ez 9 hosszú esztendőn keresztül tartott, aminek akkor lett vége, mikor a német nemzeti tizenegy Svájcban elhódította a világbajnoki trófeát. A Sepp Herberger által dirigált csapat a berni fináléban 3-2 arányban múlta felül Magyarország legjobbjait. A döntő mérkőzés azonban keserű élmény maradt a Bayern irányítójának, Jakob
Streitlénak. Az addigi 15-szörös válogatott játékos a lelátóról izgulhatta végig Fritz Walterrel és társaival egyetemben a berni végjátékot.

Később azonban nehéz lenne olyan mérkőzést keresni az archívumból, amikor a Nationalelf legalább egy bajor játékost ne tudott volna a kezdőtizenegyben felmutatni. A Bayern 1957-ben első alkalommal hódította a Német Kupát. Jobst góljával a müncheniek a 42000 néző előtt rendezett augsburgi Rosenaus Staionban 1-0-ra gyűrték le a Fortuna Düsseldorf gárdáját. Aztán egy kisebb szünet következett. A Bayernt 1962-től kezdve az építési vállalkozó Wilhelm Neudecker irányította. A csapatnak 1963, a kiábrándulás éve, hiszen a bőrnadrágosok nem vehettek részt az újjászervezett Bundesligában. Ez azonban szerencsére csupán két idényen keresztül tartott. Az 1998-ban elhunyt Tschik Cajkovski vette át utána a gárda irányítását és ami csapat életében hatalmas előrelépést jelentett.

Az új edző keze alatt bukkant fel például olyan későbbi sztár, mint Franz Beckenbauer, de további nagyágyúkat is a soraiban tudott az akkori Bayern München. Cajkovski Beckenbauert a középpályára tette, a hálóőrt akkoriban Sepp Maiernek hívták, míg a góllövés a fiatal és
ambíciózus Gerd Müllerre (akit edzője csak a kis, kövér Müllerként emlegetett) hárult. Ez a legendás tengely tette első ízben a Bayern Münchent világszerte ismert csapattá. Első Bundesliga idényükben(1965/1966) Cajkovski legényei a harmadik helyet csípték el. Ugyanebben az évben Beckenbauer és Maier tagja volt annak a német csapatnak, amelyik a házigazda angolokkal szemben maradt alul az 1966-ban rendezett világbajnokság döntőjében. Maierék azonban az ezüst és a bronzérem mellé egy aranyat is betehettek a vitrinbe. Klubcsapatuk, a Bayern ugyanis másodszorra hódította el a Német Kupát,miután a Meiderichter SV-t Ohlhauser és Beckenbauer dupláival, 60 ezer néző előtt Frankfurtban  4-2 arányban múlták felül.

Egy évvel később a müncheniek Európát is bevették, de előtte azért megvédték a Német Kupában megszerzett trófeájukat, ugyanis a döntőben 4-0-ra páholták el a Hamburger SV gárdáját. De ezzel nem volt vége a diadalmenetnek. Franz "bika" Roth, aki a fontos gólok
embere volt a Bajnokcsapatok Európa Kupájának(BEK) döntőjében a 109.percben megszerezte a Glasgow Rangers elleni győztes találatot és Beckenbauerék először ülhettek fel Európa trónjára.

Az örömmámornak a Bayern háza táján még korán sem volt vége. Cajkovskit a kispadon Branco Zebec váltotta, aki ha már ott volt rögtön duplázott. A Bundesligát az Alemannia Aachen előtt nyolc ponttal az első helyen zárták és a Német Kupában továbbra sem tört meg a bajorok hegemóniája, hiszen a fináléban a Schalkét múlták fölül. Azonban a következő években Zebec tanítványai kemény ellenfélre találtak a Borussia Mönchengladbachban. A gladbachi csikócsapat 1970-ben és 1971-ben is megnyerte a Német Bajnokságot, ráadásul mindkét alkalommal a Bayern München előtt. A "bőrnadrágosok" ezt azonban nem hagyták ennyiban.1972-ben beköltöztek az újonnan épített Olympiai Stadionba, de a változásoknak ezzel még nem értek véget még, hiszen Zebec mestert Udo Lattek váltotta a kispadon. Újból sikeres periódus következett a müncheniek számára. Rögtön ebben az évben Gerd Müller, mind a mai napig fenálló rekordot állított be.40 góljával a Bundesliga gólkirálya lett. Természetesen a Német Kupa ismét Münchenbe vándorolt, miután a Bayern hosszabításban 2-1 arányban múlta felül a Köln együttesét.

Aztán következett egy év, mikor a bőrnadrágosok trófea nélkül maradtak. Franz Beckenbauer hosszú és sikeres éveket követően hagyta ott a Bayernt, és szerződött az Egyesült Államokba a Cosmos New York csapatához. A következő idényben újabb nagyágyú hagyta ott a német sztárgárdát, ugyanis a Nemzet Gólvágója,Gerd Müller szintén a tengerentúlra, a Fort Lauderdale Strikershez igazolt. Azonban nemcsak a csapat,hanem a vezetőség is átalakulófélben volt. 1979-ben a menedzseri posztra a 27 éves Uli Hoeness került, aki Beckenbauer tanácsadóját, Robert Schwant váltotta. A kispadra Csernai Pál érkezett Lóránt Gyula helyére, míg az elnöki pálcát Willi O.Hoffmann vette kézbe, az addigi presidentét, Neudeckert váltva.

Innentől kezdve újra sikerekben gazdag éveknek örülhettek a bajor szurkolók. Paul Breitner
és az ifjú titán, Karl-Heinz Rummenigge vezetésével (ezt a duót egyszerűen csak Breitniggének hívták) 1980-ban a Bayern München hat év után ismét elhódította a Bundesliga elsőségért járó salátástálat. Aztán, ha egy üzlet beindul Csernai Pál tanítványainak az elkövetkezendő három évben nem akadt ellenfelük. A HSV, a Stuttgart és a Kaiserslautern sem tudták megtörni a bajor
uralmat. 1982-ben játszottak az azóta már legendává vált Német Kupa döntőt a Bayern és az 1.FC Nürnberg csapatai között. A mesterdalnokok 2-0-s előny birtokában vonulhattak az 1.félidő lefújását követően az öltözőbe. Következett a második játékrész,amikor szinte varázsütésre megváltozott a játék képe, hiszen a bőrnadrágosok négy gólt is berámoltak a Nürnberg kapujába és 4-2 arányban megnyerték a Kupát.

A mérkőzés krónikájához az is hozzátartozik, hogy Dieter Hoenessnek egy ütközést követően
elkezdett vérezni a feje, és egy nagy turbánnal játszotta végig a találkozót, ennek ellenére még gólt is szerzett. Azonban ebben az évben a müncheniek egy másik döntőben alulmaradtak. A Bajnokok Ligája elődjében, a BEK döntőben Breitnerék az Aston Villával szemben 1-0 arányban kikaptak. Ezt követően a Világbajnokság sem úgy alakult a németeknek, ahogyan azt ők szerették volna. A fináléban az olaszok túl nagy falatnak bizonyultak a Nationalelf számára, így
Rummeniggéék "csak" egy ezüstéremmel lettek gazdagabbak. Ehhez a tornához kapcsolódik még, hogy mind a mai napig Paul Breitner az egyetlen német játékos, aki két világbajnoki döntőben is gólt tudott szerezni.

Az igazsághoz hozzátartozik még, hogy 1965 és 1981 között tizenegy alkalommal a Bayern München csapatából nyerte valaki az Év játékosa címet Németországban. Beckenbauer 4-szer,Maier 3-szor,Müller 2-szer, Rummenigge és Breitner pedig 1-1 szer gyűjtötte be a legjobbnak járó díjat. 1983-ban Udo Lattek visszatért a bajorokhoz és egy évvel később az ő vezérletével hódította el a Bayern a Német Kupát.

A döntőben Lattek fiai a Borussia Mönchengladbach csapatát verték tizenegyesekkel. Karl-Heinz Rummeniggéért bejelentkezett az  olasz Inter és noha az akkor rekordnak számító 11 millió márkát ajánlott a münchenieknek, Rummenigge mégis maradt a Bayernnél. Egy esztendővel később Sören Lerbyvel és az ifjú Wiggerl Kögllel ismét megnyerték a bajorok a Bundesligát. Az elnöki székben Willi O. Hoffmannt Dr.Frizt Scherer követte. 1986-ban a bőrnadrágosok ismét felülhettek Németország trónjára, hiszen mind a bajnoki címért járó salátástál, mind a Kupa győzelemért járó trófea Münchenbe vándorolt. 1987-ben a Bayern megvédte bajnoki címét. Azonban a nemzetközi porondon nagy csalódás érte őket.

A BEK döntőben 2-1 arányban alulmaradtak az FC Porto együttesével szemben, ami megbontotta a csapategységet. Az 1988-ban érkezett Jupp Heynckesnek már az volt a feladata,hogy pótolja a távozó játékosokat és egy új, ütőképes gárdát szervezzen. Távoztak a bajor fővárosból többek közt olyan sztárok, mint Matthaus, Brehme, Eder, Michael Rummenigge, Hughes és Pfaff. 1989-ben és 1990-ben Heynckes tanítványai megnyerték a Bundesligát, azonban a BEK-ben az igazi áttörés még váratott magára. A Világbajnokságon viszont a Nationalelf hengerelt és 1990-ben a német válogatott olyan Bayern-játékosokkal a soraiban, mint Augenthaler, Kohler, Reuter,Thon, Pflügler vagy Aumann megnyerte a tornát.

Az 1991/1992-es szezonban Jupp Heynckest az egykori Bayern sztár Sören Lerby váltotta. A csapatnak azonban valahogy nem jött ki a lépés, sőt még a kiesés veszélye is fenyegette. Ekkor újabb edzőváltás történt. Erick Ribbeck ült a bajorok kispadjára. Időközben a müncheni gárda egykori Aranylabdás játékosai, Karl-Heinz Rummenigge és Franz Beckenbauer is segített egykori klubjuknak.

A Császár átvette az elnöki staféta botot, míg Rummenigge alelnöki pozícióba került. A gárda  azonban Ribbeckkel sem volt sokkal sikeresebb, ezért maga Beckenbauer vette át a csapat irányítását és az 93/94-es szezonban újra a müncheniek nyerték a német bajnokságot.E zután egy igazi nagyhalat sikerült kifogniuk a bajoroknak a kispadra Giovanni Trapattoni személyében. Trap mind edzőként, mind játékosként nagy név volt a szakmában, azonban csak a hatodik helyre tudta bevezényelni a Bayernt és a Bajnokok Ligájában is elbukott a csapat az elődöntőben az Ajax Amsterdammal szemben, ahol olyan nevek játszottak már, mint Kluivert, Reiziger, Seedorf, Kanu a De Boer fivérek vagy Finidi.

Ezen eredmények miatt tehát érthető, hogy a vezetőség nem volt megelégedve az olasz tréner munkájával és leszerződtették a kispadra Otto Rehhagelt. A német szakembernek olyan sztárok álltak rendelkezésére, mint Klinsmann, Sforza vagy éppen Herzog. Rehhagel aztán az UEFA Kupa döntőig vezette a bőrnadrágosokat. Érdemes megemlíteni ebből a sorozatból a Barcelona elleni elődöntőt. Az Olympiai Staionban az odavágón 2-2 lett a végeredmény, így a katalánok joggal
bízhattak abban, hogy kiharcolják a döntőbe jutást. A visszavágón aztán a Nou Campban 1996.április.16-án Babbel és Witeczek találataival a bajorok 2-1 arányban legyőzték a gránátvöröskékeket. A döntőt szinte simán hozták a müncheniek a Girondins Bordeaux együttesét 2-0 és 3-1 arányban legyőzték, így övék lett a második legrangosabb Európai Kupa. A nemzetközi siker mellé viszont nem társult más, hiszen a hazai bajnokságot, csakúgy mint egy évvel korábban ezúttal is a Borussia Dortmund nyerte.

Aztán a következő évben visszatért Trapattoni és két év alatt két trófeát tehetett be a bajorok vitrinjébe. 1997-ben a Bundesligát, míg egy évvel később a Német Kupát hódította el a csapattal. Mikor a Maestro elment egy egész város siratta. Az olasz mester helyére egy másik gentlemann érkezett a Sabener Strasséra Ottmar Hitzfeld személyében.

1998 nyarán érkezett Ottmar Hitzfeld Münchenbe és tulajdonképpen már az első évében mindent elért a csapattal. A gárda begyűjtötte a 15.bajnoki címét, a Német Kupa döntőjéig menetelt és a Bajnokok Ligájában is a Dinamo Kijev legyőzésével odaért a fináléba. A Barcelónában rendezett végjáték minden Bayern-drukker számára keserű emlék marad, hiszen a Manchester United tulajdonképpen az utolsó pillanatokban fordította meg a mérkőzést a maga javára.

A bajorok villámrajtot vettek és már az elején Basler szabadrúgás góljával vezetést szereztek,aztán jött a hajrá és az angolok Sheringham és Solskjaer góljaival maguk javára fordították meg a találkozót. Aki látta nem felejti el. Ugyancsak fájó emlék marad a berlini Olympai Stadionban rendezett Kupa-döntő. A rendes játékidőt követően 1-1 állt az eredményjelző táblán, majd a tizenegyes párbaj során a müncheniek 5-4 arányban alulmaradtak a Werder Bremennek szemben. A következő évben a bajorok rendkívül motiváltan és új lendülettel vetették bele magukat az új kupasorozatokba. A Bayernben ekkor olyan nevek játszottak, mint Oliver Kahn, Stefan Effenberg, Giovanne Elber, Mehmet Scholl vagy a világbajnok Bixente Lizarazu.

A Bajnokok Ligájában már a csoportkör során a nagy rivális, Real Madriddal kerültek össze. Ottmar Hitzfeld tanítványai nem kímélték a "királyi gárdát" és oda-vissza megverték őket. (Santiago Bernabeuban 4-2,míg Münchenben 4-1 arányban.) Az elődöntőben a két óriás aztán újból csak összekerült, de ebből azonban már Anelkáék jöttek ki jobban. Madridban 2-0-ra nyertek, míg Elberék az Olympiai Stadionban ebből a hátrányból csak egy gólt bírtak ledolgozni(2-1). Ennek ellenére Kahnék nem maradtak trófea nélkül. A célegyenesben az addig első helyen lévő Bayer Leverkusen kikapott a biztos kieső Unterhaching otthonában és ezzel a bajorok ölébe hullott a salátástál. A Német Kupában eljött a revans ideje. A döntőt ezúttal is a Bayern München és a Werder Bremen vívta, ám ezúttal ez a finálé nem hozott akkora izgalmakat, mint a múlt évi. A Bayern simán 3-0 arányban hozta a mérkőzést, ezzel visszavágva a tavalyi kudarcért. Ezzel a duplázással a müncheniek történetük során harmadszor tudták egy idényen belül megnyerni a Német Kupát és a Bundesligát is.Ráadásul Oliver Kahnt választották az év játékosának Németországban.

A 2000/2001-es idényre nagyvalószínűséggel minden Bayern München drukker szívesen emlékszik vissza. Noha a Német Kupában már a második fordulóban megálljt parancsolt a Magdeburg Effenbergéknek, a Bundesligát ritkán látható izgalmak között nyerték meg. A 34.zárófordulóban még minden nyitott volt. A Bayernből Patrik Anderson hosszabbításban szerezett közvetett szabadrúgás gólja jelentette a bajorok számára a bajnokság megnyerését, míg az őket üldöző Schalke épp ezzel a találattal maradt le a salátástálról.

Ez a siker hatalmas önbizalmat kölcsönzött Oliver Kahnéknak a 2001.május. 23.-ikai Bajnokok Ligája döntőre. A találkozót a San Siróban rendezték és az ellenfél a Valencia volt. A bőrnadrágosok a negyeddöntőben Manchester Unitedon, míg az elődöntőben a Real Madridon vettek revansot, ráadásul úgy, hogy mind az angolokat, mind a spanyolokat oda-vissza megverték. A milánói fináléban két tizenegyes góllal a rendes játékidőben és a hosszabbításban is egyaránt 1-1 állt az eredményjelző. A gólokat Mendieta illetve Effenberg szerezték. Következtek hát a tizenegyesek. Az idegek harcából a németek kerültek ki jobban a Bayern portásának Oliver Kahnnak köszönhetően és 5-4 arányban legyőzték John Carewékat.   A következő esztendőben sem maradtak Ottmar Hitzfeldék trófea nélkül. Bár a bajnokságban a Dortmund és a Leverkusen mögött a csak a harmadik helyen végeztek és a német Kupában a későbbi győztes Schalke jelentette számukra az elődöntőben a végállomást. Ennek ellenére 2001.novemberében a Boca Juniors elleni Világkupa döntőjében Sammy Kuffour góljával a müncheniekhez került 1976 után másodszorra is a Világkupa megnyeréséért járó trófea.

A Bajnokok Ligájában nem sikerült a címvédés. A negyeddöntőben a Real Madrid jelentette a végállomást. A 2002/2003-as szezon felemásra sikerült a Bayernnak. A Bajnokok Ligájából a már a csoportküzdelmek során elbúcsúztak, de a Bundesligát 16 pontos előnnyel nyerték és a Német
Kupa döntőjében 3-1 arányban nyertek, esélyt sem hagyva a Kaiserslautern gárdájának. A fináléban Michael Ballack két gólt is szerzett. Ballacknak a távozó Effenberget kellett pótolnia és az ő vezetésével a müncheniek 4. alkalommal tudtak duplázni és őt választották meg az év játékosának Németországban. A következő idényben a Bayern München leszerződtette Roy Makaayt, aki az előző évben 4 gólt is vágott a bajoroknak a BL-ben, de még a Deportivo játékosaként. A holland támadó a klub történetének eddigi legdrágább játékosa és később a "fantom"-nak becézett csatár, bebizonyította, hogy érdemes volt érte 18.75 millió eurót kifizetni.

Makaay első idényében 23 gólt szerzett, és nem rajta múlt, hogy Ballackék ebben az esztendőben semmit sem nyertek. A bajnokságban Werder Bremen mögött a második helyen végzett és a Német Kupában a negyeddöntőben az Alemannia Aachen csapata bizonyult túl nagy
falatnak Ottmar Hitzfeldéknek. A Bajnokok Ligájában ismét csak a Real Madrid parancsolt megálljt a Bayernnek. A sikertelenségnek meg is lett az eredménye, hat szép és sikerekben gazdag év után Ottmar Hitzfeldnek távoznia kellett a Sabener Strasséról. A német tréner 4 bajnoki elsőség, 2 Kupa győzelem és 1 Bajnokok Ligája elsőség mellett elhódította a Világ Kupát. Hitzfeldnél csak Udo Lattek tudott több trófeát nyerni.

Az új tréner, akit a klub vezetői a VfB Stuttgarttól csábítottak a bajor
fővárosba rögtön az első évében Németország trónjára emelte a bőrnadrágosokat. Oliver Kahnék 14 ponttal megelőzték a második helyezett Schalkét a Bundesligában,és a berlini Német Kupa döntőjében szintén a gelsenkircheni alakulatot múlták felül (2-1). Magath tehát beváltotta a hozzáfűzött reményeket. Az új edző új módszereket is alkalmazott. Nála a rend, a fegyelem és a kondíció került előtérbe, aminek meg is lett az eredménye, hiszen a Bayern a tavaszi szezonban az utolsó nyolc bajnokiját megnyerte, és állva hagyta az őt üldöző Schalkét és Werder Brement.

A Bajnokok Ligájában  a csapat a legjobb nyolc közé jutott. A végállomást a Chelsea jelentette. A londoni alakulat Drogba vezérletével megálljt parancsolt Michael Ballacknak és csapatának. José Mourinho társulata az odavágón 4-2 arányban legyőzte a Bayernt, míg a müncheni visszavágón Felix Magath fiai csupán egy góllal bizonyultak jobbnak(3-2). Ez az év azonban nemcsak azért volt emlékezetes, mert a Bayern visszakerült Németország trónjára, hanem azért is, mivel ez volt a csapat utolsó szezonja, a mit a müncheni Olimpia Stadionban töltött. A bőrnadrágosokegy újonnan épült, 66 000 férőhelyes szentélybe, az Allianz Arénába tették át a székhelyüket. A 2005/2006-os szezonnak a müncheniek nagy reményekkel vágtak neki, azonban ez az év is felemásra sikerült. A bajnokságban szinte végig vezetve lettek elsők a 34.forduló után megelőzve a Werder Brement és a HSV együttesét. A Német Kupában nem találtak legyőzőre és a döntőben Claudio Pizarro góljával 1-0-ra megverték az Eintracht Frankfurt csapatát. A Bajnokok Ligájában a legjobb 16 között a Milan jobbnak bizonyult. Az Allianz Arénában az olaszok voltak az első csapat,akik nem vereséggel távoztak, és a visszavágón a San Siróban 4-1 arányban intézték el Felix Magath csapatát. 2006-ban Németország rendezte a
Világbajnokságot és a Nationalelf Jürgen Klinsmannal a kispadon a harmadik helyet szerezte meg. A keretben három Bayern játékos kapott helyett. Habár Oliver Kahn csak a kispadra szorult Jens Lehmann mögött, Philipp Lahm és Bastian Schweinsteiger állandó kezdő volt és mindketten kimagasló teljesítményt nyújtottak. 2006 nyarán aztán nagy játékosmozgás kezdődött el a Bayern háza táján. A legnagyobb sztár Michael Ballack a Chelseahez szerződött, de Ballack mellett Zé Roberto és Paolo Guerrero is elhagyta a bajorokat, illetve az idény végén visszavonult két régi motoros is Bixente Lizarazu és Jens Jeremies személyében.Érkezett viszont a Hamburgtól a belga Daniel van Buyten, a nyári Világbajnokság legjobb fiataljának választott Lukas Podolski és egy újabb holland játékos, Marc van Bommel.