Az 1984-85-ös bajnokságban sikerült kiharcolni az első osztályú tagságot, a második helyen végezve a Budapest Volán mögött.  3 ponttal előzték meg a már nem feljutó Váci Izzó csapatát. Az első élvonalbeli találkozót 1985. augusztus 10.-én vívták, 8000 néző előtt. A 85/86-os bajnokságban 14.helyet szerezték meg , éppen megelőzve a két kiesőt, a Csepelt és a Budapest Volánt. Az 1986-87-es bajnokságot 13.helyen zárták, 87/88-as szezonban megismételték az előző évi eredménysorukat. Ez a a 12.hely megszerzését erdményezte. Ebben az idényben volt először, és utoljára, somogyi rangadó az NBI-ben, mivel ekkor a Kaposvári Rákóczi is képviselte a megyét. A felfelé ívelő tendencia a 89/90-es bajnokságban tovább folytatódott, a bajnokság végén ugyanis már a 7. helyet tudták megszerezni. Ezt a szép eredményt hazai pályán alapozták meg. 1990-91-ben ismét a 7. helyen végeztek. Olyan otthoni helyen végeztek, amelyet talán majd sohasem sikerül majd megismételniük, csak 1 egy vereséget szenvedtek. 1991-92-es szezonban értek el NBI-es szereolésük csúcsára, a bajnokság végén a 4. helyet sikerült megszerezniük, az FTC, a Vác és a Kispest mögött. Fokozni már nem tudta az együttes a tabellán való felfelé haladást, és 92/93-ban lecsúszott a 8. helyre.

1993-94-ben már csak a 13. pozíció jutott nekik, ami akkor osztályozót jelentett a csapat számára, ahol ellenfélnek a Zalaegerszeget kapták. Az első meccsen hazai pályán 4-3-ra nyertek, de a visszavágón 6-0-ra vesztettek, és kiestek. Két év múlva, 1996-ban sikerült visszajutniuk. Addig az NBII Nyugati - csoportjában vitézkedtek, előbb a 3. helyen végezve, majd bajnoki címet szerezve. Újoncként megállták a helyüket a legfelső osztályban is, a 12. helyet megcsípve. Ezt a helyezést 97/98-ban sikerült megismételniük. 1998-tól már Siófok FC néven szerepelt a klub, amely két 15. helyezést ért el egymás után. A második kiesést eredményezett 2000 nyarán. 2000-ben a város mentette meg a meg szűnéstől a gárdát, és ennek köszönhetően a klub felvette a város sárga-kék-zöld színeit.
2001-ben végre igazi tulajdonosa lett a Siófok FC-nek. A Fodor Rt. megvásárolta a klubot működtető kft. 97%-át, és ezzel közvetlen irányítást biztosító irányítást szerezett. Az új vezetőség elhagyata a zöld színt és az új címerben már csak a jelenlegi sárga-kék színeket szerepeltetik. A stabil anyagi háttér és a megfelelő szakmai munka eredményeként a Siófok FC 2002 nyarától újra az első osztályban szerepelhet. A kft 2002. június 15. napján kelt taggyűlési határozatával Sallói Istvánt bízta meg klubigazgatóként a Siófok FC egyszemélyű irányításával. Sikerült a Balaton-partján tartani a feljutásban döntő érdemeket szerző sikeredzőt, Csank Jánost. A mesteredző javaslatai alapján a klubhoz került új játékosokkal megerődödve a minimális célkitűzés a benntmaradás kiharcolása. Csank János érkezésével egy igazi sikerszéria indult el. Megnyerték a terembajnokságot, 10 pont hátrányt ledolgozva, feljutottak az első osztályba.

A szakmai sikerei ellenére a klub anyagi stabilitása megbillent, mert a főtulajdonos már nem volt képes a korábbiakkal azonos mértékben támogatni a klubot. 2003 májusában a kft 97%-os üzletrészét Kuti István cége, a Balaton Reklám és Média kft. vette meg. A futballcsapat a 2003/2004. évi bajnoki évadra már Balaton FC néven adta be nevezését. 2003 első felében sötét felhők gyülekeztek a csapat felett, sőt a klub léte is komoly veszélyben forgott. Végül, a vezéráldozatok árán is, de sikerült megoldani a problémákat és a helyi vállalkozók segítségével a nevezés is összejött. Az alacsony költségvetés mellett a tavaly fehalmozott adósság egyrésze továbbra is nyomja a klub vállát, mivel az nem tűnt el csak átütemezésre került. Mindezek ellenére is sikeres szezont produkált a csapat, mivel sokáig a bajnoki címer is harcban állt, de végül a 4. helyen zárta a bajnokságot. Ennek sajnos semmi hatása nem volt a befektetőkre és mivel a csapat anyagilag teljesen ellehetetlenült, ezért a felnőtt labdarúgás megszűnt Siófokon (Kuti István áttette a csapat székhelyét Diósgyőrbe.

Egy évig semmi nem történt Siófokon, egyedül az utánpótlás nevelés működött, az önkormányzat támogatásával. Majd a 2005-2006-os bajnokság előtt bekövetkezett az amire mindenki vágyott. Újra lett Siófoknak felnőtt csapata. Törtémt ugyanis, hogy a bodajki futballcsapat áttette a székhelyét Siófokra.Bodajkon 1947-ben alakult meg a futballklub. A bánya támogatásával a 60-as években az NBIII-ban szerepelt a csapat, később viszont a járási bajnokságig esett vissza. A 90-es évek közepén egy agilis vállalkozó, Nemes Ferenc felkarolta a gárdát, amely egészen a második vonalig kapaszkodott. Közben együttműködési megállapodás született az MTK-val, s ennek kapcsán az Agárdi Lapdarúgó-akadámia "diákjai" szerepeltek bodajki színekben. A 3 éves házasságnak azonban vége lett, mivel egyik fél sem kívánta a szerződést meghosszabítani. Ekkor új fejezet kezdődött: a bodajki önkormányzatnak a társaságban meglévő 48%-os üzletrészét, illetve a sportegyesület 1%-os részesedését megvásárolta a Siófoki Bányász. Ez lehetővé tette, hogy az 51%-ban tulajdonos Nemes Ferenc Siófokra tehesse át a cég telephelyét. A váltás azt jelentette, hogy az ősztől a Siófok szerepel a másodosztályban, az NBII-ben.