A többi környékbeli településhez hasonlóan Mályinka története is az Árpád-korig nyúlik vissza, bár a falu határában talált leletek tanúsága szerint már az őskorban is lakott volt. Az újkori bükki kultúra egyetlen sírleletét Mályinkán találták meg. A sírban talált gyönyörű szalagdíszítéses edényeket ma a Hermann Ottó Múzeumban őrzik.

Szintén itt található a település pecsétje, melynek dátuma: 1783.

A népvándorlás idején hun, avar és szláv népek telepedtek le erre a területre. Az Árpád-korban a település királyi szerviensek[1] földje volt, akiktől IV. Béla király 1254-ben csere útján szerezte meg, majd az Ákos nemzetségbeli borsodi ispánnak adományozta. A következő századokban hol királyi, hol pedig nagyúri birtok. A XIV. században a dédesi vár tartozéka, majd a Palócziak birtoka. Miután az 1526-os mohácsi csatában elhunyt a Palóczi család utolsó férfi tagja, Palóczi Antal, Zemplén megye főispánja, a település a Perényi család tulajdonába került. A dédesi vár Nagy Lajos és Mátyás király idejében fényes napokat élt meg. Azután a vár a török harcok következtében hanyatlásnak indult. Eger eleste után kapitánya, Bárius István felrobbantotta a behatoló törökökkel együtt. Nem maradt olyan vár, amelyben a török megtelepedve a vidék feletti uralmát biztosíthatta volna. Így, ha adózni kellett is, az állandó rablásoktól és az örökös rettegéstől valamelyest mentesült a falu. A dédesi vár elestével Mályinka is hódoltsági területté vált. Évi adója 32 Ft-ról 300 Ft-ra nőtt. A XVII-XVIII. század folyamán több család is jelentős tulajdonrészt szerzett, melyek közül kiemelkedett a Szathmáry királyi család. A falu 1576-tól Dédestapolcsány, majd Tardona leányegyháza, a XVIII. század derekától pedig napjainkig önálló egyházközösség.