Battle City története     

Yugi Ezeréves Ikonját egy reggel ellopja egy csuklyás alak, akiről kiderül, hogy Bandit Keith, de valaki irányítja a gondolatait. Yuginak kisebb-nagyobb nehézségek árán sikerül isszaszereznie az Ikont, de az új ellenség miatt nincsenek gondtalan percei. Az éjszaka Setot elhívja Ishtar Ishizu a Dimino Múzeumba, ahol a nő elmeséli neki a Duel Monsters eredetét, majd az Ezeréves Nyakláncával jeleneteket mutat neki a múltból, és neki adja az egyik Istenkártyát, az Obelisk, the Tormentor kártyát, és megkéri, hogy szervezzen egy bajnokságot, hogy a Kísértetek nevű ritka kártyákra vadászó csoportot elkaphassák. Yugi aggódik az Ikon szelleme miatt, ezért megkéri Tea, hogy találkozzon vele. A randi végén Tea és a szellem elmennek a Domino Múzeumba, mivel egy újsághírdetsében látták, hogy egy egyiptomi kiállítást tartanak ott. Ők is találkoznak Ishizuval, aki elmondja a szellemnek, hogy Ő egy 3000 éves Fáraó szelleme, és hogy egy új veszély közeleg, egy Yugiék számára eddig nem ismert Ezeréves Ikon hordozójának személyében. Yugi Ishizu tanácsát követve elmennek a városközpontba, ahol Seto bejelenti az új bajnokságot, a Battle Cityt. A versenyen mindenkinek egy új Duel Disket kell viselnie, és azzal kell párbajozni, a veszteseknek pedig a legértékesebb lapjukat a győzteseknek kell adniuk. A Kísértetek első áldozata Joey, akitől elnyerik a Vöröszemű Éjsárkányt, de Yugi visszanyeri egy Puzzle Carddal együtt. Joey nem fogadja el a kártyát, hanem Yuginak adja, de megígéri, hogy egyszer visszanyeri. A versenyen a párbajozóknak Puzzle Cardokat kell gyűjteniük. Az első nyolc párbajozó, akinek összegyűl a hat Puzzle Card tovább jut a negyeddöntőkbe. Jyonouchi legyőzi Espa Robat, és megkapja tőle Jinzot, majd Yugi lgyőzi Pandorat, egy Kísértetet. Joey következő ellenfele Weevil Underwood, akitől a két Puzzle Card melett az Insect Queent kapja meg, majd Yugi legyőzi Malikot, aki egy bábut irányítva harcol, és megkapja tőle a Slifer the Sky Dragon istenkártyát illetve egy Puzzle Cardot, majd két Kísértettől Setoval elnyernek egy Puzzle Cardot. Joey utolsó ellenfele Mako Tsunami, akitől 2 Puzzle Cardot és a Legendary Fisherman-t kapja. Malik Kísértetei Jyonouchi párbaja után, elrabolják Jyonouchit és Tea, majd Malik átveszi felettük az irányítást. Yugi Seto segítségét kéri, hogy megtalálja barátait, de előtte egy 2 Vs. 2 párbajban le kell győzniük Umbrat és Lumist, másodjára is, így elnyeri az utolsó két Puzzle Cardot. Végül Yuginak egy élet-halál harcban sikerül kiszabadítania Joey Malik irányítása alól, és mindenki megmenekül, ráadásul Shizuka, aki Maijal, Otogival, és Tristannal érkezik meg a párbajra, leveszi a kötéseit, hogy megmentse Joey a vízbefulástól. Miután együtt a csapat, Mai egy párbajban legyőzi Jean Cloude Magnumot, majd a kijelölt helyre megy a csapat, ahol egy léghajót találnak. A nyolc párbajozó, aki továbbjutott, pedig Mai, Jeoy, Malik, Namu, (Jeoyék egyik új ismerőse), Seto, Yugi és egy titokzatos nő.