Mindegyik epizód válaszokat ad és újabb kérdéseket vet fel. Az első évadban a fő történeti szál akörül bonyolódik, hogy megakadályozzanak egy nagy erejű robbanást, ami a jövőben fog bekövetkezni New Yorkban. Elsőként két karakter, Hiro Nakamura és Isaac Mendez vezeti be ezt a szálat. Előbbi szemtanúja volt az eseménynek a jövőben, utóbbi pedig megfestette.
Az első évad első négy epizódja főként azzal foglalkozik, hogy a karakterek hogyan fedezik fel képességeiket és hogyan birkóznak meg a hétköznapi élettel és felfedezésük következményeivel.
A negyedik epizód végén, egy esemény beindít egy új történet szálat, amely a jövőből visszatérő Hiro által közvetített, Peter Petrellinek címzett „Mentsd meg a lányt, mentsd meg a világot!” („Save the cheerleader, save the world!”) üzenet átadásával kezdődik. Peter még jobban meglepődik, amikor megtudja, hogy egy pomponlányról van szó, ennél több információt azonban nem kap. Bár nem érti, hogyan menthetné meg így a világot, elvállalja a küldetést. Ennek a szálnak a végére a karakterek lassan felfedezik a képességeiket és a hozzájuk hasonlók létezését, néhányan pedig kezdik felismerni, hogy össze kell tartaniuk, hogy megakadályozzák a katasztrófát.
A karakterek nem csak hogy felfedezik a különleges képességeiket, de fokozatosan összeáll a kép is képességeik eredetéről. Beavatkoznak egymás életébe, ahogy megpróbálják elkerülni a történet „főgonoszát”, Sylart, aki vadászik rájuk, hogy felhasználja DNS-üket saját erejének növeléséhez.
Miután Claire-t, a pomponlányt megmentik és Sylart ideiglenesen elfogják, a történet újra arra fókuszál, hogy hogyan fog bekövetkezni a Hiro és Isaac által megjövendölt robbanás és az egyes karaktereknek milyen szerepe van abban, hogy megakadályozzák, vagy éppen előidézzék.