1. rész / Négy hónappal később:
...............................................
A második szezon négy hónappal később veszi fel az első évad végén elejtett szálakat. Új hősöket ismerhetünk meg, köztük a hányattatott sorsú dél-amerikai testvérpárt, Alejandro-t és Maya-t. Van olyan hős, akitől el kell búcsúznunk, ám akad olyan is, akiről csak azt hisszük. Hiro még mindig a múltban keresi a kiutat, s megpróbálja megmenteni Takezo Kensei-t, de rájön, hogy ő nem az, akinek hitte. Maya és Alejandro a rendőrség elől menekülnek és az Egyesült Államok felé tartanak. A Bennet család eközben inkognitóban új életet kezd Kaliforniában. Matt nyomozóvá válik, ám Molly továbbra is rémálmokkal küzd. Mohinder pedig beépül a Társaságba.

2. rész / Gyíkok:
........................
Hiro - Takezo Kensei képét magára öltve - megmenti Yaeko-t és ráveszi Kensei-t, hogy továbbra is segítsen. Kaito gyilkosa Angela Petrelli-re is lecsap, ám ezúttal sikertelenül. Claire újra meg újra tágítja képessége határait, amit azonban West is meglát. Peter eközben kénytelen alkuba bocsátkozni, az őt megtaláló írekkel. Mohinder Suresh a terv részeként meggyógyítja a Haitit, aki később csatlakozik Bennet- hez.

3. rész / Rokonlélek:
.............................
Hiro-nak végre sikerül hőst faragnia Takezo Kensei-ből. Claire eközben megtudja, hogy egykor West is kapcsolatba került a Társasággal. Maya szerencsésen kiszabadítja a börtönbe került Alejandro-t. Mohinder pedig megtalálja Isaac végső képsorozatának utolsó darabját, ami baljós jövőt fest Bennet-nek. Kiderül, hogy ugyan Sylar még él, de kénytelen rádöbbenni, hogy nem működnek a képességei...

4. rész / Kedves idegenek:
........................................
Miközben Micah megpróbál alkalmazkodni az új életéhez, Monica felfedezi a képességét. Claire sehogyan sem tud elszakadni West-től, ezért inkább az apjának hazudik. Angela eközben magára vállalja Kaito Nakamura megölését. Matt információkat vár Nathan-től a valódi gyilkos megtalálásához, s megdöbbentő felfedezést tesz rég nem látott apjáról. Ekkor pedig Molly-t hívja segítségül...