A Pearl Jam a Mother Love Bone romjain alakult – azén a zenekarén, amely az 1980-as évek végének egyik legnépszerűbb csapata volt Amerikában. Miután a frontember Andrew Wood 1990-ben heroin-túladagolás következtében elhunyt, a gitáros Stone Gossard és a basszusgitáros Jeff Ament úgy döntött, új zenekart alapítanak. Csatlakozott hozzájuk Mike McCready (szólógitár), és elkészítettek egy demót, amelyen Matt Cameron, a Soundgarden dobosa segítette ki a srácokat. Hála Jack Ironsnak – aki később átvette a dobos szerepkörét – a demóanyag eljutott az akkor 25 éves San Diego-i szörfös sráchoz, Eddie Vedderhez, aki kicsit hozzáigazított az elkészült dalokhoz – nem csoda, ha hamarosan a banda (akkor még Mookie Blaylock volt a nevük) frontemberi pozíciójában találta magát. Nem sokkal később érkezett a dobos Dave Krusen, és ezzel összeállt a csapat eredeti felállása.
Miután átkeresztelték magukat Pearl Jammá, rögzítették Ten című első nagylemezüket, 1991 elején – bár az anyag csak augusztusban jelent meg. A korong kezdetben mérsékelten fogyott, ám a Nirvana 1992-es robbantása után kapkodni kezdték, mint a cukrot. Nem sokkal később a Pearl Jam már le is hagyta a Nirvanát, ami nem is csoda: mesterien ötvözték az 1970-es évekre jellemző stadion-rock hangulatot az 1980-as évek poszt-punk dühével, ugyanakkor nem hanyagolták el a fogós riffeket és a fülbemászó kórusokat. Az olyan slágerek, mint a Jeremy, az Evenflow vagy az Alive a rádióállomások kedvenceivé váltak.
Krusen nem sokkal a Ten megjelenése után elhagyta a csapatot, helyét Dave Abbruzzese foglalta el. Eközben a rajongók száma rohamosan nőtt, köszönhetően a hathatós MTV-s támogatásnak, a Lollapalooza-turné sikerének és a Facérok című filmben való közreműködésnek. 1993-ban megjelent a Vs., amely dacára annak, hogy nem készült videoklip, nem készült maxilemez, platina lett: első héten közel 1 millió példány fogyott belőle. 1994-ben lemondták nyári amerikai turnéjukat, mert perbe keveredtek a Ticketmasterrel: azzal vádolták a céget, hogy nem képes 20 dollár alá vinni a jegyárakat. Az ügy végül az Igazságügy Minisztérium elé került, tisztességtelen üzleti politika vádjával. Mialatt zajlott a per, felvették új albumukat. Amikor végeztek, kirúgták Abbruzzese-t, helyére az egykori Red Hot Chili Peppers és Eleven dobos, Jack Irons került.
A harmadik Vitalogy album 1994 végén jelent meg. A lemez nagyon hamar multiplatina lett. Közben tovább folyt a per a Ticketmasterrel, ám az Igazságügy Minisztérium végül felső fokon a cégnek adott igazat. 1995 elején a csapat rögzített egy anyagot Neil Younggal; Vedder 1994 tavaszán felesége, Beth Hovercraft nevű zenekarával turnézott; Stone Gossard független kiadót alapított; Mike McCready projectje, a Mad Season (a mikrofon mögött az alice in Chains azóta elhunyt énekesével, Layne Staley-vel) kiadta első, Above című korongját. A Neil Younggal felvett munka, a Mirror Ball 1995 tavaszán jelent meg, Young neve alatt – bár a srácok neve szerepelt a bookletben, a Pearl Jam neve sehol sem jelent meg.
1996 nyarán megjelent a negyedik nagylemez, No Code címmel. Bár az album remek kritikákat kapott, hovatovább a toplisták éléről rajtolt, a korábbi lemezeken megszokottól eltérő stílusa nem aratott osztatlan sikert a rajongók körében. A lemezt követő turné sem sült el valami jól, „köszönhetően” a Ticketmasterrel folytatott elhúzódó pernek, és az attól való vonakodásnak, hogy hosszú hónapokat töltsenek az utakon.
1997 csendesen telt, a srácok többnyire kivonták magukat a reflektorfényből. Gossard megjelentette Interiors című második lemezét, Brad nevű csapatával. Az év végére a Pearl Jam befejezte új, keményebb muzsikát rejtő Yield című korongját. 1998-as megjelenésekor lelkesen fogadták a kritikusok, ám üzleti szempontból bukott az anyag. Az album megjelenése első hetében a második helyén szerepelt az eladási listán, ám aztán gyorsan eltűnt a süllyesztőben. Ennek ellenére a csapat egy aréna-turnéval támogatta meg a Yieldet, amelyről felvétel is készült – ez lett a Live on Two Legs. Jack Irons megromlott egészségére hivatkozva már nem vett részt, őt az ex-Soungardenes Matt Cameron helyettesítette.
A Pearl Jam ezután a pop felé kacsintott egyet: maxin megjelentették J. Frank Wilson klasszikusát, a Last Kisst – az anyag bearanyozódott! A csapat ezután 2000-ben tért vissza, a Binaural című lemezzel. Az ezt követő amerikai és európai turnét rögzítették, amely egy dupla CD-s anyagon jelent meg.