Harry Potter a nyári szünidőt nagybátyjáéknál kénytelen tölteni, akik semmibe veszik őt és mostoha körülmények között tartják. Harry nálunk jobban csak Vernon bácsikája növérét, Marge-ot utálja, aki mindig kritizálja, pocskondiázza a fiút és annak halott szüleit. Mostani látogatása alkalmával annyira felbosszantja Harryt, hogy ő mérgében nem tudja fékezni magát és felpuffasztja nagynénjét. Az incidens után elszökik a Dursley házból. Miközben a sötét utcán kóborol egy sikátorban észrevesz egy fekete kutyát. Az ijedtségtől hátraesve akaratán kívül leinti a Kóbor Grimbuszt, a boszorkányok és varázslók járatát, ami elviszi őt a Foltozott Üstbe. Itt találkozik Cornelius Caramellel, a mágiaügyi miniszterrel, aki megnyugtatja, hogy törvényszegése ellenére sem csapják ki a Roxfortból. Harry kellemesen tölti a szünidő végét az Abszol úton, ahol a szünidő utolsó napján találkozik barátaival és másnap együtt mennek a Roxfort Expresszhez. Harrynek feltünik, hogy mennyire vigyáznak rá, figyelik minden lépését. Egy véletlenül kihallgatott beszélgetésből kiderül, hogy a nemrégiben Azkabanból szökött rabtól, Sirius Blacktől félti őt mindenki. Blacket nagy erővel, a mágiamentes minisztert is bevonva keresik, de eddig hiába.

A vonatúton kellemetlen meglepetés éri a diákokat, dementorok jelennek meg, akik szintén Sirius Blacket keresik. Harry a dementorok hatására elájul és újra hallja édesanyja könyörgését, sikoltását. Mikor felébred, megismerkedik Lupin professzorral, aki a Sötét Varázslatok Kivédését fogja tanítani.

Harryéknek idén új tantárgyakat kellett felvenniük. Hermione szinte minden tárgyat bejelölt, amivel csodálkozásra készettte a fiúkat, hiszen nem lehetett ott mindig minden órán. Az első jóslástanon Trelawney professzor megjósolja Harry közelgő halálát, aki ezután még jobban retteg a fekete kutyától. Viszont a Sötét Varázslatok Kivédése órát rendkívüli módon élvezik a diákok. Egészen addig, amíg Piton professzor nem helyettesíti tanárukat, mivel az betegeskedik. Harry elkezd gyanakodni Pitonra, hogy meg akarja mérgezni Lupin professzort.

Ebben az évben mehetnek le először Roxmortsba, ami az egyetlen kizárólag varázslók lakta település. Harry azonban nem tarthat barátaival, mivel nagybátyja nem írta alá az engedélyét, és házvezető tanára sem engedi el őt. Ron bátyjai, Fred és George előkarácsonyi ajándékként Harrynek ajándékozzák a Tekergők Térképét, amivel a fiú el tud jutni a faluba anélkül, hogy veszélybe sodorná magát. Harry a Roxmortsba való szökése alkalmával rájön, Sirius a szüleinek volt a barátja, de aztán elárulta és Voldemort sötét nagyúr kezére játszotta James és Lily Pottert. Lupin professzor szintén Harry szüleinek volt a barátja.

A regény nem szűkölködik fordulatokban, ugyanis kiderül, hogy nem Sirius Black árulta el Harry szüleit, hanem egy másik barátjuk, Féregfark. James Potter, Lupin, Sirius és Pettigrew, a négy régi barát közül ugyanis hárman animágussá váltak. Csak Lupin nem lett animágus, mert miután megharapta egy vérfarkas, ő is azzá vált. Tehát mind a négyen fel tudták ölteni egy állat alakját. Lupin-ból vérfarkas lett (Holdsáp), Sirius-ból kutya (Tapmancs), Pettigrew-ból patkány (Féregfark) és James Potter-ből szarvas (Ágas). Így történt, hogy Féregfark nyomtalanul eltűnt és azt hitték meghalt. Haláláért, csakúgy mint Potterék ellen elkövetett árulásáért Siriust bűntették, de most lelepleződik Pettigrew (Féregfark) tartózkodási helye. A patkánnyá változott Pettigrew ugyanis egy varázslócsaládnál keresett menedéket Voldemort 12 évvel ezelőtti bukása után. Ez A varázslócsalád pedig a Weasleyék voltak. Ron örökölte a patkányt. Harrynek a történet végén ráadásul egy egész sereg félelmetes dementorral kell megküzdenie, majd még az időt is ki kell játszania Hermione Granger segítségével.