Egy ninja a saját fegyvereiken túl egyéni fegyvereket is használhat, a közelharcban vagy akár távharcokban is. Ezeket az eszközöket öt csoportra oszthatjuk.
Az egyes fegyverek személyre szabottak és a legtöbb fegyver társítható egy egy jutsuhoz, amit a személy használ.

 Gai Nuchakuja

Gai csak egyszer használta ezt a fegyvert a történetben, ritkán használ közelharcban fegyvert. Ez a fegyver láncra erősített két fabotból áll, hogy az ellenfélben nagyobb kárt tegyen.

 Asuma kézi kései

Ezeket a fegyvereket Asuma használja. Ezek a fegyverek viszonylag halálosak, az ujakra kell húzni és az erős sárgarézből készűlt fegyverek a legerősebbek. Asuma arra is képes hogy a chakráját a penge fémén keresztűl, ami mint egy tóldás úgy működik. Ez akkor lehet veszélyes ha az ellenfele beméri a távolságot de a chakrának az élét nem adja hozzá.

 GamaBunta fegyvere

A békafőnök Gababuntaha két oriási méretű tört használ a csatáknál. Amikor Jiraya, Tsunade és Orochimaru megküzdött a békafőnök ezt a tört használta hogy megsebesítse Manda-t.

 Kakashi öröksége

Ezt a tört hüvej Kakashi apjáé volt, Hatake Sakumo akit a falu csak fehér agyarként emlegetett. A pengét támadás közben egyedűl álló fehér csakrát fog mutatni, ami erősebbé teszi a támadást.

Hayate kardja

Ezt a kardot Hayate használja, egy különleges techinikával alkalmazza. Ez egy olyan techinika amit a felhasználó az önmaga töbszörösét hozza létre ami olyan mint egy töröt tükör.

 Hidan 3 ágú kaszája

Hidan Akatsuki tag, ő egy három pengés haszát használ, amit az ellenféhez tud vágni, egy kötelet erősített hozzá amivel akkár újbóli támadást is tud indítani.

 Idate kése

Ezt a kést Idate, Boss Jirochotól kapta a fiatal fiú iránti bizalom jeléűl.

 Kakkou behúzható pengéi

A kőninják közötti Kakkounak van egy csukló pengéje, amit az alkarjához erősítettek. Ennek a pengének az az előnye hogyha harcol valakivel előre ugrik, és az ellenfél már lehet hogy csak későn veszi észre.

 Kamakiri ollója

Kamakirinek egy sajátos kétpengéjű olló szerű szerkezete van amit a kezében tartva az ellenfél könnyebb megsebesítésítésére tud használni.

 Kimimaro csontkardjai

Egyedűl álló vérvonala miatt, a Sound ninja, Kimimaro csontokat tud kiszedni a testéből hogy aztán fegyverként használja ezt. Mert ezek a csontok az acélnál is keményebbek, ez a fegyver egy nagyon erős és megbízható támadási eszköz.

 Kotetsu óriás Kunaia

Kotetsu két nagy kunait hor a hátán. Ezeket a fegyvereket Izumóval együt használ.

 Kotetsu buzogánya

Ezt a buzogányt szintén Kotetsu használja, a méretei miatt, a buzogányt egy beidéző tekercsben tartja, amit könnyű szerel tud majd használni egy - egy támadáshoz.

 Kidoumaru pokfonala

Arra használja a képességeit hogy egy pokfonalat hozzon létre, a szájából. Ebből a fonálból olyan kemény fegyvereket tud formálni mint a fémek. Kardokat és töröket is képes a fonálból alkotni, hogy ezt az ellenség ellen használja.

 Raiga kardja(i)

Reiga a kardját(it) a villámjutsuval együtt használja. Egy elektromos töltést használ a kardjában, ezt pedig az ellenfél felé tudja tüzelni.

 Kusanagi

Ez a legendás kard, a Kusanagi a legendás Sanninok egyiké, Orocihimaru személyes fegyvere. Mikor nem kell neki a kard a testében tartja. Mikor a fegyverre szüksége van, feltudja öklendezni.

 Mahiru kardja

A kőninja, Mahiru egy nagyon erős és felsőbb szintű kűldetéseken szokta használni ezt a kardot.

Suigetsu kardja

Ez a kard leginkább Momochi Zabuza kardjára emlékeztett, azért mert ez tulajdonképpen a köd ninja első fegyvere volt. Ezt a kardot végül megszerezte Suigetsu, abban reménykedik hogy egyszer majd ő is hasolló lesz mint Zabuza volt.

Raijin kardja

Ez a kard a II. Hokagéjé volt. Ez a legendás kard maradt fent halála után. A levél ninja Aoi, meggyőzte Idatét hogy lopja el a kardot.

Samehada

Ez a hosszú kard, Kisame első számú fegyvere. Ez a kard lényegében inkább csak a mérete, nagyon hasolít Zabuza fegyverére. Ennek a pengéje, olyan cápafogak vannak amik leginkább arra jók hogy az ellenfélt jobban megsebesítse. Kisame akkor szerezte ezt a fegyvert mikor a Mist Seven kardforgatok egyik tagja volt. (Ez egy elit ninja osztag.) Mikor Kisame elmenekült a faluja elől, elhozta a kardját is.

Szamuráj kardok

Ezeket a kardokat több zsoldos szamuráj kezeli. Waraji és Zouri is.

Sasuke Kusanagija

Mikor Sasuke Orochimaru mellet tanúlt, elkezdte használni ezt a kardot. Hogy a kard erejét növelje, a chidori teknikát is vele együtt használja, hogy növelje a penge erejét. Gyakorlatilag a penge és a technika egy olyan erős fegyvert hoz létre, ami mindenen át tud hatolni.

Yondaime repülő Kunaija

Yondaime a IV-dik hokage használta ezt a kunait. Ezt a speciális fegyvert tanítványának adta, Hatake Kakashinak.

Dosu hangerősítője

Dosu ezt a hangerősítőt hordja a jobb karján. Ennek a fegyvernek az a célja hogy egy olyan hangot ad ki amitől a belső fűl megsérűlhet. Ez a támadás, tájékozódási zavarral, szédüléssel végződhet.

Fubuki jégbombái

Fubuki a kunahoz egy jégbombát erősít, ami ha a célba talál felrobban és az ellenfelet hó takarja el.

Haku repülő viz tűi

Egy titkos jutsut használ, ami egyedűlálló Haku vérvonala miatt. Bármien vízből képes tűket létrehozni, majd a chakrájával irányitani tudjaezeket, majd az ellenség felé irányítani.

Kimimaro ujgolyói

Az egyedűl álló vérvonala miatt, Kimimaro eltudja választani a tesétből a csontokat. Ezzel a technikával az ujait eleven fegyverként tudja használni az ujait. Becélozza az ellenfelet és golyóként tudja elindítani a csontjait az ujából.

Kin csengői

Bár Kin is a hang faluból jött a techinkája mégis külömbözik a másik két társától. Tüket használ amihez egy apró csengót rögzítenek. Ehez egy drótott rögzít, és ezalat a csengő megszólal. Ez a hang a belsőfülbe érve hallucinációt okoz, ezenfelűl arra is jó hogy összekeverje az ellenfelet.

Arany fonál nyilak

A testét ara használja hogy létrehozzon egy aranypók fonalat, amiből pedig fegyvereket tud létrehozni, amik olyan szirlárdak mint a fém. Végűl ebből a fonálból nyilat és Ijat tud formázni.

Mizore kéz fegyvere

A hóninja, Mizore egy nagy fémkezet hord. Ezzel arra képes hogy ragadós kötelet hordjon, hogy ezzel összetudja az ellenséget kötözni.

Mizuki óriás Shurikenje

Miután Mizuki meggyőzte Narutot hogy lopja el a tiltott tekercset, és Iruka rájuk talál. Mizuki ezzel az óriás Shurikennel sebesíti meg. Sokkal élesebb, és veszélyesebb mint a kicsi.

Mubi ijpuskája

Ilyen fegyvereket ritkán használnak a sorozatban ezt is csak egyszer lássuk feltünni. Mubi használja, normális vagy lángolo nyilakat képes kilőni.

Naruto beidézett óriás Shurikenje

Naruto a sorozat második felében egy beidéző tekercsből hivja elő ezt a fegyvert. A nagyobb méretű fegyvereket álltalában beidéző tekercsekben tartják, hogy szabad mozgása legyen.

Shikamaru fénybombái

Shikamaru az árnyékával küzd leginkább, ezért ha szorúlt helyzetbe kerűl képes megragadni az árnyékával ezt a bombát és mikor ez felrobban elvakítja az ellenfelet.

Shizune tűkilövője

Shizune alkarján elrejtve egy tűkilövő van felcsatolva, a másik kezében a biztosító kábel. Ha ezt megrántja mérgezett tüt fog az ellenség felé löni.

Tayuya fuvolája

Ezt a fuvolát Tayuya használja, föleg illúziokat képes vele idézni, hogy összezavarják az ellenséget.

TenTen beidézet fegyverei

Bár úgy tűnik hogy TenTen nagyon kevés fegyvert használ ez nem igaz, a legfőbb fegyverei beidézet tekercsekben vannak amit a beidézés után nagy mennyiségben tud egy adot cél felé fordítani. A célzásai pedig kitünőek.

Temari óriás legyezője

Temari ezt az óriás legyezőt használja a harcoknál. Mikor ezt használja olyan bámulatos szeleket képes idézni a chakrája és a legyezője segítségével ami darabokra tépi az ellenfelet vagy a környezetett amit a szél ér. Szintén ezzel a legyezővel képes beidézni dolgokat, majd meglegyinti a legyezőt és a szélbe megjelenik a megidézet állat.

Ucniha clan hármas támadása

Ez egy különleges kombinált fegyverekből álló támadás. Elsőnek több shurikent dobunk az ellenfél irányába ezzel megtéveszük a valódi céltól mégpedig attól az egy shurikentől amire hajszáldrótot erősítettünk, a dróttal körülveszi az ellenfelet, és visszatartja azt. Eközben a támadó megidézi a tüztechinkát a kezével, majd porrá égeti az ellenfelet, aki nem tud mozdúlni a drótok miatt.

Zaku szélnyillásai

Zaku is a hag faluból jött öneki a képessége hogy a légnyomást tudja írányitani a kezén lévő légcsatornák segítségével. Ezzel a légcsatornával az ellenfelet megtudja támadni egy hatalmas légnyomással. Ez a légnyomás annyira erős hogy sziklákat képes megsemmisíteni.

Chouza fegyvere

Ő tetszés szerint tudja változtani a teste méretét, vagy akár egy egy testrészét csak.

Enma Kongou Nyo alakja

A III. hokage idézete Enma képes átváltozni egy Kongou Nyo fegyvernek az alakjába. Ebben az alakban változó hosszúsgába tudja kiterjeszteni magát. Még ebben az alakban is képes a karjárt vagy a szemeit használni hogy az ellenséget lefegyverezze.

Kimimaro dárdája

Miután az átokpecséttel elérte a második szintjét, Kimimaro egy dárdát tud létrehozni az alkarján. Azt mondják hogy ezzel a fegyverrel képes bármien palyzson áthatólni.

Kimimaro gerinc ostora

Miután az átokpecséttel eléri a második szintet, képes kihúzni a saját gerincét hogy azt korbácskét vagy lasszó ként használni.