A dicloniusok mutáns emberek, akikről azt hiszik, Isten küldte őket hogy elpusztítsák az emberiséget. A fejükön két szarv nőtt, és négy láthatatlan, vektornak nevezett karjuk van, amivel bármit egy szempillantás alatt el tudnak pusztítani. Ilyen veszélyes erővel szemben az emberek egy lehetséges megoldást találtak: bezárták az ősszes dicloniust hogy kísérletezhessenek ratuk, majd megöljék őket. Lucy, egy különlegesen erős és kissé borultagyú diclonius sértetlenül szökést kísérel meg, őrök százait lemészárolva útközben. Amikor már majdnem kijutott, egy lövés találta el rossz célzással, ezért elájult és a tengerbe zuhant. Másnap a parton talál rá két fiatal, Yuka és Kouta. Mivel Lucy elvesztette az emlékezetét, összesen egy szót tud ismételgetni állandóan: "nyuu". Mivel védtelen, hazaviszik Kouta házába.
A bonyodalmak csak itt kezdődnek... főleg, hogy az igazi Lucy odabent még életben van...