1960-ban a csehszlovák parlament új alkotmányt fogadott el, amely az ország hivatalos nevét Csehszlovák Szocialista Köztársaságra változtatta. Miközben a sajtó a szocializmus sikereitől volt hangos, a lakosság körében nőtt az elégedetlenség. Gondok jelentkeztek a gazdasági életben, az előirányzott terveket nem sikerült teljesíteni, s a lakosság életszínvonala sem emelkedett olyan ütemben, mint a nyugati államokban. Egyre több adat került nyilvánosságra a párt által az 50-es években elkövetett törvénytelenségekről. Nyíltan azonban még mindig nem lehetett beszélni a sztálinizmus áldozatairól, hiszen a bűnök elkövetői ott ültek a legfelső vezetésben. A változások fő akadálya az ország első számú vezetője, a kommunista párt főtitkára, Antonín Novotný volt.

A párt politikájával szembeni elégedetlenségnek először az írók adtak hangot. Ludvík Vaculík, Václav Havel és mások a szocialista gyakorlathoz képest nyíltan beszéltek a változások szükségességéről. Magán a kommunista párton belül is kezdett kialakulni egy olyan nemzedék, amely változásokat sürgetett. Vezéralakjuk a szlovák kommunisták vezetője, Alexander Dubček volt. A reformkommunisták a gazdaságpolitika megváltoztatását, az 50-es évek bűneinek leleplezését, szólásszabadságot követeltek. 1968 januárjában sikerült elérniük Novotný menesztést. A párt új főtitkára A. Dubček lett, a köztársasági elnöki tisztségbe pedig a második. világháború hőse, Ludvik Svoboda került. Az ország vezetését fokozatosan a reformok hívei vették át, s megkezdődött az ún. prágai tavasz időszaka. A lakosság támogatta a változásokat, megszűnt a cenzúra, szabadon lehetett külföldre utazni, s minden kérdést szabadon meg lehetett vitatni.

A közélet demokratizálása mellett a reformok a cseh-szlovák viszonyt és a kisebbségek helyzetét is érintették. Újból vita kezdődött Szlovákia helyzetéről. A szlovákok a Gottwald és Novotný alatti időszak centralizmusa után nagyobb önállóságot követeltek, s vita indult a csehszlovák állam federatív átrendezéséről. Ezzel párhuzamosan ismét felerősödött a szlovák nacionalizmus, s előkerültek a hontalanság éveit idéző nacionalista jelszavak. A CSKP reformista vezetése azonban ragaszkodott a kisebbségi jogok törvényi szabályozásához, s felkérték a kisebbségi szervezeteket, dolgozzák ki javaslataikat. Ebben a légkörben vált a Csemadok a magyarság képviselőjévé. Támogatta a változásokat, s megfogalmazta a magyarságot érintő legfontosabb tennivalókat. Javaslatában a federatív állammodellből kiindulva a nemzetiségek helyzetét az önrendelkezés alapján kívánta megoldani. Az 1968 márciusában közzétett memorandumában a Csemadok kollektív kisebbségi jogok megadását, a közigazgatásban és az államhatalomban való arányos részvételt, a járások átszervezését, autonóm magyar iskolahálózat létrehozását, nemzetiségi miniszteri tárca létrehozását javasolta. A Matica Slovenská heves tiltakozása ellenére a csehszlovák pártvezetés kedvezően fogadta a javaslatokat, és beépítette azokat programjába.

A Varsói Szerződés tagállamainak 1968. augusztus 21-én Csehszlovákiát megszálló katonái és tankjai azonban nemcsak a demokratizálás eredményeit, a dubčeki reformista pártvezetést, hanem a kisebbségi kérdés megoldásának lehetőségét is eltiporták. A magyar kisebbség a cseh és szlovák közvéleményhez hasonlóan döbbenten és ellenségesen fogadta az országot megszálló idegen katonákat. Ezen még az sem változtatott, hogy a Dél-Szlovákia bizonyos részeire a Magyar Néphadsereg egységei vonultak be. 1938 novemberétől eltérően, most nem diadalkapuk fogadták a magyar katonákat, hiszen mindenki jól tudta, hogy ittlétük ideiglenes, és nem szabadságot hoztak, hanem a kommunista diktatúra eszközeiként érkeztek meg. A Csemadok és más magyar szervezetek tiltakoztak a katonai intervenció ellen, s nyugalomra szólították fel a lakosságot.

A prágai tavasz eredményei közé tartozik, hogy a csehszlovák parlament 1968. október 28-án elfogadta a federációról szóló alkotmánytörvényt és az 1968. évi CXLIV. számú nemzetiségi törvényt. Az 1969. január 1-jén életbe lépett törvények a Varsói Szerződés tagállamainak beavatkozását követően már nem teljesíthették küldetésüket. Az elfogadott nemzetiségi törvény már nem is volt azonos a korábban kidolgozott változattal, hiszen abból Gustáv Husáknak, az ország „erős emberévé” előlépett szlovák politikusnak köszönhetően a nemzetiségi önigazgatást biztosító részek kimaradtak.

1969-ben Csehszlovákiában kezdetét vette a husáki „normalizáció” időszaka. Az „ideiglenesen” az országban tartózkodó szovjet hadsereg árnyékában a Gustáv Husák által irányított pártvezetés a brezsnyevi politikát hűségesen másolva az 50-es évek politikai eszközeit élesztette újjá. Az 1956-os forradalom utáni Magyarországot idéző kivégzések ugyan nem voltak, de a pártban és a társadalomban széles körű tisztogatás kezdődött. Az 1945-48 közötti magyarellenes politikában is vezető szerepet játszó Gustáv Husák politikai eszköztárából a hetvenes-nyolcvanas években sem hiányoztak a kisebbségellenes jegyek. A federációs törvény értelmében 1969 januárjában megalakult a Szlovák Szocialista Köztársaság kormánya, amelyben a nemzetiségi ügyekkel foglalkozó tárca nélküli miniszteri posztot a Csemadok elnöke, Dobos László kapta. Létrehozták a Szlovák Nemzeti Tanácson belül működő Nemzetiségi Tanácsot, a Nemzeti Tanács alelnökévé pedig Szabó Rezsőt nevezték ki. A normalizációs politika azonban gyorsan lecsapott a kibontakozó kisebbségi politizálásra. 1970-ben Szabó Rezsőt felmentették, a nemzetiségi ügyekkel foglalkozó miniszteri posztot pedig felszámolták. A Csemadok sem kerülte el a sorsát. Addigi vezetését eltávolították, s helyükre a párthoz hű hivatalnokokat ültettek. A Csemadokot kizárták a politikai és társadalmi szervezeteket tömörítő Nemzeti Frontból, amely mozgáskörének szűkülését jelentette.

A husáki normalizáció időszakában különösen a magyar kisebbség nyelvhasználati gyakorlatát és a magyar iskolákat érték gyakori támadások. Rendelet szabályozta például a szlovákiai településnevek írását a magyar sajtóban. Megtiltották a magyar nevek használatát (Pozsony, Zsolna, Kassa), s a hivatalos szlovák tulajdonnevek használatát tették kötelezővé (Bratislava, ®ilina, Koąice). A Szlovák Tudományos Akadémia Történettudományi Intézete dolgozta ki a történelmi magyar személynevek szlovák helyesírásának alapelveit. E szerint az olyan történelmi személyiségek neveit, akik kapcsolatba hozhatók a szlovák történelemmel a szlovák helyesírás szabályai szerint kell írni. Így a szlovák sajtó és a történetírás a mai napig a Pazmaň (Pázmány), Pálfi (Pálffy), Čáki (Csáky) névalakokat használja. Sőt egyes történelmi családnevek durva fordítás áldozatai lettek, így lett a Szentiványiból Svätojánsky, a Fejérpatakyból pedig Belopotocký.

A magyar nyelvű oktatást ért támadások egyaránt érintették az óvodákat és az általános és középiskolákat. 1977-ben a magyar nyelvű óvodák legidősebb korcsoportjában kötelezővé tették a napi szlovák nyelvű foglalkozást, amely során a magyar kisgyerekeknek a szlovák nyelv alapjait kellett elsajátítaniuk. Az iskolai oktatásban a magyar nyelvhasználat visszaszorítására történtek kísérletek. Ez elsősorban a középiskolákban hozta meg eredményét, hiszen a szaktantárgyak oktatását több magyar iskolában szlovák nyelvűre változtatták. Az 1970-es évek második felében szlovák kormánykörökben tervezetet dolgoztak ki a magyar nyelvű oktatás szovjet típusú elsorvasztására. A kiszivárgott információk nagy felháborodást váltottak ki magyar értelmiségi körökben éppúgy, mint a Csemadok berkeiben. Különböző csatornákon keresztül kísérletek történtek a tervezet megakadályozására. A Csemadokban és az államigazgatásban dolgozó magyarok tiltakozása mellett kibontakozott egy újfajta jelenség is: a szlovákiai magyarság disszidens (demokratikus ellenzéki) mozgalma.

A Csehszlovákiai Magyar Kisebbség Jogvédő Bizottsága 1978-ban alakult meg, azzal a céllal, hogy a szlovákiai magyarságot érő sérelmekre felhívja a közvélemény figyelmét, és hogy a maga módszereivel akadályozza meg azokat. Vezető személyisége egy fiatal pozsonyi geológus, Duray Miklós volt. Rajta kívül még 12-15 személy alkotta azt a laza szerveződést, amely alkalmi segítők százaival az egész szlovákiai magyarságot behálózta. A Jogvédő Bizottság a cseh ellenzékiek, a Charta 77 mozgalmával is felvette a kapcsolatot. A Jogvédő Bizottság első nagy akcióját a magyar nyelvű oktatás elszlovákosítását jelentő rendelet életbe léptetése ellen indította. Válaszul a Csemadoknak és a köztársasági elnöknek küldött tiltakozásokra 1982 júliusában Duray Miklóst letartóztatták, és a köztársaság felforgatásának vádja címén pert indítottak ellene, és több magyar értelmiségit kihallgatásra idéztek be. A tiltakozások azonban meghozták eredményüket, a tervezet megvalósítását elnapolták.

A nemzetközi visszhangot kiváltó ügyben a magyarországi közélet és a nemzetközi írótársadalom több neves alakja is hallatta hangját. Durayt végül száznapi fogva tartás után szabadon engedték.

A 80-as években az addig mozdulatlannak tűnő szovjet birodalom államaiban is változások kezdődtek. A lengyelországi események, a gorbacsovi peresztrojka és a magyarországi gazdasági és politikai változások hatására a csehszlovák ellenzéki mozgalmak is aktivizálódtak. A Charta 77 által szervezett prágai megmozdulások mellett Szlovákiában a vezető katolikus értelmiségiek által szervezett ún. gyertyás tüntetés volt az első nagy ellenzéki megmozdulás (1987).

A rendszerváltás ennek ellenére váratlanul érte az ország lakosságának döntő többségét. A prágai diákok 1989. november 17-ei demonstrációja elleni brutális rendőri fellépés azonban az egész társadalmat talpra állította. A pártállam szinte napok alatt összeomlott, s a vér nélküli, „bársonyos forradalom” vezetőjeként a korábbi disszidenst, Václav Havelt választották köztársasági elnökké. Ezzel Csehszlovákiában is megkezdődött a rendszerváltás folyamata.

A csehszlovákiai magyarok az első napoktól kezdve a változások alakítói közé tartoztak. A párállam összeomlását a magyar vidékeken mindenütt nagy lelkesedéssel fogadták, abban reménykedve, hogy a közélet demokratizálásával együtt nemzetiségi jogaik is kiszélesednek. 1989. november 18-án, Vágsellyén a kisebbségi magyar iskolák védelmében tevékeny részt vállaló szerkesztő, Tóth Károly meghívására magyar értelmiségiek egy csoportja gyűlt össze tanácskozásra. Az összejövetelen megalakult a Független Magyar Kezdeményezés (FMK), amelyet a rendszerváltás első politikai pártjának tekinthető. Az FMK, amely később a Magyar Polgári Párt nevet vette fel, felkészültségével, liberális, európai szellemiségével nemcsak a magyar kisebbségnek mutatott utat, hanem nyitott volt a hasonló gondolkodású szlovák politikai erők előtt is. Ennek a politikának köszönhetően a cseh és szlovák mozgalmak és pártok partnerként fogadták el a magyar kisebbség politikai reprezentánsait. A párt első elnökévé Tóth Károlyt választották.

A Független Magyar Kezdeményezés 1990 januárjában a parlament átalakításában (parlamenti kooptálások) jelentős szerepet játszott, 5 képviselőt juttatott a Szövetségi Gyűlésbe (többek között Duray Miklóst) és 5 képviselőt a Szlovák Nemzeti Tanácsba.

Az FMK mellett hamarosan más magyar pártok és mozgalmak is megjelentek. Másodikként, 1990 februárjában a Duray Miklós vezette Együttélés Politikai Mozgalom kapcsolódott be a magyar szavazókért folytatott harcba, majd 1990 márciusában a Magyar Kereszténydemokrata Mozgalom (MKDM) is megalakult. Az első szabad választásokra készülve főként a liberális elveket valló FMK és a nemzeti politikai képviseletre törekvő Együttélés között alakult ki törésvonal. Így, míg a nemzeti összefogást hirdető MKDM és Együttélés együtt indultak a választásokon, addig az FMK a hasonló politikai elveket deklaráló és a szlovákiai rendszerváltásban meghatározó szerepet játszó szlovák Nyilvánosság az Erőszak Ellen (VPN) mozgalommal indult koalícióban. Az 1990 júniusában megtartott választásokon a VPN-FMK koalíció győzött a szlovák kereszténydemokratákat megelőzve, így a szlovákiai magyar kisebbség egyik reprezentánsa, a szlovákiai magyarság történetében először, kormánypozícióból próbálhatott kisebbségi magyar politikát folytatni. Zászlós Gábor miniszterelnök-helyettes, A. Nagy László pedig a Szlovák Nemzeti Tanács alelnöke lett. Miközben az FMK a kormánypozícióból, a két másik magyar párt konstruktív ellenzéki helyzetből politizált szövetségi és köztársasági szinten egyaránt.

A rendszerváltást követő euforikus időszak kedvező társadalmi légkört teremtett a magyar kisebbség számára. Ezt a Magyarország és a Csehszlovákia között a visegrádi kezdeményezés keretén belül megélénkülő kapcsolatok is elősegítették. A véleménynyilvánítás szabadsága azonban hamar felszínre hozta a korábban mesterségesen elfojtott nemzeti érzéseket is. A magyar ügy és az ezzel kapcsolatban feléledő szlovák nacionalizmus a nyelvtörvény 1990 őszén lezajlott vitájában lángolt fel először. Habár a szlovák parlament a Matica Slovenská által feltüzelt tömeg nyomása ellenére a kormánykoalíció javaslatát hagyta jóvá, az mégis jelentős visszalépést jelentett a magyarság nyelvhasználati jogaiban.

A nemzeti törekvésekhez való viszonyulás a hatalmon lévő VPN mozgalomban is szakadást idézett elő. A demagóg és nemzeti jelszavakat hangoztató volt kormányfő, Vladimír Mečiar a mozgalom tagságának nagy részét maga mögé állítva új pártot alakított. A Demokratikus Szlovákiáért Mozgalom (HZDS) az 1992-es választásokon már Szlovákia legerősebb politikai tömörülésének bizonyult. A magyar politikai reprezentáció továbbra is megosztott volt, sőt a választások előtt negyedikként megjelent a Popély Gyula vezette Magyar Néppárt is. A szavazók döntése alapján az Együttélés-MKDM koalíció 14 mandátumot szerzett a Szlovák Nemzeti Tanácsban, míg az ezúttal egyedül induló Magyar Polgári Pártnak nem sikerült bejutnia a parlamentbe. A választások azonban nemcsak a képviselői helyek elosztásáról döntöttek, hanem Csehszlovákia további sorsáról is. Az 1990-től fokozatosan elmérgesedő cseh-szlovák viszony végül a közös ország felbomlásához vezetett.

Az 1993. január 1-jén megalakult független Szlovák Köztársaságot a szlovák alkotmány a szlovákok államaként határozta meg. Ennek jegyében az 1993-tól az 1998-as választásokig tartó időszakot az egyre erősödő többségi nacionalizmus, s a magyar kisebbség pozícióinak gyengülése jellemezte. Ennek a politikai irányvonalnak az ország „erős embere”, Vladimír Mečiar volt a meghatározó alakja. A tárgyalt időszakban csupán Mečiar 1994-es fél évig tartó bukása hozott pozitív eredményeket a magyar kisebbség számára. Az ekkor elfogadott „táblatörvény” a magyar helységnevek feltüntetését, az anyakönyvi törvény pedig a magyar nők nevének -ová végződés nélküli használatát tette lehetővé. Az európai csatlakozás szempontjából fontos eredmények azonban rövid életűek voltak.

Az 1994-es előrehozott választásokon ismét a Mečiar vezette autoratív tömörülés győzött. A szlovák kormányfő ugyan 1995 márciusában jószomszédi és baráti együttműködési szerződést írt alá Horn Gyula magyar miniszterelnökkel, de ennek betartására kísérletet sem tett. A két ország közötti viszonyt a nemzetiségi kérdésen kívül elsősorban a bős-nagymarosi vízlépcső körül kialakult vita terhelte meg. A Szlovákiát egyre inkább a nemzetközi elszigeteltségbe vezető hatalom kifejezetten ellenségesen viszonyult a magyar kisebbséghez. Radikálisan csökkentették a kisebbségi kultúrára szánt állami támogatást, a magyar nemzetiségűeket elbocsátották az államigazgatásból, s meg-megújuló támadásokat intéztek a magyar iskolák ellen. Az alternatív oktatást meghirdető tervezet valójában a magyar nyelvű oktatás fokozatos felszámolását célozta meg. Ennek tudatában országos méretű tiltakozás indult ellene, amely végül eredményre vezetett. A nacionalista Nemzeti Párt által irányított oktatási tárca azonban mindent megtett a magyar pedagógusok megfélemlítésére. A tiltakozó tantestületektől megvonták a jutalmakat, a bátran kiálló iskolaigazgatókat pedig elbocsátották állásukból. A magyar oktatásügy felszámolását szolgálta az 1995-ben elfogadott államnyelvtörvény is. A törvény a szlovákot mint államnyelvet olyan kivételezett pozícióba juttatta, amely gyakorlatilag lehetetlenné tette a magyar nyelv használatát a közéletben, a hivatalos érintkezésben és a közigazgatásban. Az államnyelvtörvény nacionalista szemlélete magyarellenes hangulat kialakulásához vezetett Szlovákiában.

Szintén hátrányosan érintette a szlovákiai magyarságot a közigazgatás 1996-os átszervezése. A Magyar Koalíció javaslata ellenére az új területi egységek határait a történelmi hagyományok és a magyar kisebbség jogos igényeit figyelmen kívül hagyva határozták meg. A járások határait is úgy alakították át, hogy azok a magyar kisebbség arányának csökkenésével járjanak. Így például a Rimaszombati járástól az újonnan kialakított Nagyrőcei járáshoz csatolták a többségében magyarok lakta tornaljai körzetet.

Az 1994-es választásokon az ezúttal hármas koalíciót (a Magyar Polgári Párt is tagja lett) alkotó magyar pártok a szavazatok 10,2%-át szerezték meg. A hatalmon lévő nacionalista kormány azonban teljesen figyelmen kívül hagyta az ellenzék akaratát, így a magyar pártok is elsősorban az önkormányzati politikában könyvelhettek el sikereket. A kormánykoalíció részéről tapasztalt támadások és az új választási törvény újból előtérbe helyezték a magyar pártok egységének ügyét. A három magyar párt (Magyar Kereszténydemokrata Mozgalom, Együttélés, Magyar Polgári Párt) között hónapokon keresztül folyó tárgyalások eredményeként 1998 tavaszán létrejött a Magyar Koalíció Pártja (MKP).

Az MKP 1998 őszén a választásokon hagyományaihoz híven szerepelt. A választások után a Mečiar ellen szövetkezett erők alakíthattak kormányt. A Bugár Béla vezette Magyar Koalíció Pártja belépett a kormánykoalícióba, így esély nyílott arra, hogy Szlovákia a magyar kisebbség tevékeny közreműködésével kezdje meg az Európai Unióhoz való csatlakozási tárgyalásokat.