A szlovák autonomista törekvések és a kisebbségek megoldatlan problémája belpolitikai válsághoz vezettek Csehszlovákiában. Beneą elnök ugyan tárca nélküli miniszteri posztot kínált Esterházy Jánosnak, a szlovák származású miniszterelnök, Milan Hodľa pedig egy nemzetiségi statútum kidolgozására tett ígéretet, de javaslataikkal már elkéstek, az ország nemzetiségei átfogóbb és radikálisabb rendezésben reménykedtek. Az első próbatételt a szudétanémetek problémája jelentette. Mivel a prágai vezetés nem teljesítette az autonomista német törekvéseket, Hitler fellépését követően nemzetközi válság alakult ki. A nyugati hatalmak először közvetítőt küldtek Csehszlovákiába a vitás kérdések elsimítására, majd elfogadták az etnikai alapon való határrevízió elvét. A háborús feszültséggel teli hetek után döntés született arról, hogy a szudétanémet kérdést az 1938. szeptember 19-én Münchenben megtartott nemzetközi négyhatalmi konferencián rendezik. A konferencia döntése alapján Csehszlovákia többségében németek lakta területeit október 1-jei hatállyal Németországhoz csatolták.

A müncheni döntés egyik függeléke kötelezte Csehszlovákiát, hogy három hónapon belül rendezze a területi vitáit Lengyelországgal és Magyarországgal, máskülönben újabb nemzetközi konferenciát hívnak össze a kérdésben. A lengyelek a tárgyalásos utat mellőzve, rögtön ultimátummal fordultak Prágához, amelyben a vitás területek azonnali átadását követelték. Ennek a csehszlovák kormány eleget tett, így a lengyel csapatok már október 2-án bevonultak Teschen vidékére. Közben Dél-Szlovákiában is feszültséggel teli helyzet alakult ki. A Magyar Párt azonban továbbra is a megegyezéses politika híve maradt. Szeptember 17-én megfogalmazott nyilatkozatában az önrendelkezés és a népszavazás jogát kérte a szlovákiai magyarság számára. A lengyel példával ellentétben a magyar kormány szintén a tárgyalásos rendezés útját választotta. A két fél már a tárgyalások megkezdése előtt megegyezett a csehszlovákiai magyar politikai foglyok szabadon bocsátásáról, vegyes polgárőrség létrehozásáról és a magyar nemzetiségű katonák leszereléséről. A magyar kormány ezenkívül azt kérte Csehszlovákiától, hogy a jó szándék jeleként adja át Magyarországnak az Ipolyságot és a sátoraljaújhelyi vasútállomást. Miután ezt Csehszlovákia teljesítette, megkezdődhetett az érdemi munka. A tárgyalásokat a közben immár autonómiáját kikiáltó Szlovákia kormánya október 9-én kezdte meg a Kánya Kálmán külügyminiszter és Teleki Pál által vezetett magyar küldöttséggel a szlovákiai Komáromban. Habár a szlovákiai magyar politikusok csalódottan vették tudomásul, hogy a magyar kisebbség ügyének rendezése nélkülük történik, a komáromiak magyar zászlókkal és a Himnusz éneklésével köszöntötték a tárgyalásokat.

A megbeszélések elején a magyar delegáció az 1910-es népszámlálás idején magyar többségű területek visszacsatolását javasolta. A Tiso miniszterelnök által vezetett szlovák fél nem adott azonnali választ, hanem az időhúzás taktikájához folyamodott.

A szlovákok végül elfogadták a területi követelések jogosságát, de csak a Csallóköz, majd harmadik javaslatukként ezen kívül néhány kisebb-nagyobb határ menti terület átadásáról voltak hajlandóak tárgyalni. Ez mindössze 350 ezer lakos visszatérését tette volna lehetővé, és a magyarlakta területek jelentősebb városai is Csehszlovákiában maradtak volna. A nagy nézetkülönbségek miatt a tárgyalások 5 nap után megszakadtak. A rendezésben érdekelt német kormány azonban igyekezett megegyezésre bírni a feleket. A csehszlovák kormány október 22-i javaslata már szinte teljesen azonos volt a magyar követelésekkel, mindössze néhány város - Kassa, Pozsony, Nyitra, Ungvár, Munkács - hovatartozása jelentett problémát. A tárgyaló felek ezért a nagyhatalmak döntőbíráskodását kérték, így a döntés az olasz külügyminiszterre, Ciano grófra és német kollégájára, Ribentropra maradt, akiknek valójában már csak a vitás városok hovatartozásáról kellett dönteniük. A november 2-án a bécsi Belvedere palotában lezajlott döntésről a magyar küldöttség elégedetten térhetett vissza Budapestre. Magyarország 11 927 négyzetkilométernyi területet kapott vissza több mint 1 millió lakossal. A visszatért lakosságnak 84%-a volt magyar, a maradék szlovák vagy rutén. A pontos határvonalat a két ország közös bizottságai állapították meg, az etnikai elveket szigorúan szem előtt tartva. A vitatott városok közül Pozsony és Nyitra ugyan Szlovákiában maradt, de a magyar kultúra olyan fellegvárai kerültek vissza, mint Galánta, Érsekújvár, Komárom, Léva, Losonc, Rimaszombat, Rozsnyó, Kassa, Munkács és Ungvár.

A bécsi döntés által kijelölt területek átadására november 5-11-e között került sor. Miután a csehszlovák hadsereg visszavonta katonai egységeit, a magyar honvédség vonult be a területre.

A müncheni és a bécsi döntés Csehszlovákia szétesésének a kezdetét jelentette. A térségben vezető szerepet játszó náci Németországnak nem fűződött érdeke egy ilyen államalakulat fenntartásához, így ösztönzésére a szlovák parlament 1939. március 14-én kikiáltatta a független Szlovák Köztársaságot. Egy nappal később német csapatok vonultak be a cseh országrészekbe, s azokat a birodalomhoz csatolták (Cseh Protektorátus). Ezzel párhuzamosan a magyar hadsereg megszállta Kárpátalja területét, megteremtve ezzel a közös magyar-lengyel határt.

Az első bécsi döntés és Kárpátalja megszállása következtében az 1918-ban Csehszlovákiába került magyarság döntő többsége pár évre ismét Magyarország polgárává vált. A viszszatérést követő öröm után gyorsan jelentkeztek a gondok is. Az Egyesült Magyar Párt a felvidéki magyarok húsz év alatt elszenvedett sérelmei gyors orvoslását várta. Ez lett volna a feladata a Jaross Andor vezetése alatt megszervezett Felvidéki Minisztériumnak is. A visszacsatolt területeket elözönlő anyaországi hivatalnokok és a Csehszlovákiához képest elmaradottabb gazdasági és szociális viszonyok azonban sok keserűséget okoztak. A kisparaszti és föld nélküli rétegek leginkább a csehszlovák földreform felülvizsgálásával és a birtokviszonyok újrarendezésével voltak elégedetlenek. Az igazi gondokat azonban a magyarság feje fölött gyülekező háborús fellegek jelentették, amelyek a megpróbáltatások újabb sorát hozták a felvidéki magyarok számára.

Az 1939. március 14-én önállósult „Szlovák Állam” fasiszta diktatúraként vonult be a történelembe. Fennállásának hat éve alatt a fasiszta Németország bábállamaként nemcsak gazdaságát, hanem katonai erejét is a nácik szolgálatába állította. Az ország élén egy katolikus pap, Jozef Tiso állt. A Szlovák Köztársaság mintegy 2,3 millió lakosából 67 ezer fő volt a magyar, akiknek 80%-a Pozsony környékén, illetve a Nyitra melletti Zoboralján élt. Kisebb számban éltek még magyarok a jelentősebb városokban, Eperjesen, Zólyomban, Lőcsén, Késmárkon, Trencsénben stb. A szlovák alkotmány a magyarokat a németekkel együtt - a csehekkel és zsidókkal ellentétben - „meghonosodott nemzetiségi csoportnak” tekintette, így elvileg ugyanazon jogok illették meg, mint a szlovákságot: jogosultak voltak politikai és kulturális szervezkedésre. A szlovákiai magyarság mozgáskörét azonban lényegesen behatárolta a szlovák alkotmány reciprocitást, vagyis viszonosságot kimondó elve, amely szerint: „…a nemzetiségi csoport alkotmányba foglalt jogai csak annyiban érvényesek, amennyiben ugyanazokat a jogokat élvezi az illető nemzetiségi csoport anyaországának területén lakó szlovák kisebbség is.” Ez a gyakorlatban azt jelentette, hogy a szlovákiai magyarságot ugyanazon jogok és bánásmód illették meg, mint a magyarországi szlovák kisebbséget. A reciprocitás elve, amelyet a két ország között kötött szerződés is rögzített a „szlovenszkói” magyar kisebbséget a túsz szerepébe kényszerítette, amellyel a magyar kormányt Pozsonyból zsarolni lehetett.

A magyar kisebbség helyzete a nacionalizmustól túlfűtött Szlovákiában nem volt könnyű. Nem voltak ritkák a magyarellenes megnyilvánulások, a magyarság kulturális és politikai tevékenységét akadályozó intézkedések. A szlovákiai magyar töredék egyetlen politikai reprezentánsa a Magyar Párt volt, amelyet az első bécsi döntés előtt Szlovákiában működő Egyesült Magyar Párt utódjának tekinthetünk. A szlovák hatóságok azonban csak 1941-ben engedték hivatalosan bejegyeztetni a pártot, s a későbbiekben is akadályokat gördítettek politikai tevékenysége elé. Így a párt tevékenysége leginkább kulturális, gazdasági és szociális területre korlátozódott. Fontos feladatának tekintette a magyar családok összefogását. Ezért a nagyobb városokban magyar házakat alakított ki, amelyek központi szerepet kaptak a magyar nemzeti öntudat megőrzésében. A párt támogatta a hátrányos helyzetű és a sokgyermekes családokat, a munkanélkülieket és az öregeket.

A Magyar Párt elnöke végig az az Esterházy János volt, aki már a 30-as években is fontos szerepet játszott a szlovenszkói politikában, de aki a háború idején vált a magyar kisebbség vezéralakjává, mindenki által elismert vezetőjévé. Esterházy már akkor példát mutatott, amikor a magyar területek visszacsatolásakor Szlovákiában maradt. A szlovák parlament egyedüli magyar képviselőjeként azonban nemcsak a magyar kisebbség gondjaival foglalkozott, hanem többször szót emelt a magyarországi szlovák kisebbség érdekében is. Esterházy emberi nagysága a Szlovákiában kibontakozott zsidóüldözés kapcsán nyilvánult meg. A szlovák parlamentben egyedüliként csak ő nem szavazta meg a zsidók deportálását lehetővé tevő 1942. évi LXVIII. számú törvényt. Ma már tudjuk, hogy Esterházy tevékenyen kivette részét az üldözött zsidókat menekítő akciókból is. Segített nekik elbújni, s közel ezer zsidó megkeresztelését megszervezve, megmentette őket az üldöztetéstől.

A felvidéki magyarság második világháború utáni sorsa szempontjából perdöntőnek bizonyult, hogy a szövetséges hatalmak már a háború alatt elfogadták a londoni emigrációban működő csehszlovák kormánynak azt a tervét, hogy Csehszlovákiát a München előtti határai között, tehát a felvidéki magyar területeket is visszakapva újítsák fel. Beneąék azonban nem elégedtek meg ennyivel, hanem olyan nemzetállam megteremtését tűzték ki célul, amelyből hiányzik a nem szláv lakosság. Így született meg a kisebbségek kitelepítésének a tervezete, amelyet azzal próbáltak megindokolni, hogy döntő szerepet játszottak az első Csehszlovák Köztársaság megszűnésében. A nagyhatalmak azonban csak a német kisebbség esetében fogadták el a köztársaság elárulásának kollektív vádját, s az ő eltávolításukat jogos igényként kezelték. A londoni emigráns kormány és a moszkvai kommunista emigráció azonban továbbra is kitartott a mellett, hogy a „magyarkérdés” végleges megoldását egyedül a Csehszlovákiából való eltávolításuk jelentheti. Azt remélték, hogy a hadi események majd segítségükre lesznek, s ha Szlovákia területére északkelet felől érkeznek a felszabadító szovjet csapatok, azok dél felé haladva, maguk előtt tolva kiűzik a magyarokat a Felvidék déli részéről. Ebben az oroszoknak a szovjet földön megszervezett csehszlovák hadtest is segített volna. Ami sikerült a csehországi vagy lengyelországi németek egy része esetében, az a szlovákiai magyarság esetében kudarcot vallott. A hadi helyzet alakulása folytán ugyanis a front délkeleti irányból nyugat felé haladt végig Szlovákián, ami lehetetlenné tette a fentebb említett tervet. Pedig néhány politikus még konkrét terveket is készített arra nézve, hogy mit vihet majd magával a menekülő magyarság.

Miután a magyarok tömeges elűzésének a terve kudarcba fulladt, Beneąék újra a nagyhatalmak támogatását keresték terveikhez. Az 1945 nyarán megtartott potsdami konferencia azonban csak a szudétanémetek esetében adott szabad kezet a csehszlovák kormánynak, míg a magyarok kérdésében Csehszlovákia és Magyarország megegyezését javasolta.

A diplomáciai próbálkozásokkal párhuzamosan Szlovákiában már 1944 közepétől kibontakozott a magyarellenes hisztéria. Az első magyarellenes intézkedéseket az 1944 augusztusában kirobbant szlovák nemzeti felkelés idején hozták. Noha a felkelés hatósugara a magyar nyelvterületre nem terjedt ki, a nemzeti felkelés irányítószerveként működő Szlovák Nemzeti Tanács határozatot hozott a Magyar Párt és a magyar egyesületek feloszlatásáról, a magyar középiskolák felszámolásáról.

Miután 1945 elejére Csehszlovákia keleti területei felszabadultak, a közben Moszkvában megalakult új kormány Kassára tette át székhelyét. Az itt április 5-én meghirdetett kormányprogram az újjáalakult köztársaság meghatározó dokumentuma. A demokratikus jogok és a többpártrendszer biztosítása mellett már megtalálhatók benne azok az elemek, amelyek Szovjetunió befolyásának megerősödését és a kommunisták hatalomátvételét vonták maguk után. A kormányprogram a csehek és a szlovákok egyenjogúságát hirdette meg, miközben a németeket és a magyarokat a kollektíve háborús bűnösökké nyilvánította. A kormányprogram bevallottan a szláv nemzetállam megteremtésének eszközeit fogalmazta meg. V. fejezete kimondta, hogy azokba a járásokba, községekbe, ahol a lakosság megbízhatatlan, vagyis nem szláv, a választott vezetők helyett államhű biztosokat neveznek ki. A Kassai Kormányprogram VII. fejezete kimondta, hogy csak azok a német és magyar személyek kaphatnak állampolgárságot, akik aktív antifasiszta múltat tudna igazolni. A többi német és magyar személytől megvonják az állampolgárságot és az abból származó jogokat. A IX. fejezet értelmében a magyar és német tulajdonban lévő földek az állam tulajdonába mennek át, a XV. fejezet pedig a köztársaság területén található összes német és magyar iskola azonnali bezárását rendelte el. A magyar iskolák bezárása következtében közel 100 ezer magyar gyermeket fosztottak meg attól, hogy anyanyelvén tanulhasson.

A Kassai Kormányprogram csupán a nacionalista célok megfogalmazását és meghirdetését jelentette. Megvalósulását a következő időszakban kiadott elnöki rendeletek és a Szlovák Nemzeti Tanács által kibocsátott törvények és rendeletek biztosították. Ezek közül mindenképpen Beneą elnök 1945. augusztus 2-án kiadott elnöki dekrétuma járt a szlovákiai magyarság számára a legsúlyosabb következményekkel. A rendelet automatikusan megfosztotta őket állampolgárságuktól, ami a nyugdíj és más állami járulékok megvonását, az állami alkalmazásból való elbocsátást is maga után vonta. A magyar nemzetiségű magánalkalmazottak elbocsátását egy jú-niusban kiadott rendelet írta elő. A rendeletek szinte az élet valamennyi területén hátrányosan érintették a magyarokat. Betiltották a magyar nyelv használatát a közéletben, kizárták a magyar hallgatókat az egyetemről, feloszlatták a magyar kulturális egyesületeket, befagyasztották a magyarok bankbetétjeit stb.

A hatalom nyílt nacionalizmusának megnyilvánulása volt a pozsonyi magyarok kitelepítése 1945 májusában. Egy az első köztársaságban alkotott törvényre hivatkozva, a pozsonyi magyarok döntő többségét kikergették lakásából, s a Duna jobb partján fekvő Ligetfalun kialakított táborokba zsúfolták őket. Itt a táborba zárva vagy közmunkára ítélve tartották őket hónapokon keresztül, míg végül a táborokat 1946 augusztusában felszámolták.

Közben megindult a magyarok közmunkára való elhurcolása is. Ezt a köztársasági elnök közmunkáról szóló rendeletei próbálták a jog álcája mögé rejteni. A magyarok csehországi munkára való deportálása egyrészt az ott a németek elűzése miatt kialakult munkaerőhiányt próbálta pótolni, másrészt a deportált magyarok kényszerű széttelepítésével az azok helyére betelepített szlovákoknak igyekeztek helyet teremteni. Szlovákia délnyugati területeiről már 1945 őszén több mint 9 ezer magyart vittek mezőgazdasági közmunkára. Nagy részük azonban még a karácsonyi ünnepek előtt hazatért. Többségüket a cseh gazdák engedték el, de sokuknak szökniük kellett.

A szudétanémetek teljes kitelepítését követően, 1946 tavaszán újból megkezdődött a „munkaerő-toborzás”. Mivel a szlovák vidékekről sokan települtek át önként az elnéptelenedett cseh határszélre, a hatóságok abban reménykedtek, hogy a magyarok is követni fogják őket. A magyarok között azonban csak elvétve akadtak önként jelentkezők, így a csehszlovák kormány ismét az erőszakhoz folyamodott. A Szlovák Telepítési Hivatal által kidolgozott elképzelések szerint, Szlovákia magyar járásaiból minden magyar nemzetiségű személy „átcsoportosítására” sor kerülhetett. Kivételt a tartósan munkaképtelenek, a többgyermekes özvegyek kaphattak. A tömeges deportálások 1946 novemberétől 1947 februárjáig tartottak. Ebben az időszakban 44 ezer személyt (férfiakat, nőket, gyerekeket és öregeket) szállítottak fűtetlen marhavagonokban Csehországba. Az akció végrehajtását a hadsereg segítette. A sokszor napokig tartó utazás után a csehországi vasútállomásokon valóságos emberpiacot tartottak, ahol a cseh gazdák kiválaszthatták az igényelt munkaerőt. Innentől kezdve már minden a gazdák emberségén múlott. A mai adatok szerint összesen 220 faluból vittek el magyarokat, akik 6602 házat és majdnem 4 ezer hektár termőföldet hagytak maguk mögött.

A deportáltak otthon maradt vagyonát az állam ún. bizalmiak számára utalta ki, akik kezdetben csupán a vagyon kezelői lettek volna, idővel pedig annak tulajdonosai is. A bizalmiak nagy része volt partizánokból, az északi járásokból dél-szlovákiai „kolonistáknak” jelentkezőkből állt. Ezek sokszor már a deportálások végrehajtása előtt megjelentek a kiszemelt házaknál, s végignézték azt, hogyan hurcolják el a magyar családokat.

A magyarok kényszerközmunkára való elhurcolása része volt a Magyarország ellen indított nyomásgyakorlásnak, amelynek célja az ún. lakosságcsere-egyezmény végrehajtása volt. A lakosságcsere ötlete azután vetődött fel a Csehszlovák vezetésben, miután a potsdami konferencia elutasította a magyarok egyoldalú kitelepítését. A Szovjetunió beható támogatásával végül sikerült rábírni a magyar kormányt, hogy 1946. február 27-én aláírja az erről szóló egyezményt. A Gyöngyösi János magyar külügyminiszter és Vladimír Clementis cseh-szlovák külügyi államtitkár által szignált egyezmény értelmében, a csehszlovák hatóságok annyi szlovákiai magyart voltak jogosultak Magyarországra áttelepíteni, amennyi magyarországi szlovák önként jelentkezett a Szlovákiába való áttelepülésre. Az egyezmény megkötése után a szlovák hatóságok nagyarányú toborzási akcióba kezdtek a Magyarországon élő szlovákok körében. Érveiket elsősorban arra alapozták, hogy a többnyire szerény vagyonú szlovákok számára jól működő gazdaságokat ígértek, s megpróbálták elhitetni, hogy a vesztesek közé tartozó Magyarországgal szemben Csehszlovákiában sokkal könnyebb lesz az életük.

A lakosságcsere lebonyolítása azonban késett. A magyar felet elsősorban a kitelepítendők közé kvótán felül besoroltak száma riasztotta. A Magyarország számára rendkívül hátrányos egyezmény szerint ugyanis a magyar fél vállalta, hogy a meghatározott kvótán felül átveszi a háborús bűnösöket is. Ezzel visszaélve a csehszlovák bíróságok tömegesen vonták felelősségre a háború alatt állítólag elkövetett bűneikért a felvidéki magyarokat, s végül több mint 70 ezer személyt írtak össze, akinek háborús bűnösként kellett volna elhagynia szülőföldjét. Csehszlovákia végül a deportálások elindításával bírta rá a magyar kormányt a lakosságcsere lebonyolítására, amely 1947 áprilisában kezdődött a dél-alföldi szlovákok és a mátyusföldi magyarok kicserélésével. A vasúti szerelvények naponta szállították összes ingóságukkal együtt a kijelölt családokat Magyarországra. A végleges adatok szerint a Magyarországról Szlovákiába önként áttelepült 60 257 szlovákkal szemben, 76 616 magyar volt kénytelen a szülőföldjét elhagyni. Óriási különbség mutatkozott azonban a hátrahagyott vagyonban. Mivel a szlovák hatóságok általában a módosabb gazdákat jelölték ki az áttelepülésre, a szlovákok által Magyarországon hagyott 15 ezer kataszteri holddal s 4400 lakóházzal szemben a Magyarországra áttelepített magyarok 160 ezer holdat és 15 700 lakóházat hagytak maguk mögött. Az utolsó áttelepülők 1949 nyarán lépték át a szlovák-magyar határt.

A deportálások és az áttelepítések következtében védtelen és megrémült magyarságot a reszlovakizációs akcióval próbálták végérvényesen megtörni. A reszlovakizáció „visszaszlovákosítást” jelent, vagyis a szlovák értelmezés szerint az előző századokban elmagyarosodott szlovákoknak adtak lehetőséget visszatérésükhöz az anyanemzethez. Magát az elvet már 1918 után megfogalmazták, de tömeges alkalmazására csak a második világháborút követően került sor. A reszlovakizáltaknak lehetővé tették, hogy visszakapják állampolgárságukat, kihúzták őket a deportálásra és áttelepítésre kijelöltek listájáról, visszaadták elkobzott tulajdonukat. Ebből a szempontból arcátlan zsarolás volt, amellyel a szorult helyzetben lévő magyarokat próbálták rákényszeríteni nemzetiségük feladására. A reszlovakizáció végrehajtása a „reszlovakizációs bizottságokra” hárult. Ők végezték a propagandamunkát és bírálták el a beérkezett kérvényeket. Az agitációba gyakran a fenyegetés hangja vegyült, s a szórólapok gyakran arra figyelmeztették a magyar lakosságot, hogy a szlovák nemzetiség vállalása az utolsó esély a szabad élet biztosítására. A szlovákiai magyarok ennek ellenére több településen nyíltan szembeszálltak az akcióval. A városokban falragaszok jelentek meg. „Maradj magyarnak!”, „Tarts ki, magyar, ne félj!” - buzdítottak a feliratok. A Verebélyi járásban a református lakosság tömegesen utasította vissza a reszlovakizációt, de hasonló jelenséget máshol is lehetett tapasztalni.

A felvidéki magyarok jelentős része végül beadta a derekát, hiszen felmérte, hogy az állampolgárság hiányával járó teljes kiszolgáltatottság nagyobb veszélyt jelent a jövő szempontjából. 719 településről összesen 423 264-en kérték a szlovák nemzetiség megadását. Ebből összesen 326 679 személyt nyilvánítottak szlováknak. Habár mennyiségi mutatók szempontjából a reszlovakizáció volt a nacionalisták legsikerültebb akciója, mégis ez okozta a legkisebb kárt a magyar nemzetrészben. A papíron egyik pillanatról a másikra szlovákká váló tömegek ugyanis érzéseikben továbbra is magyarok voltak, és így a szlovákiai magyarság folytonosságának a biztosítékai maradtak Szlovákiában.

A háború befejeztével a múlttal való leszámolás legfontosabb eszközei a háborús bűnösöket elítélő perek voltak. A szlovákiai magyar kisebbséget aránytalanul sok per sújtotta, hiszen a perek megkonstruálói így akarták elérni, hogy a lakosságcsere-egyezmény értelmében minél több magyart tudjanak Magyarországra áttelepíteni. Természetesen a perek a korabeli nacionalista propaganda eszközei is voltak egyben, amivel a magyarság bűnös szerepét próbálták dokumentálni. Ezért sorozatban fogták perbe a háború előtti magyar közélet jeles alakjait, akiket a köztársaság szétverésével vádoltak meg. A sokszor tömegessé váló perek közül méreteiben a kassai magyar per volt legnagyobb, amelyben közel 600 magyart nyilvánítottak háborús bűnössé. Szintén perek sorát rendezték a szlovákiai magyarok jogvédelmét felvállaló és ellenállását megszervező csoportok tagjai ellen. 1949. december 30-án például a Csehszlovákiai Magyar Demokratikus Népi Szövetség tíz alapítója ellen hoztak súlyos ítéletet. Közülük a legsúlyosabb büntetést, nyolcévi fegyházat, Arany A. László, a neves nyelvész kapta. Jelentőségében kiemelkedik a többi közül Esterházy János pere. A fasizmusra végig nemet mondó és az üldözött zsidókat menekítő Esterházyt a szlovák hatóságok tartóztatták le röviddel a háború befejezését követően. 1945 júniusában azonban a Magyar Párt más vezetőivel egyetemben a szovjeteknek adták át a magyar politikust, akit a szovjet bíróság a „fasiszta magyar párthoz való tartozás” vádja miatt tízévi kényszermunkára ítélt. Miközben Esterházy a szovjet gulagok embertelen viszonyai között raboskodott, Pozsonyban is per indult ellene, és a szlovák népbíróság mondvacsinált vádak alapján halálra ítélte. A fizikailag megtört politikust 1949-ben szállították haza a Szovjetunióból. Közben büntetését életfogytiglani fegyházra változtatták, így halálos betegsége ellenére börtönből börtönbe hurcolták. Esterházy János 1957-ben hunyt el a morvaországi Mírov börtönében.

A szlovák nemzetállam kialakításának egyéb eszközeitől (a lakosságcserétől, deportálásoktól és reszlovakizációtól) nem lehet különválasztani a felvidéki magyar települések nevének megváltoztatását. Az 1948 nyarán napvilágot látott rendelet célja Dél-Szlovákia etnikai képének megváltoztatása, magyar jellegének eltüntetése volt. A 946. számú rendelettel összesen 710 település nevét változtatták meg, amelyek nagy része a magyar nyelvterületen volt található. A települések nevének megváltoztatása újdonságnak számított a szlovák nacionalizmus eszköztárában, hiszen az első köztársaságban csupán a magyar nevek hagyományos szlovák változatát használták, például a Rimavská Sobota (Rimaszombat), Koąice (Kassa), Roľnava (Rozsnyó), Bes (Bős) megnevezéseket. Az 1948-as rendelet értelmében viszont a magyarnak tűnő településneveket teljesen megváltoztatták. Az új név alapja gyakran a régi nyersfordítása volt, így lett a magyar Nyáradból, amely az első köztársaság idején a Ňárad nevet viselte Topolovec vagy Pozsonyeperjesből Jahodná. Az új megnevezések sokszor minden logikát nélkülöző fantázianevek voltak, például Nagymegyerből Čalovót, Somodiból Drieňovecet csináltak. Gyakori volt az is, hogy a magyar településeket neves szlovák személyiségek neveivel nevezték el. Párkányból ©túrovo, Tornaljából ©afárikovo, Bősből pedig Gabčíkovo lett. Ritka volt az a magyar település, amely neve megmaradt eredeti, esetleg annak szlovák helyesírással írt formájában: Bátka (Bátka), Padáň (Padány).

1948 februárja „új korszakot” nyitott Csehszlovákia történetében. A kormány egyik fő erejének és a kormányfőt adó Csehszlovák Kommunista Pártnak a tevékenysége hónapok óta tartó belpolitikai válságot időzett elő (Csehszlovákiában az 1946-os választásokon a kommunista párt győzött és alakított koalíciós kormányt. Szlovákiában viszont vereséget szenvedett, ott a Demokrata Párt került ki győztesen a választásokból. Magán a kommunista párton belül is komoly különbségek mutatkoztak Szlovákia jogállása tekintetében a két országrész között.). A szovjetek által sugallt praktikákkal sem a polgári pártok, sem az öregedő köztársasági elnök, Beneą nem tudott szembeszállni. A hatalmi harc 1948 februárjában tetőződött, amikor a Klement Gottwald vezette kommunisták magukhoz ragadták a hatalmat. Rövidesen megkezdődött a sztálini típusú egypárti diktatúra kiépítése.

Az osztályérdekek érvényesítése megálljt parancsolt a nyílt nacionalizmusnak és a nemzeti sajátságok kidomborításának. A szocialista országoknak kényszerű barátságot kellett kötniük egymással, így Csehszlovákia és Magyarország viszonyának rendezését sem lehetett tovább halasztani. Ennek viszont a szlovákiai magyar kisebbség jogainak a visszaadása volt a feltétele. A magyarokkal szembeni politika megváltozása tehát nem a hatalmon lévő politikusok szemléletének megváltozásából fakadt, hanem külső, nemzetközi okai voltak.

A májusban kiadott alkotmányból ugyan még kimaradtak a nemzetiségek, a nemzetgyűlési választásokból pedig még mindig ki voltak zárva a magyarok, de 1948 őszétől fokozatos javulás kezdődött a szlovákiai magyarság helyzetében. A fordulatot 1948. október 25-e hozta meg, amikor is törvényt fogadtak el a szlovákiai magyarok állampolgárságának visszaadásáról. A magyarságot ért hátrányos megkülönböztetés felszámolását azonban számos visszás jelenség kísérte. Habár a lakosság-csere csupán 1949-ben fejeződött be, a kormány már 1948. augusztus 30-án döntést hozott a kényszerközmunkák megszüntetéséről, a Csehországba deportált magyarok hazatéréséről. A deportált családok tömeges hazaszállítása 1949 januárjában kezdődött, és újabb - nem várt - bonyodalmat okozott, hiszen a deportáltak birtokaiban ekkor már szlovák nemzetiségű „kolonisták” vagy külföldről (Magyarország, Románia) idetelepült szlovákok éltek. A hazatérők természetesen visszakövetelték házukat és egyéb ingatlanukat, amit a szlovák pártvezetés még 1949 szeptemberében is a „magyar sovinizmus” megnyilvánulásaként értelmezett. A helyzet megoldását a szlovák kormánykörök egy újabb deportálási tervben látták. Ez az 1949 őszére ütemezett akció a „Dél” fedőnevet kapta, s a magyarok áttelepítését ezúttal osztályérdekeket tükröző jelszavak mögé próbálták rejteni. A hivatalos indoklás szerint ugyanis az osztályellenségnek számító módosabb paraszti réteget vitték volna Csehországba. A több ezer elhurcolandó családdal számoló akciót végül az utolsó pillanatban leállították, de a deportálásból hazatért magyarok vagyonjogi helyzetének rendezése még évekig eltartott, és máig negatív következménye van.

Az éveken át tartó jogfosztottság után rendkívüli jelentőséggel és szimbolikus jelentéssel bírt a magyar nyelvű oktatás újraindítása. 1948 őszén még csak a szlovák iskolákban nyíltak párhuzamos magyar osztályok, de egy évvel később már az első magyar iskolák kapui is megnyílhattak. 1948 decemberében indult a pozsonyi Új Szó című újság is, amely hosszú évek hallgatása után az első hivatalos magyar sajtótermék volt Csehszlovákiában. Az 1948 őszén meginduló folyamat következő állomása a Csehszlovákiai Magyar Dolgozók Kultúregyesületének (Csemadok) megalakulása volt 1949 márciusában.

A nacionalista politika formális lezárását jelentette a „Csehszlovák-magyar barátsági, együttműködési és kölcsönös segélynyújtási egyezmény”, amelyet a két kormány 1949. április 16-án írt alá. Az egyezmény szelleméből kiindulva a hatalom minden területét kisajátító kommunista párt is egyre többet foglalkozott a magyar kisebbség helyzetével. Ennek érdekében a Szlovák Kommunista Párt Központi Bizottsága mellett létrehozták az ún. Magyar Bizottságot, amelynek feladata a magyarokkal kapcsolatos pártállami döntések végrehajtása volt. Ennek tagjai - Major István, Lőrincz Gyula, Kugler János, Fábry István - a szlovákiai magyar kommunista mozgalom élharcosai voltak, akik annak ellenére, hogy elsősorban a pártérdekeket képviselték, tevékenyen kivették részüket a Csemadok vagy éppen a magyar iskolák elindításából.

A felvidéki magyar kisebbség jogi és politikai rehabilitációja lassan haladt, hiszen a legfelsőbb párt- és állami posztokon ugyanazok ültek, akik a jogfosztás gyakorlatát irányították. Különösen a „reszlovakizáltak” voltak hátrányos helyzetben, hiszen ők nem kapcsolódhattak be a meginduló magyar politikai és kulturális életbe. A rájuk vonatkozó tiltásoknak csak egy 1954-es párthatározat vetett véget, amikor is kimondták, hogy mindenki szabadon választhatja meg nemzetiségét. A Magyar Bizottság egyik feladata a magyarok bekapcsolása volt a párt és a közigazgatás munkájába. Egy 1952-es határozat előírta, hogy a vegyesen lakott járásokban a nemzeti

bizottságok, a különböző tömegszervezetek vezető helyeit részben magyarokkal kell betölteni. Szintén párthatározat írta elő a vegyesen lakott területek kétnyelvűségének a megteremtését. A döntés értelmében a közintézmények és szervezetek megnevezését, a közérdekű információkat, a települések és utcák neveit magyarul is fel kellett tüntetni. Hasonlóan szabályozták a törvények és rendeletek magyar nyelvű kiadását is. A kedvező folyamatok betetőzését jelentette az 1960-as ún. szocialista alkotmány, amelynek 20. cikkelye kimondta a magyar nyelvű csehszlovák állampolgárok egyenjogúságát, a 25. cikkely pedig az anyanyelvi oktatás és a kulturális fejlődés jogát rögzítette.

A magyarsággal szembeni politikát ennek ellenére felemásként lehet értékelni, hiszen a határozatok végrehajtása sok helyütt akadályba ütközött, s a kétnyelvűség csupán néhány régióban valósult meg teljes mértékben. A nacionalista gyakorlat továbbélését bizonyította az 1960-as közigazgatási reform. A területi átszervezés során a magyar jellegű járásokat szlovák többségűekkel vonták össze, s így a korábbi hét helyett mindössze kettőben, a Komáromiban és a Dunaszerdahelyiben maradt a magyarság többségben. A magyarok számára viszont kedvező volt a prágai centralizmus erősödése és a szlovák politikai intézmények fokozatos térvesztése. A korábban magyarellenes politikát folytató szlovák pártelit háttérbe szorulását eredményezték a párton belüli koncepciós perek is. Gustáv Husákot, Daniel Okálit és másokat, akik személyesen vezették a magyarok üldözését, 1954-ben burzsoá nacionalizmussal vádoltak meg, és börtönbüntetésre ítélték.

A magyarság egyenjogúsítását eredményező politikai szándék egyik oka a magyar parasztság megnyerése volt. Az ekkor kibontakozó kollektivizáció során ugyanis szükség volt az ország éléskamrájának számító csallóközi, bodrogközi magyarság támogatására. Így a korábban a magyar szövetkezetek és állami gazdaságok élére odaküldött funkcionáriusok helyett fokozatosan a helybéli magyar szakemberek vették át a vezető szerepet. A magyar kisebbség társadalmi és szociális helyzetére jelentős hatást gyakorolt a magyar vidék gazdasági elmaradottsága. Az 50-es évek nagy iparosítási hulláma a magyar régiót szinte alig érintette. A jogfosztottság és a kollektivizáció alatt földjeit elvesztő magyarok egy része így máshol keresett megélhetést. Ezreket vonzottak el a nagyvárosokban - Pozsony, Brünn, Kassa, Prága - folyó építkezések, az ostravai szénmedence, a Vág-völgyi iparvidék. Sokan ingáztak, mások azonban munkahelyük környezetében telepedtek le.

Ma még kevéssé feldolgozottak az 1956-os forradalom szlovákiai magyar vonatkozásai. Az mindenesetre biztos, hogy a felvidéki magyarság feszült figyelemmel és szimpátiával figyelte a forradalom győzelmét, majd szomorúan vette tudomásul annak eltiprását. Elszigetelt egyéni fellépéseken kívül azonban a forradalommal kapcsolatos akciókról nem tudni. A csehszlovák vezetés mindenesetre tartott a szlovákiai magyarok reakciójától, s ezért 1956 őszén magyar tartalékosokat nem mertek a hadseregbe behívni.