2001-ben kilépett a bandából Jason Newsted, ekkor kezdtek pletykák terjengeni a csapat feloszlásáról. Nem kezdtek el új basszusgitárost keresni, hanem Bob Rockot kérték fel a kisegítésre, aki elvállalta a feladatot. Ez az időszak az egyik legkritikusabb periódus az együttes történetében. Júliusban Hetfield rehabilitációs kezeléseken vett részt „alkohol és más függőségek” miatt. Ulrich és Hammett ekkor komolyan elgondolkoztak a befejezésről. Végül Hetfield visszatért és elkezdték felvenni a St. Angert. 2003 júniusában végül kiadták nyolcadik, legutóbbi lemezüket. Az album a slágerlisták első helyén mutatkozott be, az együttes egyik legagresszívabb lemezének tartják. Az album az előzőektől eltérően nem volt tökéletesre csiszolva, nyers hangzásúra sikeredett. Sokan kritizálták ezért és az érzelmileg túlfeszített dalokért, a gitárszólók hiányáért. Ennek ellenére a lemez Grammy-díjat kapott, ez a csapat hetedik ilyen elismerése.

2003 elején új taggal bővültek, Robert Trujillo lett a basszusgitáros, aki korábban a Suicidal Tendencies-ben és Ozzy Osbourne együttesében játszott. 2003-2004 során két hosszú koncertkörutat tartottak: Summer Sanitarium Tour 2003 és Madly in Anger with the World. Az utóbbi, a Godsmack-kel közös, egy évig tartó koncertsorozat szinte minden állomását rögzítették és a livemetallica.com-on árusítják.