Lényeges és a legtöbb alapvető jutsuba is kell a chakra használata. Ez a test minden "cellájában" lévő energia egy keveréke és lelki energia, amit gyakorlásból és tapasztalatból nyernek. A chakra hasóló mint a vérkeringés tulajdon képpen létezik is egy olyan fogalom mint hogy chakra keringés. 361 pont található a testben. Különféle módszerekkel lehet edzeni a chakrát.
Az aránytól függetlenül, testi és lelki energia teljesen vegyes. Ezekből külömböző fajat chakrákat alakíthatnak. Az elemi chakra ezek közül az egyik legnagyobb és arra használják hogy elemi jutsukat hajtsanak vele végre.
Az öt fajta elemi chakra a föld a tűz, villám, viz, szél. A legtöbb ninjának a chakrával van egy természetes rokonsága, de van olyan hatalma hogy a vérvonalat leszámítva elemi chakrát hozzanak létre. Mindegyik elemnek van egy eleme ami gyengébb az egyiknél és erösebb a másiknál. A viz a tűznél erösebb. Továbbá elemi technikákkal szállnak szembe. 

Bizonyos Kekkei és genkai szintén egyedül álló elemeket tudnak létre hozni. Példálul fát és jeget hoznak létre az alapvető elemek keveréke segítségéből, amelyet egy normál (emberi) ninja képtelen megcsinálni. Elég kevés ninja képes ezeket a technikákat használni, és még kevesebben tudják egyideüleg ezeket a chakrákat használni. Yamato szintén világos és a sötét chakráról beszél, de csak azt mondja hogy nagyon bonyolúlt ezeket használni. 

A sorozat alkotója Masashi Kishimato egy olyan hatalmat akart a ninják kezébe tenni amivel tullép az emberi képességeken.

Idézet:
Szükséges volt egy olyan dologa a sorozatban amitől a karakterek olyan hatalmat használhatnak amit normális ember képességein túl vannak. Ez a chakra, amit egy magyarázattal szolgál arra hogy hatalmas erejük van egyes szereplőnek. Egy olvasónak értenie kell az összefügéseket. Ez az egész hasóló a Star Warsban lévő forocéhoz, vagy a chihez a Dragon Ballban.

Más szóval a chakra egy szellemi képeség, ami olyan hatalommal bír hogy a ninják tudnak fizikai erőt képezni belölle, vagy állóképeséget.