Annyit már tudunk, hogy a ninja-k a társadalmi életből kitaszított, vagy „kilépett” harcosok voltak, akik nem voltak megelégedve a társadalmi normákkal, amik ezen korokra voltak jellemzők. Igaz, hogy nem kötötte őket sehova semmilyen kötelék szabadon éltek klánokban, de ennek az volt a hátránya, hogy az éppen abban a korban uralkodó shogun vagy az egész shogunátus üldözte őket.

   Ez vezetett hát oda, hogy a mély erdők és hegyek melletti helyekre kényszerültek letelepedni, ahová a shogunátus katonái már nem követték őket. Mint tudjuk a ninja-k két tartományban vetették meg különösebben a lábukat melyet Iga és Kouga néven emlegetnek a szakértők.

Iga tartományban három nagyobb „ninja család” uralkodott:

-          Hattori

-          Momochi

-          Fujibayashi

Míg a szomszédos tartományban Kougában ötven kisebb család uralkodott. A klánok gyakorta nem egy, hanem öt-hét faluból álltak. Melynél minden faluban egy-egy chunin volt a parancsnok. Ez azért volt előnyös, mert ha az egyik falu pl leég vagy elpusztul akkor a klánnak csak egy faluja pusztul el ami nem olyan nagy veszteség, mert ha az egész klán egy helyen lenne, akkor egyben kiirthatnák az egész klánt, ha rátalálnak.

   Ha egy genin vagy chunin akcióból haza jövet tértek vissza falujukba, akkor azoknak egy jelet kellett felmutatniuk, hogy ők ehhez a faluhoz tartoznak, a klánok nagyon ügyeltek arra, hogy biztosítsák helyük titkosságát szintúgy arra, hogy joninjuk igazi valója is rejtve maradjon. Ha egy ninja az ellenőrzőpontnál túlságosan idegeskedő volt, vagy túl sokat állt egyhelyben vagy sietett azt azonnal megölték. Ezek az ellenőrzőpontok lehettek egy sűrű bozótos mellett vagy egy fa alatt. Az „ellenőrök” pedig nem mutatták jelét, hogy ott vannak, a gebinnek vagy chuninnak tudnia kellett az ellenőrző pont helyén ha az adott jelet felmutatta úgy mehetett tovább.

   Ezen faluk ha valaki mégis rátalált volna, a sűrű lombozatú fák lombjai közt rejtőzködtek ellenőrök, akik ha szamurájok tértek be a faluba és sokan voltak értesítették a falut az álcázásra és amire a szamurájok betértek a faluba nem láttak mást, mint dolgozó parasztokat, halászokat és szakefőzőket. Így ha a rejtett falura rábukkantak volna, akkor sem buktak le. De ha a faluba csak pár szamuráj tért be, azokkal az ellenőrök is tudtak végezni és nem volt szükség további mozgósításra. 

A ninja házak:

A ninja házak külsőleg teljesen úgy néztek ki mint a más, rendes falvakban levő parasztházak. Belülről viszont teljesen más volt. A soji (tolóajtó) félrehúzásával az első szobában padló helyett és szoba helyett egy hatalmas farkasverem tátongott, tűhegyesre faragott bambusz- fakarókkal telítődve. Voltak egyes sojik, amik ugyan nem voltak tolhatók, viszont fordíthatóak voltak és mögötte rejtekhely található. A falak aljába épített ruhásszekrények egyben átjárók is, a teatűzhely rácsa alatt rejteklyuk, a padlás szélső padlórészt létraként le lehetett nyitni a verandára, a kerti kút valójában titkos lejárat egy alagútba, amelyből jóval odébb, a telken lehet előbújni. De ha a falu már olyan veszélyben volt, hogy meg kellett semmisíteni, arra is előkészítették.

   Az egész falut ellátták robbanóanyaggal már jó előre aláaknázták a falut, hogy ha a megsemmisítésre kerülne a sor, csak meg kell valahol gyújtani a kanócot és az egész falu felrobban.