Lord Cutler Beckett kíméletlenül jár el a kalózkodással kapcsolatba hozott személyekkel: sorra akasztatja fel emberek tömegeit. Köztük van egy kisfiú, aki énekelni kezdi a Hoist the Colours című kalózdalt, majd a bitóra várakozó összes elítélt bekapcsolódik. Ugyanezt dúdolja Elizabeth Swann egy kis ladikot evezve Szingapúrban. Partot ér, ahonnét Barbossa kapitánnyal a kínai kalóz, Szao Feng fürdőházába látogat. Odakinn Tia Dalma egy egyszerű árusnak álcázza magát, míg a legénység többi tagja a fürdőház alatt rejtőzik, hogy szükség esetén erősítést nyújtson a bentlévőknek.

Barbossa és Elizabeth azért érkezett, hogy egy hajót és legénységet kérjenek Jack Sparrow megmentéséhez, aki Davy Jones börtönében raboskodik. Szao Feng azonban halálos ellensége Sparrownak, és elárulja, merő véletlenségből épp ezen a napon fogott el egy tolvajt, aki a navigációs térképét kísérelte meg ellopni tőle. Will Turnert, a tolvajt egy hordó vízből emelik ki, ami meglepi társait, mivel nem számítottak sikertelenségére. Szao Feng kiszúr egy ázsiai férfit hamis tetoválással a hátán, s kardot ránt a torkához, úgy vélve, ő is Barbossa embere. Azonban egy pillanat múlva világos lesz, az ismeretlen egyik félhez sem tartozik, s ekkor a Kelet-indiai Társaság katonái törnek be az épületbe, azonnal tüzet nyitva mindenkire. A harc hevében Will és Szao Feng üzletet köt, így utóbbi felajánl egy hajót, a Hai Penget és legénységet hozzá.

Barbossa, Elizabeth, Will és a legénység fagyos vizeken át hajózik Szao Feng térképei segítségével, amit Turner a küzdelem után emelt el. Hamarosan elérkeznek a világ végére, egy hatalmas vízesés peremére, ahol az összes tenger vize lezúdul. Will elrendeli a hajó oldalra fordítását, azonban Barbossa megparancsolja, hogy ne tegyenek semmit. A hajó a mélybe vész, egyenesen Davy Jones szigetbörtönébe.

Ott raboskodva, Jack Sparrow szembesül személyisége több kivetülésével, mint a Gyöngy legénysége. A száraz sivatagban megfeneklett hajót tengeri rákok százai veszik kezelésbe, így Sparrow kapitány bárkája elindul a part felé. Éppen mikor odaér, a segítségére érkezők a vízből másznak ki, s örömmel fogadják őt. Jack azonban nem érti, miért kéne velük hajóznia, hiszen már többen is megpróbálták közülük megöli, s egyiküknek sikerült is. Csak ekkor derül ki Will és a Gyöngy legénysége számára, hogy Elizabeth felelős Jack haláláért. Ellenségeskedésük és kölcsönös bizalmatlanságuk ellenére Sparrow és Barbossa szövetséget kötnek, mikor megtudják, Cutler Beckett birtokába került Davy Jones szíve, és a Bolygó Hollandi segítségével kívánja egyszer s mindenkorra eltörölni a kalózokat a tengerekről. A világ kilenc kalózurának össze kell gyűlnie a Kalóztanácson, méghozzá sietősen. A világ végéről hazavezető úton a Hai Peng irányával ellenkezőleg a holtak lelkei térnek békére csónakokban. A fedélzetről Elizabeth apját pillantja meg: Swann kormányzót Lord Beckett félretette az útból, mikor Davy Jones szívéről kezdett érdeklődni. Elizabeth szörnyű perceket él át, de apja biztosítja róla, hogy büszke rá.

A Gyöngyön Sparrow és Barbossa vitába keveredik, mígnem Szao Feng és emberei tűnnek fel, s a hajót követelik, Feng pedig Willt nevezi ki kapitányaként. Ez mindenkit meglep, különösen Elizabethet. Barbossa megpróbál egyezségre jutni azzal, hogy elárulja: a fedélzeten van Kalüpszó, a tenger mindenható istennője, emberi formába zárva. Szao Feng Elizabethre pillant, s érte cserébe elhagyja a hajót. Aznap este az Empresszen minden földi jóval kényezteti a nőt, s Kalüpszónak hívja. A Bolygó Hollandi hirtelen rajtaütése folyamán azonban Szao Feng súlyosan megsérül, s halála előtt Elizabethet nevezi ki az Empress új kapitányának, mivel úgy hiszi, ő a tenger istennője, aki valójában Tia Dalma. Elizabeth és legénysége a Lord Beckett parancsa alatt álló Bolygó Hollandi fedélzetén rácsok mögé kerül. Ott, Elizabeth találkozik Will apjával, Bocskor Billel, aki már szinte teljesen a hajó részévé vált, s akinek elméje már nem teljesen tiszta. James Norrington, a Bolygó Hollandi a Kelet-indiai Társaság szolgálatában álló parancsnoka kimenekíti egykori szerelmét és a legénységet, azonban ezért az életével fizet: Bocskor Bill rajtakapja, riadóztatja a többieket és végez Norringtonnal.

A Kalóztanácson nyolc vitázik a kilenc kalózúrból Beckett fenyegetéséről és Kalüpszó kieresztéséről földi börtönéből. Meglepetésükre, Szao Feng helyett Elizabeth érkezik, mint a kilencedik kalózúr. Mikor nem jutnak megegyezésre a helyzet kezelését illetően, Jack azt javasolja, válasszák meg a Kalóztanács királyát. Mivel minden kalózúr csak egyetetlen szavazattal rendelkezik, s mindig magára szavaz, megdöbbenést kelt, hogy Jack Elizabethre adja voksát. Mint a Kalóztanács királya, Elizabeth a Beckett elleni harcra és Kalüpszó békénhagyása mellett dönt, Barbossa bánatára, mivel ő az istennő erejében látja a megoldást. Amint az összes kalóz az ütközetre készül, a horizonton Lord Beckett flottájának többtucat hajója tűnik föl. Tárgyalásra kerül sor, Lord Beckett oldalán Will Turner és Davy Jones áll, míg velük szemben Elizabeth, Barbossa és Jack érkezik. Alku születik Will és Jack cseréjéről. A hajójukra visszaérve, Barbossa kiszabadítja Kalüpszót, s arra kéri, segítse őket a Davy Jones, a Királyi Flotta és a Kelet-indiai Társaság elleni harcban. Az istennő azonban dühöngve tovatűnik és örvényt generál a csata színhelyén. A kardpárbajok hevében Elizabeth és Will egybekel Barbossa kapitány esketésében, akinek mint hajóskapitánynak, jogában áll összeadni őket. Davy Jones és Jack Sparrow heves csatát vív a Bolygó Hollandi kapitányának szívéért, mely ládájában hol az egyikükhez, hol a másikukhoz kerül. Mikor Jack már a kezében tartja a dobogó szervet, s egy tőrt szegez rá, Jones válaszképpen hirtelen szívendöfi Willt kardjával. Erre Bocskor Bill saját kapitányára támad, s ezalatt Jacknek van ideje Willhez vinni a szívet, aki átszúrja azt. Davy Jones az örvénylő mélybe zuhan, hajója pedig követi, épp mielőtt Jack és Elizabeth elhagyja.

Aki megöli a Bolygó Hollandi kapitányát, annak át kell vennie helyét az idők végezetéig. A Bolygó Hollandi a felszínre tör, új kapitányának köszönhetően a tengeri élőlényekkel asszimilálódott legénység ismét emberi formában végezheti feladatát. Cutler Beckett elveszítette ütőkártyáját, s így szó szerint két tűz közé kerül: a Bolygó Hollandi és a Fekete Gyöngy két oldalról porrá ágyúzza az Endevourt, s fedélzetén Beckett is porrá lesz. A Király Flotta és a Kelet-indiai Társaság visszavonulót fúj.

A kalózok győzedelmeskednek. A Bolygó Hollandi azonban a tenger mélyén kell, hogy hajózzon továbbra is, s kapitánya csupán tízévente egyszer léphet szárazföldre. Willnek most segítenie kell a holtak lelkének átkelését, a ládába zárt szívét pedig Elizabethre bízza utolsó napján, amit a parton tölt. Tortuga kikötőjében, Jack azon veszi észre magát, hogy a Fekete Gyöngyöt ismét elveszítette, ráadásul megint Barbossa orozta el tőle. Azonban Sparrow túljárt egykori elsőtisztje eszén: nála van az ifjúság forrásának térképe, így egy csónakban nekivág a tengernek.

Easter egg: A végefőcím utáni jelenetben, tíz évvel később, egy fiatal fiú, tízévesforma a Hoist the Colourst énekli, amint Elizabeth mögötte sétál. A Nap lemegy, zöld fény cikázik át a horizonton, s Willel az árbocon a Bolygó Hollandi emelkedik fel a tenger vizéből.