Első évad
Lincoln Burrows-t Terrence Steadman, Amerika alelnöknője bátyjának meggyilkolásával vádolják. Erős bizonyítékokat hoznak fel ellene (pl: biztonsági kamera felvétele), és gyilkosságért halálra ítélik. Bár Lincoln hajthatatlanul állította ártatlanságát, és hogy tőrbe csalták, arra ítélik, hogy a Fox River börtönben várja meg kivégzését.

Lincoln testvére, Michael Scofield meg van róla győződve, hogy Lincoln nem követhette el a bűntényt, és szabadulási tervet készít. Michael, aki tervezőmérnökként dolgozott a Fox River börtön átépítésében, felsőteste tetoválásaiban elrejti a börtön alaprajzát. Miután lakásán minden bizonyítékot megsemmisített, bankrablást színlel, tudván, hogy elítélik és őt is a Fox River börtönbe küldik. Rabként rövid ideje van a különböző akadályok leküzdésére és a megfelelő kapcsolatok kiépítésére a rabok és a börtön dolgozói között, hogy sikeresen ki tudja szabadítani a bátyját.

Míg Michael a börtön falain belül tesz meg mindent bátyja kiszabadításáért, gyerekkori barátjuk, az ügyvéd Veronica Donovan, kívülről próbálja felfedni az összeesküvést, mely Lincolnt börtönbe juttatta. Felfed egy sor rejtélyes balesetet, melynek eredményeképpen titkos ügynökök kezdik üldözni. Lincoln és Michael szökésének éjszakáján Veronica megtalálja a legerősebb bizonyítékot Lincoln ártatlanságáról - Terrence Steadman-t élve és egészségesen.

 Második évad
A Fox River Állami Fegyintézetből való megszökés után Michael és Lincoln menekül az őket üldöző hatóságok elől. A velük együtt szökött rabok közt van Sucre, Abruzzi, C-Note, Zsebes (T-Bag), Tweener és Zakkant. A nyolc szökevény szétválik, mindegyik saját motivációkkal, de ugyanakkor azzal az elhatározással, hogy elérjék Utah államot és megtalálják Charles Westmoreland elrejtett 5 millió dollárját. A Lincoln felmentéséért folytatott küzdelem mellékvágányra kerül, mert Veronicát megölik Terrance Steadman biztonsági őrei, miután megtalálta őt a montanai Blackfoot-ban.

Nem sokkal a szökés után Alexander Mahone FBI ügynököt bízzák meg a 8 szökevény elfogásával. Ő a Michael tetoválásait ábrázoló képekből és más bizonyítékok segítségével képes előre jelezni a szökevények lépéseit és csapdákat állít számukra. Bonyolódik a helyzet, amikor Bellick és Geary is beszáll a hajszába a szökevények után, na és Westmoreland pénzéért.