A kora vaskor idején bukkant fel ezen a vidéken az első ismert nevű nép, az illyr nép. Őket a kelták hódították meg, elfoglalták földváraikat és vegyültek egybe velük.
A rómaiak Pannónia nevű tartományukban főként a keltáktól is lakott helyekre települtek. Így volt ez ennek a vidéknek az esetében is. Ebből a korból egy bronzból készült, ruhátlan Venus szobor, valamint hamvasztásos sírok kerültek elő.
A rómaiak után a népvándorlás törzsei vonultak át a tájon. A hunok, germánok, avarok, szlávok után megérkeztek a honfoglaló magyarok.
A falut az Aba nemzetség alapította a 11. században. Nevének előtagja - Aba - bolgár-török eredetű "atya" jelentésű személynév és ősi magyar nemzetségnév. Utótagja - liget - a "kisebb erdő" jelentésű szóból ered. Az írásos emlékekben 1332-ben bukkant fel először "Abaligethe" neve.
A török hódoltság idején elnéptelenedett a vidék. A pécsi török ugyan megbecsülte a falvakat, ahonnan élelmet szolgáltattak a városba, de a mecseki völgyek magyar lakossága jórészt kipusztult, illetve kicserélődött.
Az 1721-es Visitacio canonica, amely természetesen az egyházi épületek állapotára terjedt ki, így ír: "Az elpusztult Báligethen (Abaligeten) van egy egészen tetszetősen épített kápolna Szent Magdolna
tiszteletére. Északi falát időálló kőből, a többi részét égetett téglából építették, bolthajtásos szentélyével, oldalfalaival és tornyocskáival együtt egészen jó állapotban. Tetőszerkezete zsindely."
A lerombolt templomok körül a lakóházak is elpusztultak.
A 18. század elején lassan indult meg az újjáépítés. A lerombolt falvak helyére zömmel német jobbágyok érkeztek több hullámban és Németország különböző tájairól. Letelepedésüket több évig tartó adókedvezmény könnyítette. A század közepén már a magyar népesség is jelen volt a faluban.
A telepesek hosszú ideig megőrizték zárt közösségüket. A falu egyetlen utcáját a kocsmáig régen Magyar utcának, a kocsmától az alsó faluvégig Német utcának hívták.
A község egyházi birtok volt, a pécsi papnevelde, illetve a pécsi egyházmegye káptalanja gyakorolta a földesúri jogot.
1799-ben 120 ház volt a faluban. A lakosság nagyobb része német, magyarok mindössze nyolc-kilenc házban laktak.
A történelmi események - az 1848-as forradalom és szabadságharc, az első és a második világháború - errefelé is megmozgatták a környék falvainak népét. A két háború között számos gazdag, jómódú ember lakta ezt a vidéket. Állattartással, földműveléssel foglalkoztak. A szegényebbek a tehetősebb gazdákhoz, vagy távolabbi vidékekre járt részesaratónak. Voltak iparosok is, de az erdő, a kőfejtő is adott munkát. Különös kiváltság volt, ha valakit a vasútnál alkalmaztak.
Abaliget és környéke 1944. november 30-án szabadult fel. Sok embert kitelepítettek, elkobozták vagyonukat. Néhány év alatt nagyon megváltozott a település lakossági összetétele: a kiszökött, vagy kitelepített lakosság helyébe a Felvidékről, a Nyírségből, a Dél-Alföldről érkeztek csoportok és a letelepedést vállaló cigányság is megjelent.