6.01 Zod(Zod)

 A Fantom Zónába zárva - ami egy kriptoni börtön, melyet Jor-El alkotott - Clark képességei nélkül találja magát, bosszúra szomjas bűnözőkkel, akiket az apja száműzött oda. Ezalatt Lex testét uralva Zod rabként tartja Lanat, hogy utódot nemzzen neki. Terve, hogy a Földet a Kriptonhoz hasonlóvá tegye. Ehhez segítségül az idegen űrhajó merevlemezét használja. Miután Lois és Martha repülögépszerencsétlenséget szenved közel a Magány Erődjéhez, Jor-El elmondja Martha-nak, hogyan öljék meg Zod-ot. Eközben Chloe a Daily Planetben újra találkozik egy régebbi "kalandjával", Jimmy Olsennel.

6.02 Tüsszentés(Sneeze)

Clark keményen dolgozik, hogy eltakarítsa Zod pusztításának nyomait. Eközben felfedez valamit, amiről először azt hiszi, az első megfázása. Ám hamar rádöbben, hogy az új szuperereje van kifejlődőben, a szuperfújás! Lois eközben állást kap az Inkvizítornál, a helyi bulvárlapnál. Lana és Lex összeköltözik. Lex meg van győződve arról, hogy valaki követi őt. Ez hamar beigazolódik, amikor elrabolják

6.03 Hervadás (Whither)

Lexnek bűntudata van a Zod által végzett pusztítás okán, ezért jelmezes jótékonysági bált rendez, ahova meghívja az All American Reject zenekart is. Mialatt Clark és Chloe egy olyan szörnyeteget üldöznek, aki férfi tetemeket akar felhasználni ördögi tervéhez.Az üldözés felgyorsul, amikor a Jimmy Olsent is elrabolják. Lois eközben vonakodva ám, de beleegyezik, hogy Oliver Queen randizzon vele Lex bálján.

6.04 Nyilvessző (Arrow)

 Lois egy jótékonysági esten szemtanúja lesz, amint Green Arrow ellopja Martha Kent gyémántnyakláncát. Ekkor a lány megfogadja, hogy kideríti, kit rejt a kosztüm. Clark nyomozni kezd és kideríti, hogy Green Arrow nem más, mint Oliver Queen. Oliver kosztümjében meglopja a gazdagokat, hogy aztán az elesetteket segítse meg ezáltal. Eközben Lex és Lionel lana hűségét teszteli.

6.05 Osztálytalálkozó(Reunion)

Tinédzserként Oliver és Lex egy suliba jártak, ahol Oliver és haverjai folyvást erőszakoskodtak Lex-szel annak Duncan nevű barátjával. Lex végül - azzal a reménnyel, hogy így befogadják - Duncan ellen fordult. Duncan azonban végül kétségbeesésében leugrott a tetőről. Lex és Oliver most egy osztálytalálkozó alkalmából visszatér a régi iskolába. Azonban mindketten megdöbbennek, amikor kiderül, hogy Oliver haverjai egytől egyig erőszakos halált haltak rejtélyes balesetekben. Minden nyom Duncan-hez vezet. Eközben Clark műholdfelvételeket lát négy másik kráterről, amik a Fantom Zónából való menekülése napján jelentek meg. Rájön, mások is követték.

6.06 Incidens(Fallout)

 Clark nagyon boldog lesz, amikor megtudja, hogy Rayának is sikerült megszöknie a Fantom Zónából. A lány Smallville-be jön, hogy találkozzon vele. A két kriptoni fiatal közel kerül egymáshoz, Raya pedig megmutatja Clarknak, hogyan állítsa helyre a Magány Erődjének erejét. Eközben egy a zónából szökött gyilkos - Bearn (Bow Wow) - mindkettőjökön bosszút akar állni bebörtönzése miatt.

6.07 Őrjöngés(Rage)

 Clark felfedezi, hogy Green Arrow-t meglövik, miközben megpróbál megmenteni egy bajba került párt. De Oliver tagadja, hogy megsérült volna. Aztán, mikor később Oliver szokatlanul kezd viselkedni, Chloe és Clark felfedezik, hogy egy szuper-szérumot használ, aminek segítségével teste minden sérülés után regenerálódik. Azonban a szernek mellékhatásai vannak. Eközben Lana egy sokkoló felfedezést tesz, ami megfertőzi a kapcsolatát Lex-szel

6.08 Statikus(Static)

Clark megtudja, hogy egy zónaszökevény Seattle-ben kötött ki. Az idegen lemészárolta egy egész hajó legénységét. A lény kiszippatnja a csontokat az emberekből. A nyomozás közben Clark szembekerül vele. Eközben egy páciens megszökik a LuthorCorp titkos kísérleti laborjából. Az illető képes rezgési frekvenciát váltani. Ezt kihasználva szökik meg a LuthorCorpból, hogy aztán bosszút álljon Lexen. Képességével egy olyan tartományba börtönzi, ahol az ifjú Luthor mindenkit hall és lát, őt azonban senki sem látja. A rész vége felé új DC Comics hős teszi tiszteletét, bár csak pár másodperc erejéig.

6.09 Földalatti(Subterranean)

 Clark megdöbbenve fedezi fel, hogy a szomszédjuk, Jed McNally illegális bevándorlókat tart fogva és rabszolgamunkára kényszeríti őket a farmján. Clark - az által vezérelve, hogy a totális bevándorlónak érzi magát - Martha segítségét kéri annak érdekében, hogy egy fiatal fiú és az anyja az Államokban maradhasson.

6.10 Vízi(Hydro)

Lana bevallja Chloe-nak, hogy kétségei vannak affelől, hogy jó döntés lenne Lex-hez hozzámenni, mivel még mindig rejlenek benne érzések Clark iránt. Ezt követően Linda Lake (Tori Spelling), a Planet pletykarovatának vezetője részletesen kitálalja a beszélgetést. Chloe - hogy bizonyítsa, nem ő adta tovább a társalgás tartalmát - nyomozásba kezd a munkatársa után. Ekkor deríti ki, hogy Lake képes vízzé változtatni magát. Így tud anyagot szerezni rovatához. Eközben Lois elkezdi gyanítani, hogy Oliver nem más, mint Green Arrow. Clark segítségét kéri, hogy ezt bebizonyítsa.

6.11 Igazság(Justice)

 Green Arrow erősítést hív Smallville-be, így megérkezik Bart Allen/Flash, Aquaman, valamint Cyborg, hogy elpusztítsák a LuthorCorp titkos laborját. Az intézménybe való behatolás közben Bartot elkapják és Lex kínozni kezdi. Clark elindul, hogy megmentse őt, de térdre kényszeríti egy meteorkő. A riadt Chloe Oliverhez fordul segítségért, s az újonnan alakult Justice League akcióba lép, hogy megmentse Clarkot és Bartot.

6.12 Labirintus (Labyrinth)

Clark-ot megtámadja valami, majd le esik pajtában a padlóra, mikor felkell már nem a pajtában hanem egy elmegyógyintézetben találja magát, ahonnan megszökik. Egy másik világba kerül, ahol nincs ereje hanem beképzelte magának így került be az intézetbe. A világ elég furcsa: Lana Clark pajtájában lakik nem ismeri Lex-et és együtt vannak. Martha Lionel felesége aki a Luthor villában lakik. Lex-et a Clark okozta balaset érte és elvesztette mind két lábát. Egyedül Chloe hisz az erejében, de kiderül, hogy ő is megszökött az elmegyógyintézetből és megölik. Clark belemerül ebbe a világba és elhiszi, hogy örült, mikor egy idegen elmondja, hogy tényleg van ereje és hogy egy fantom tarja ebben a világba. Ahoz, hogy megszabaduljon meg kell ölnie a kezelő orvos-t...

6.13 Crimson

Lois kipróbál egy vörös rúzst aminek a hatása, hogy beleszerett abba akit elszőr meglát, aki természetesen Clark lett :). Teljesen rányomul Clark-ra még a mellére is tetováltatja, hogy: Clark & Lois. Kiderül, hogy a rúzs piros kryptonit-ból készült és mikor Lois megcsókolja Clark-ot elöjön a "Bad Clark" és ő is ráindul Lois-ra. Eközben Lex és Lana készülnek az eljegyzési partira ahova Chloe és Martha is elmegy. Clark úgy dönt, hogy elmegy ő is a partira majd mindenkinek elmondja az öszintét amit érez (Chloe, Martha, Lex, Lana). Miútán befejezte, fogja Lana-t és megszökteti a mennyaszonyt... 

6.14 Trespass

Lana-t észre veszi, hogy valaki figyeli, majd megis támadják. Jimmy szakít nagy nehezen Chloe-val mert érzi Clark fontosabb neki. Lex eközben máshol van. Lana fotókat, hívásokat kap majd próbál bújkálni a támadó elől... mikor a Talon-ban is megtámadják az őröket kicselezve úgy gondolja oda kell mennie ahol nem keresnét vagyis a Kent farmra. Ott is megtámadják az egyik őrt megis ölik és Lana legurúl a lépcsőn majd kórházba kerül. Ott is megtámadja a titokzatos leselkedő akitől Clark megmenti... , de még nincs vége mikor Lana haza megy és az egyik biztonsági őr mindenkit haza küld...

6.15 Freak

Valaki elrabolja a meteorfertőzött embereket...  Tobias is fertőzött a második meteoresőben elvesztette látását é megérzi a fertőzötteket. Valaki ezt felhasználva begyüjti őket. Chloe tanuja lesz amikor az egyik fertőtöttet elrabolják és nyomzni kezd mikor őt is elrabolják. Clark és Jimmy nagyon aggódnak érte, de mikor végre előkerül nem emlékszik semmire. Kiderül Lex áll ez mögött. Clark és Chloe elmennek Tobias-hoz, hogy beszéljenek vele és Tobias megérez egy fertőzöttet. Az elrabolt fertőzöttek mind erőkerültek és késöbb meghaltak. Lana mikor tudomást szerez Tobias-ról elmegy hozzá mert aggódik Clark miatt mert gondolja a fiu és fertőzött és hallgatásáért cserébe szeműtétet ajánl fel neki, de Tobias nem Clark-ot érezte...  Kiderül Chloe-t azért rabolták el mert fertőzött...

6.16 Promise (Igéret)

Eljön Lex és Lana esküvője. Clark elhatározza elmondja Lana-nak a titkát, hogy ezzel hátha megakadályozza az esküvőt. Lionel elmondja Lana-nak, hogy tudja Clark titkát és ha nem megy hozzá Lex-hez megöli Clark-ot....

6.17 Combat

Egy gaz promóter harcokat szervez zónaszökevények és néhány fegyenc között. Lois Lane ennek a kellős közepébe kerül, amikor nyomozni kezd. Eközben egy doktor nagy fizetésért egy olyan különleges feladatot hajt végre Lex számára, aminek köze van Lanához.

6.18 - Progeny

 vendégkarakter ezen a héten Moira Sullivan lesz, akit Chloe anyukájaként ismerhetünk. (ismerhetünk?). Elválasztva élt Chloe-tól. A meteoreső miatt szuper agyi képességeket kapott.
Lex megpróbálja Moira képességét használni a saját hatalmi céljaira.
Alexi and Davidson, 2 super-freaks (metormutánsok) akiknek olyan képességik vannak, hogy átmennek a falon, energiamezőt hoznak létre.
- Moira megveti Lex-et, és agykontrollal irányítja Alexi-t és Davidson -t, hogy megölje Lex-et.
- A szerzők (kryptonsite) nem értik, hogy hogyan lehetett Chloe mamája Smallville-ben 89-ben-
- Davidson sérülést okoz Lanának, aki a Smallville Medical Center-be kerül és elmondja Clark-nak, hogy ne aggódjon Lana elvetél amúgy is.
Lana elhatározza, hogy hogy elvégez néhány tesztet, hogy kitalálja mi történt a terhességével.
- Erica Durance és John Glover nem szerepelnek ebben az epizódban.

6.19 - Nemesis

CLARK ÉS LEX CSAPDÁBA ESIK EGY BEOMLOTT AKNÁBAN AMIT KRIPTONIT SZEGÉLYEZ - Jodi - akinek a férje korábban a katonaság különleges egységében szolgált - egy csőbombát robbant fel Lex egyik titkos laborjában. Azzal vádolja Lexet, hogy elrabolta a férjét. Lionel súlyosan megsérül a robbanásban, Lexet pedig túszoul ejti a felbűszült feleség. Jodi megfenyegeti az ifjabbik Luthort, hogy rárobbantja az egész labort, hacsak nem mondja el neki, hogy hol a férje.
Clark elindul, hogy megmentse Lexet, de azonnal erejét veszti a kriptonit által szegélyezett falaktól. Lex és Clark rádöbben: az egyetlen módja, hogy élve kijussanak az, ha összedolgoznak...