2.01 Átjáró(Vortex)

Clark megmenti Lana-t a tornádótól. Nixon és Jonathan egy temetőben verekednek, majd a vihar által templom romjai alá kerülnek. Lex megmenti az apját, aki súlyosan megsérült. Clark ezalatt kórházba viszi Lana-t, majd hazamegy. Otthon észreveszi, hogy az űrhajója eltűnt. Martha mindenről beszámol neki. Clark -Lex társaságában- nekiindul megkeresni Jonathan-t. A keresés folyamán fény derül Lex kapcsolatára Nixon-nal.. Pete segítségével Clark megtalálja a templom romjait, de az tele van kripton-darabokkal. Nixon ezt ki is használja, miután megtudja, hogy Clark allergiás rá… Lex még ebben az epizódban beleegyezik apja életmentő operációjába, aminek mellékhatásaként Lionel elveszíti látását. Clark űrhajója nem kerül elő…

2.02 Hőség(Heat)

Három hónap telt el a szélvihar óta. Clark iskolakezdése furcsán indul. Felfedez magán egy új képességet, a hő látást. Ha erősen koncentrál, bármit képes lángba borítani, csupán a tekintetével. Ezalatt Lex feleségül veszi a Smallville-gimi új tanárnőjét, Desiree Atkins-t. Később Desiree megkísérli irányítani Clark-ot kriptonit-fertőzött feromonjaival, ám Clark immúnis erre. Ekkor Clark előtt is nyilvánvalóvá válik: Desiree képességével az orránál fogva vezeti Lexet… Desiree- mivel Clark-nál nem járt szerencsével – Jonathan-hoz megy és ráveszi, hogy ölje meg Lex-et. Ám Clark közbeavatkozik…

2.03 Titok(Duplicity)

Dr. Hamilton görcsös remegései nem múlnak, ezért még Lex is kirúgja az állásából. Ezt követően frontális balesetet okoz az úton. A másik sofőr lesodródik, s a gabonamezőn, Clark űrhajójához közel köt ki. Pete éppen arra autózik és megmenti a sofőrt. Ő és Clark elviszik az űrhajót a Ross-házba... Ám az éjjel eltűnik a hajó. Pete Clark-ot gyanúsítja. Így Clark elmondja neki az igazságot...

2.04 Vörös(Red)

Clark egy gimnáziumi vásáron vesz egy vörös köves gyűrűt, melyet az ujjára húzva teljesen megváltozik. A kő vörös kriptonitból van. Ettől agresszív és heves lesz. Vadul bevallja érzéseit Lana-nak... Eközben új diák érkezik az iskolába. Jessie Brooks-nak és az apjának fontos üzleti információ van a birtokában. A lány szimpatizál az új Clark-kal. Majd költekezni kezd a Kent szülők hitelkártyájának rovására, és még verekedéseket is provokál. Amikor megtudja, hogy Jessie és az apja mit tudnak, meg akarja szerezni az információkat, mert az sok pénzt jelent. És rájuk támad, de Jonathan és Pete a zöld kriptonittal megállítja… Ebben a részben Lionel fültanúja lesz Clark képességeinek...

2.05 A hódoló(Nocturne)

Mikor Lana éjjel meglátogatja szülei sírját, talál ott egy levelet neki címezve. A borítékban egy vers van, egy hódolótól. Clark-ot érdekelni kezdi a furcsa eset, s követi este Lana-t a temetőbe, ahol ismét feltűnik Byron, a rejtélyes fiú. Byron-t hazaviszik, és megtudják, hogy a szülei bezárva tartják. Miután szólnak a seriffnek, kiderül, hogy Byron „meghalt”, belefulladt a Crater tóba; aztán az anyja elmeséli, hogy Byron a LuthorCorp egyik kísérleti programjának köszönhetően átváltozik, ha napfény éri... Ebben az epizódban Martha elszerződik Lionel-hez, mint személyi asszisztens...

2.06 A történelem ismétli önmagát(Redux)

Troy rosszul lesz az uszodában, és Clark megmenti, de amikor kiemeli a vízből meglepődve veszi észre, hogy Troy teste hatvan évet öregedett... Chrissy volt a barátnője, és Clark-ék furcsa dolgokat találnak a múltjába. Még jobban gyanakodni kezdenek, amikor még egy sráccal ugyanaz történik Chrissy közelében... Ebben a Smallville giminek új igazgatója lesz, Mr. Reynolds, aki Lex régi tanára, és amikor megtudja, hogy ő és Clark jó barátok, rászáll Clark-ra... Ebben az epizódban Lana megtudja, hogy az édesanyjának volt egy másik férfi az életében. És Lex segítségét kéri, derítse ki, ki az a férfi…

2.07 Leszármazás(Lineage)

Amikor Rachel Donlevy felkeresi Clark-ot, s azt mondja neki, ő az igazi anyja, felpörögnek az események. Clark és Chloe összevesznek, amikor kiderül, Chloe szolgáltatott Clark-ról információt a nőnek. Rachel azt hiszi, Clark az az elveszett fia, Lucas, akinek az apja nem más, mint Lionel Luthor. Ez azt jelentené, hogy Clark Lex féltestvére. Sőt, kiderül, hogy Clark örökbefogadási papírjait Lionel cége hamisította. Clark szülei elmondják, hogy a meteoreső után találkoztak Lionel-lel és segítettek neki megmenteni Lexet. Ezért ő cserébe segített az örökbefogadásnál, persze Lionel kért is cserébe valamit... Eközben Rachel nem adja fel tervét. DNS-tesztet követel, de Clark-nak Pete segítségével sikerül kicserélniük a mintát. Miután kiderül, hogy Clark nem Rachel gyereke, megőrül és elrabolja Lex-et; apját azzal zsarolja, megöli, ha nem ismeri el, hogy Clark az ő fia... Ezalatt Lana találkozik Henry Small-al, anyja régi barátjával…

2.08 Ryan(Ryan)

 Az első évad folyamán megismert Ryan visszatér! Szomorú élete van: Tesztalany a metropolisi Summerholt Kutató Laboratóriumban. Itt dr. Garner erőszakosan akarja fejleszteni Ryan képességeit. Clark tudomást szerez minderről, s elmegy a laboratóriumba, elhozza Ryant. De dr. Garner megfenyegeti, hogy ha nem hozza vissza a fiút, alapos vizsgálatnak veti alá Clark-ot és a Kent családot, de Lex közbeavatkozik... Közben kiderül, hogy Ryan-nak súlyos agydaganata van és csak egy orvos segíthet rajta, dr.Burton, Clark mindent megtesz, hogy elérje az orvost... Eközben kiderül, hogy Lana nagynénje elköltözik a vőlegényével, de Lana nem hajlandó velük menni...

2.09 Megtestesült tudathasadás(Dichotic)

Ian rossz osztályzatot kap a technika tanártól, ezért megöli őt. Majd egyszerre rástartol Lana-ra és Chloe-ra, egy időben két helyen van, kiderül, hogy Ian klónozni tudja magát. Lana és Chloe nem tudja, hogy mindkettőjüket szédíti. Clark próbál szólni nekik, de azt hiszik, hogy csak féltékeny... Ebben a részben Jonathan kórházba kerül törött lábbal, miközben Martha egy megbeszélésen van Lionel-lel. Lex pedig találkozik egy csinos doktornővel, Helen Bryce-al…

2.10 Bőrbebújt(Skinwalker)

Clark motorozás közben egy indián barlangba esik, közel a LuthorCorp építkezési területéhez. A barlangban találkozik Kyla-val. A barlang antik barlangrajzokat őriz. A rajzok egy próféciát mesélnek el. Egy jóslatot Naman-ról, aki az égből érkezik, s hatalmas ereje van. Kyla hamarosan felfedezi Clark képességeit, s úgy hiszi ő az égből jött ember, Naman. Kyla és Clark ezt követően közel kerül egymáshoz… Eközben farkas-támadás borzolja a smallville-i lakosok idegeit. A támadás az építkezési területen történt. Clark úgy hiszi, Kyla apja testváltó, s farkasként igyekszik megakadályozni az építkezést az indián barlang közelében. A farkas megtámadja Martha-t és Lionel-t. Ezalatt Lex felfedezi a rajzokat a barlangba, s talál egy formát a falban, amelybe tökéletesen beleillik a nemrég még birtokában lévő hatszög-kulcs... Mindeközben kiderül, hogy Harry Small Lana igaz apja; és hírt is kap Whitney felől, eltűnt támadás közben...

2.11 Ábrázat(Visage)

Whitney Fordman visszatér az indonéziai küldetésből, megszakítva Clark és Lana között kialakuló románcot. Amikor Whitney furcsán kezd viselkedni, Clark rádöbben, hogy nem is a Fordman-fiú akit lát... Eközben Lex és Helen kapcsolata komoly vízválasztó elé kerül, amikor Lex fotókat kap, amelyeket Lionel és Helen egy találkozója van megörökítve...

2.12 Lázadás(Insurgence)

Lex felfedezi, hogy Lionel poloskákat helyezett el az irodában, s az ilyen úton megszerzett információkat felhasználta üzletelésében. Ekkor megbíz néhány embert, hogy törjenek be a LuthorCorp metropolisi irodájába, s szerezzék meg a széf tartalmát. Ám mikor megtudja, hogy Martha is az épületben lesz, nem csak Lionel; megkísérli leállítani a műveletet. Ám a tolvajok magánakcióba kezdenek, remélve, hogy a széf rengeteg pénzt rejt... Lionel-t és Martha-t túszul ejtik. És amikor kinyitják a széfet, nem pénzt találnak, hanem kriptonit-rudakat, egy hatszögű kulcsot és egy Clark-ról vezetett aktát... Clark nem tétlen, a szemközti Daily Planet épületéről átugrik a LuthorCorp irodájába. Eközben Lana találkozik apja, Henry feleségével, aki bizalmatlan vele szemben. Martha pedig úgy dönt (Jonathan beleegyezésével), hogy nem mond föl Lionel-nek, hátha így kiderítheti, mit tud Clarkról...

2.13 Ki a tettes?(Suspect)

Lionel Luthor-t lelövik Lex irodájában. Ezután pedig egy flaska piával a kezében, s a pisztollyal az övében megtalálják Jonathant egy mellékúton a volán mögött. Fogdába viszik. Ám nem ő az egyetlen gyanúsított. Lionel új asszisztense, Dominic úgy hiszi, Lexnek is megvolt az indítéka. Lex pedig Dominic-ot tartja merénylőnek. Chloe-nak viszont, Henry Small gyanús. Amikor pedig Clark megpróbál válaszokat keresni kérdéseire, megkísérlik megölni.

2.14 Száguldás(Rush)

Egy buli során, amit az indián barlangban rendeznek, meghal egy diák. (Leugrik egy álványról) Ugyanitt belemegy Pete-be valami, ami miatt megváltozik a viselkedése, extrém dolgokat művel. Közben Clark randizni hívja Lana-t, aki igent mondd neki. Amikor Chloe és Clark nyomozni kezdd a barlangba, Chloe is megfertőződik. Lex később kideríti, hogy a barlang falai közt olyan idegen parazita bujkál, mely az adrenalin termelést robbanásszerűen serkenti. Clark, látva a helyzetet, lemondja a randit Lana-val, arra hivatkozva, hogy Pete beteg. De amikor Lana találkozik Pete-tel azt hiszi, Clark hazudott neki. Ekkor Pete megelégeli Clark folyamatos aggódását és vörös kriptonitot csempész a zsebébe, hogy őt is felpörgesse. Clark még a képességeit is megmutatja Chloe-nak… Ebben a részben Lex felbéreli Dr- Walden-t, hogy tanulmányozza a barlangrajzokat.

2.15 Tékozló fiú(Prodigal)

Lex kimenti szorult helyzetből és visszahozza Smallville-be rég elveszettnek hitt bátyját. Lucas nem valami hálás. Kitúrja Lex-et a LuthorCorp-ból és a villából is, elfoglalva helyét apja oldalán. Lex átmenetileg Kent-ékhez költözik. Lucas féktelen költekezésbe kezd, majd rájön, hogy Lionel már nem vak... Lionel észreveszi, hogy Lucas kettős játékot játszik, megkísérli átvenni az irányítást. Lionel ekkor elküldi. Lucas Lex után megy, és túszul ejti… Eközben Clark munkát vállal a Talon-ban, ahol nem kapja meg az év dolgozója címet...

2.16 Láz(Fever)

Martha eltemeti az űrhajó kulcsát az óvóhelyre. Ám ott belélegez egy kriptonit fertőzött spórát, amitől rosszul lesz, majd kómába esik az eddig eltitkolt születendő gyermekével együtt. A DCA nevű egészségügyi csoport elindul a Kent farmra, hogy kivizsgálja az esetet. Clark és Pete előbb odaér, és elviszik az űrhajót. Ám Clark azt veszi észre, hogy elvesztette erejét. Majd hamarosan ő is beteg lesz. Dr. Bryce vért vesz tőle és Jonathan megígérteti vele, hogy a vért senkinek nem adja a kezébe, s a folyadék által kimutatott adatokról sem beszél senkinek. Clark rájön, hogy az űrhajó lehet a megoldás a bajra, hiszen Lana kripton nyakláncát is semlegesítette. Jonathan és a beteg Clark betör a DCA központjába, s ellopják a hajó kulcsát… Eközben Lex titokban másolatot készít Martha kórházi anyagáról.

2.17 Rosetta(Rosetta)

Clark azt álmodja, hogy repül. Repül, egyenesen az indián barlangba, ahol behelyezi az űrhajó kulcsát a lyukba. Később ezt meg is teszi a valóságban is. Ekkor egy hatalmas fénysugár tör ki a lyukból, eltalálja Clark-ot, s felemeli a levegőbe. Később Clark hő látása magától aktiválódik, s egy szimbólumot éget a pajta oldalába. Egy szimbólumot, melyet Clark képes lefordítani. Azt jelenti, remény. Dr. Swann, látva a Chloe által készített fotót a jelről, kapcsolatba lép Clark-kal. Üzeneteiben a rejtélyes nyelv szimbólumait használja. Mindeközben dr. Walden a hátrahagyott kulcsot behelyezi a barlangi nyílásba. A fény ismét kitör. Elkezdi tölteni a misztikus nyelvet Walden elméjébe. Ám a doktor agya nem bírja az információ-túlterhelést. Walden kómába esik. Clark elmegy Dr. Swann-hoz New York-ba. Swann elárulja, hogy ő csillagász, és a meteoreső napján egy jelet fogott, amely matematikai kulccsal kódolta a szimbólumokat. Swann megfejtette. Az üzenet nyomán kiderült, hogy Clark nem más, mint Kal-El a Kripton bolygóról... Még ebben a részben Lana és Chloe összeveszik, amikor Lana Chloe számítógépén megtalálja a képeket Clarkról és Chloe-ról..

2.18 Látogató(Visitor)

Az új diák, Cyrus felkelti Clark érdeklődését, amikor a fiú tüzet kelt a szemeivel, hogy leszerelje az őt szekálókat. Cyrus-ról mindenki tudja, hogy mentális problémái vannak. Azt hiszi magáról, hogy földön kívüli. Clark elnyeri Cyrus bizalmát, a fiú megmutatja neki átviteli állomását. Cyrus később csupán az érintésével meggyógyítja Lana lovát. Ez az eset és az a tény, hogy Cyrus gyakran Clark űrhajójáról álmodik, arra sarkallja Clark-ot, hogy elhiggye: Cyrus is a Kriptonról való... Eközben Lex felfedi Helen előtt minden titkát: megmutatja a termet, amelyben az összes bizonyítékot őrzi, ami igazolja Clark-kal kapcsolatos gyanúját. Ezután a Martha felkeresi Helen-t a kórházban, s megkéri, hogy senkinek se beszéljen Clark vérének különlegességéről. A doktornő megígéri, hogy még Lex előtt is titokban tartja.

2.19 Szakadék(Precipice)

Clark közbelép, amikor egy részeg trió zaklatni kezdi Lana-t a Talon-ban. Utánuk megy. A részegek verekedést produkálnak. Az egyikük az eset során megsérül, amikor ráesik a kiérkező seriff kocsijára. Az eset miatt Clark-ot közmunkára ítélik, s a sérült férfi még egymillió dollár kártérítést is követel a családtól. Clark a röntgenlátásával kideríti, hogy csak szimulál… Ezalatt Lana önvédelmi leckéket vesz Lex-től, hogy meg tudja magát védeni. Szükség is lesz rá, amikor visszatér a Talon-ba a "megsérült" férfi... Eközben megjelenik Helen régi barátja, Paul. Zaklatni kezdi a nőt. Lex közbelép, s magánnyomozót állít Paul-ra. Ám a férfi megöli a detektívet... Ebben a részben Lex megkéri Helen keszét.

2.20 Szemtanú(Witness)

Clark szemtanúja lesz, amint néhányan kirabolják Lionel LuthorCorp-os teherautóját. Az egyik tolvajnak Clark-hoz mérhető ereje van. Clark azonosítja. Ő Eric Marsh, a Smallville gimi diákja. Az ereje onnan ered, hogy égetett kriptonit gőzt lélegez be. Marsh megkísérli megölni Clark-ot. Ám Clark túléli a kohóban töltött perceket. Látva, hogy egy kriptonit-erejűvel nem veheti fel a harcot, a polgári utat választja. Feljelenti Marsh-ot a rendőrségen. A fiút be is viszik. Ám Lex közbeavatkozik... Még ebben a részben Chloe és Clark összeveszik, amikor Clark kilép a Fáklyától. Lionel pedig egy ajánlatot tesz Chloe-nak...

2.21 Gyorsítás(Accelerate)

Lana-t egy gyermekkorában meghalt barátnőjének szelleme kísérti. Emily tíz éves korában fulladt meg. Apja ezt képtelen volt elfogadni, ezért klónozta lányát a LuthorCorp-nál, s a növési folyamatot kriptonittal gyorsította fel. Clark és Lana megtalálja a labort, amikor kutatni kezdenek Emily apjának házában. Az apa megtiltja Emily-nek, hogy még egyszer találkozzon Lana-val. Ekkor a kislány komoly sérülést okoz apjának. Amikor a seriff megérkezik a házba, a labornak hűlt helyét találja. Bár Emily a kripton-kezelés hatására Clark-hoz hasonló szupersebességre tett szert, ugyanakkor elvesztette erkölcsi, érzelmi ítélőképességét. Ezért bántotta apját, s ezért próbálja megölni Lanát is... Eközben Lionel átnyújtja ajándékát Lex-nek az esküvőre, egy nászutat. Még ebben a részben Lionel átveszi az irányítást az indián barlang felett, s később Emily bizalmát is elnyeri.

2.22 Hívás(Calling)

Dr. Walden agyfunkciói normalizálódnak, s a következő szavakat mormolja, amint felkel: "A nap közeleg. A nap közeleg." Eközben Clark ugyanezeket a szavakat hallja a fejében. Kiderül Walden a kezével energiahullámot tud létrehozni. Ilyen módon megmenekül a kórházból, s az indián barlangban a jeleket megfejtve rádöbben: Clark az idegen. Ezt el is mondja Lex-nek és Lionel-nek. Azt is elmeséli, hogy el kell pusztítani Clarkot, mielőtt ő pusztít el mindenkit. Lionel hisz neki, s üzletet ajánl Chloe-nak: megkapja a Daily Planet állását, ha cserébe megfigyeli Clark-ot...Walden eközben megtámadja Clarkot az energiahullámmal. Ám Clark megöli, amikor a hő látásával robbanást idéz elő. Az epizód végén Clark ismét hallja a hangot, immár az óvóhely felől... Még ebben a részben történik: Lana és Clark csókolóznak, ám Lana másnap ezt hibának tartja, mert így elveszítheti Chloe barátságát. Lex megkéri Clark-ot, hogy legyen a vőfélye, s meghívja a Kent-szülőket is az eljegyzési vacsorára. Az ott mondott beszédével Clark meggyőzi Lana-t, s végleg összejönnek. Ezt véletlenül látja Chloe is. Ekkor elhatározza, elfogadja Lionel ajánlatát. Eközben Helen irodájából eltűnik a vérminta…

2.23 Exodus(Exodus)

Az űrhajó lejátssza Clark-nak a kriptoni apjának, Jor-El-nek az üzenetét: naplemente előtt el kell hagynia családját és barátait, s el kell indulnia beteljesíteni végzetét. Eljön a naplemente, s az űrhajó az őseinek jelét égeti Clark mellkasára. A jel leginkább egy "S" betűre hasonlít... Lionel lemásolja a űrhajó kulcsát kriptonitból, s azt tervezi, azt rakja a barlangban lévő lyukba. Clark reménykedik benne, hogy ez a kriptonit-kulcs elpusztítja a hajóját, ezért Pete segítségével ellopja. Clark kihagyja Lex esküvőjét, s a kulccsal elpusztítja a hajót, s minden mást a közelben. Így a lökéshullám felborítja az esküvőről hazarohanó Kent-ék kocsiját. Martha megsérül, s elveszíti a babát. Amikor a dühös Jonathan elutasítja, Clark úgy hiszi, jobb, ha kikapcsolja tudatát. Ezért megkeresi a másik vörös-kriptonit gyűrűt és felhúzza az ujjára... Eközben Lex bevallja az igazat Helen-nek, elmondja, hogy ő lopta el Clark vérét, majd visszaadja a mintát, s közli: nem volt ideje analizálni. Helen megbocsát neki. Megtartják az esküvőt, majd repülővel elindulnak a nászútra...