J. K. Rowling monumentális, hétkötetesre tervezett regénysorozatának első része, amelyben megismerhetjük a tizenegyedik születésnapjára készülő árva kisfiút, Harryt. A fiút kiállhatatlan rokonai, Dursley-ék nevelik. Dursley-ék jómódúak, Harrynek mégis a lépcsőfeljáró alatti gardróbban kell élnie. Harrynek nincsenek barátai, és még soha semmit nem kapott a születésnapjára.

Az idei születésnapján azonban sorsdöntő eseménysorozat veszi kezdetét, amikor Harry különös, zöld tintával írott levelet kap, amelyet postás helyett egy bagoly kézbesít. A levelet azonban sajnos nem tudja elolvasni, mivel nagybátyja, Vernon bácsi elkobozza és megsemmisíti. A különös levél feladója úgy tűnik, nem nyugszik, és megpróbálja a levelet ismét kézbesíteni. Harry napról napra megkapja a levelet, ráadásul egyre több példányban, elolvasni azonban egyet sem tud, egészen addig a napig, amikor annyi levél érkezik egyszerre, hogy már lépni sem lehet tőlük.

Vernon bácsi ekkor úgy dönt, hogy az egész családnak utaznia kell, mégpedig olyan helyre, ahol senki sincs rajtuk kívül. Fáradozásai azonban kudarcot vallanak, mivel a levelek írója így is megtalálja őket. A Dursley család egy kis szigeten talál menedéket az odakint tomboló vihar elől.

Éjszakai pihenésüket azonban váratlan eseménysorozat szakítja félbe: az ajtó éktelen robajjal beszakad, és megjelenik Hagrid, az óriás. Hagrid rendkívül dühös, amiért Dursley-ék nem engedték meg, hogy Harry elolvassa a neki küldött levelet, amelyből a fiú végre megtudja, hogy felvételt nyert a Roxfort Boszorkány-és Varázslóképző Iskolába. Hagrid még dühösebb lesz amikor megtudja, hogy Harry semmit sem tud a szüleiről. Dursley-ék elhitették Harryvel, hogy szülei autóbalesetben haltak meg, valójában azonban híres varázslók voltak, akiket a valaha született leghatalmasabb feketemágus, Voldemort ölt meg.

A varázslók világában mindenki ismeri Harry nevét, mivel ő az egyetlen ember, aki túlélte Voldemort halálos átkát. A sorsdöntő találkozás idején Harry még csecsemő volt. A gonosz varázsló, miután végzett szüleivel, a kisded felé fordította varázspálcáját... És megtörtént a csoda: Voldemort átka visszafelé sült el, a feketemágus majdnem meghalt és minden hatalmát elvesztette, Harry azonban megúszta egy villám alakú sebhellyel.

Hagrid magával viszi Harryt az Abszol Útra, a varázslók bevásárlóközpontjába, ahol minden kapható, amire egy iskolakezdő mágusnak szüksége lehet. A bevásárló-körúton sok minden kiderül: Harry varázspálcájában egy olyan főnixtoll található, amelyből összesen kettő van a világon. A másik tollat Voldemort varázspálcája rejti...

Harry és Hagrid ellátogatnak a Gringotts-ba, azaz a varázslók bankjába is. A bank egyik széfjéből Hagrid rejtélyes csomagot vesz magához, amely, mint ahogy később kiderül, a Bölcsek Kövét rejti. A bankban tett látogatás után Hagrid a King's Cross pályudvarra viszi Harryt. Innen indul a Roxfort expressz, a varázslók vonata, amely az iskolába szállítja a diákokat. Harry a vonaton ismerkedik meg Ronnal és Hermionéval, akik később legjobb barátai lesznek. A Roxfort varázslóiskola Harry új otthona.

Harry és barátai lassan fényt derítenek arra, hogy Hagrid miért hozta Roxfortba a Bölcsek Kövét. A kő örök életet biztosít használójának, és van valaki, aki éppen erre áhítozik.... Harry, Ron és Hermione rájönnek, hogy az illető mikor akarja ellopni a követ, és elhatározzák, hogy megakadályozzák.

A tolvaj egy troll nevű, négyméteres, emberszerű szörnyet enged szabadon az iskolában. A diákok menekülnek, a tanárok pedig a lény elfogására indulnak. A fejetlenséget kihasználva a rabló a harmadik emeletre oson, hogy átvágja magát a csapdarendszeren, amely a Bölcsek Kövét őrzi. Tervére egyedül Harry és barátai figyelnek fel, és úgy döntenek, hogy azonnal a tolvaj nyomába erednek.

Az első akadály, amelyet le kell küzdeniük, Bolyhoska, egy óriási, háromfejű kutya. A kutya megfékezésére egy mód van: ha zenét hall, mély álomba merül. A rabló már ártalmatlanná tette a szörnyet, Harryék azonban majdnem rajtavesztenek, mert az altató muzsikát fenntartó varázslat hatása már múlóban van, amikor megpróbálnak elsurrani a félelmetes őrző mellett.

A következő termet hatalmas ajtó zárja le, rajta apró kulcslyuk díszeleg. A levegőben több száz szárnyas kulcs lebeg, a bátor próbálkozónak egy seprű segítségével kell megtalálnia a megfelelőt. Harry megszerzi a kulcsot, azonban majdnem rajtavesztenek, mivel a megvadult kulcsok üldözőbe veszik őket.

A következő szobában különféle varázsitalok közül kell kiválasztaniuk azt, amelyik a következő terem ajtaját nyitja. Az italok közül csak egy nyitja az ajtót, a többi azonban halálos méreg. A helyes megoldást egy találós kérdés rejti.

A negyedik próbatétel egy sakkjátszma, amelyet óriási táblán élő szobrokkal kell megvívni. A gyerekek maguk is bábut játszanak, ami koránt sem veszélytelen vállalkozás, a szobrok ugyanis tényleg összezúzzák egymást, amikor az egyik fél leveszi a másik egy bábuját.

A sakkjátszmát Ron nyeri a láthatatlan, mágikus ellenféllel szemben, azonban súlyosan megsérül, így Harry egyedül folytatja útját.

A következő terem az utolsó, csupán egy tükröt rejt. Harry megtalálja a tolvajt, aki nem kis meglepetésére Mógus professzor, az iskola fiatal, szerény, dadogó tanára. Most azonban villámlik a szeme, és beszédhibájának, félszegségének nyoma sincs. Mógus leoldja fejéről azt a turbánt, amelyet mindig visel, alatta pedig igazi borzalom rejtőzik: egy másik arc, amely a tarkóján található. Ez Voldemort, aki ugyan gyenge, mégis hatalmas erőknek parancsol. A rabló azonban nem találja a Bölcsek Kövét, ugyanis Dumbledore védőmágiája csak annak mutatja meg, aki nem akarja azt önző célokra felhasználni.

Harry a tükörben megpillantja saját képmását, amely a zsebébe nyúl, és előhúzza a követ. A kő valóban a zsebében van, ezt azonban sajnos Voldemort is észreveszi. A végső párviadalban végül Harry kerekedik felül, Mógus, az áruló tanár meghal, Voldemort pedig ismét száműzetésbe kényszerül.