Gordon Freemant egy rakás törmelék alatt találja meg Alyx és Kutya. Az örömteli találkozást Eli Vance bejelentkezése zavarja meg. Az infolinkhez való odajutáshoz lőjünk bele a gravity gunnal az oldalsó kerítésbe, ami ledől, mi pedig felmehetünk rajta. Vance doktor és Kleiner azonban a legkevésbé sem örömteli hírrel fogad minket. Számításaik szerint a robbanás egy önmegsemmisítő mechanizmust indított be, aminek következtében az egész város hamuvá válhat bármelyik pillanatban. Alyx halált megvető bátorsággal kijelenti, hogy velünk együtt behatol egyenest a Citadel szívébe, hogy ott akadályozza meg a katasztrófát. A doktor, ha nehezen is, de elengedi lányát… és minket. Jobb felé van egy szakadék, ott guggolva-ugrálva juthatunk előrébb, egészen a Citadel volt főbejáratáig, ami viszont kábé harminc méterre van most tőlünk, és még ott a szakadék is. Kutya azonban kitalálta a megoldást. A semmiből dob elő egy autóroncsot, amivel minket is majdnem eltalál. Szálljunk be, és Kutya szemvillanás alatt behajít minket az épületbe. Odabent azonban nem várt fordulat történik: elkezdünk zuhanni az épület mélyébe. Lent érdekes színű falak és üveghidak nehezítik a továbbjutást, de sokáig semmi esemény nincs. Aztán egyszercsak az utat elzáró Stalkerekre bukkanunk. Ezek a hibridek roppant erősek, szerencsére most nem akarnak minket megtámadni. De az utat elzárják, szereznünk kell hát valahonnan egy robbanó gömböt, hogy mögéjük jutva robbanjunk be. Ezt oldalt lemászva, a piros gomb megnyomására tehetjük meg. De vigyázzunk, több is jön, de nekünk csak egy kell. Vissza fel Alyxhoz, a gömböt gurítsuk be az energiafal mögé, ami megkergülve majd a Stalkereket robbantja fel, és nekünk utat nyithat. Tovább, előre. A következő gond egy nagy híd, ami mellett a felborult sötétenergia-egyensúly szippantja be az embereket. Ha elég óvatosan sprintelünk át, nem lehet gond. Ezután egy helyiségben először felturbózódik a Gravity Gun, majd a következőben Breen egyik holoüzenetét és egy telepatikus idegen kreatúrát láthatunk. Szerencsére még mindig nem támadnak meg minket, ez azonban a következő szobában megváltozik. A repkedő sárga energiagömböket kell a piros fénnyel világító reaktorokba lövöldözni, hogy az energiahidak működésbe lépjenek, de úgy, hogy közben a Combine katonákkal is birkózzunk meg. A harmadik hídnál lehet egy kis gond, a gömbök ugyanis visszapattannak a falról, de ha oldalról lőjük be, akkor jól fog működni. Némi harc után eljuthatunk egy óriáslifthez, amelyet szintén energiagömmbel kell beüzemelni. És itt volt a játékban az első nagy szitkozódós pillanatom: ahogy elindul a lift, kisvártatva egy rakás törmelék hullik alá, és szanaszéjjel töri a liftet, amivel vége is van a játéknak. Elvileg bele kell lőni a lehulló törmelékbe egy-egy energiagömböt, és akkor nem törik össze az üveget. Ezután különféle trükkös akadályok elé kerülünk a liftben, többek között el kell számolnunk egy Stalkerrel is. Ha a lift leért, rohanás tovább.