Tíz évvel a Baljós árnyak cselekménye után (22 YU) a Galaktikus Köztársaság hatalmas krízisben van: egy része a rendszernek, Dooku gróf (egy volt jedi lovag) vezetése alatt azzal fenyegetőzik, hogy kilép a Köztársaságból. Egy sikertelen gyilkossági kísérlet után, amelynek célpontja Padmé Amidala volt (szenátor és a Naboo bolygó volt királynője), Obi-Wan Kenobit és Anakin Skywalkert a jedi tanács testőreiként jelöli ki. Mialatt a gyilkosokat követi, Kenobi rátalál egy titkos klóngyár nyomaira, amelyet valaki régen a Köztársaság részéről rendelt meg. Közben Amidala és Skywalker egymásba szeretnek. Kenobi megtalálja a gyilkost Jango Fett személyében, aki Dooku grófnak dolgozik. Dooku éppen egy robothadsereget épít, a Kereskedelmi Szövetség támogatásával. Hogy ezt a támadást elhárítsa, Palpatine Legfelsőbb Kancellár vészhelyzeti hatalmat kap és hadsereget toboroz, amely a klónokból fog állni. A szeparatisták visszavonulásra kényszerülnek, de a jedik nagy veszteségeket szenvednek és a galaxis belemerül a polgárháborúba, amit Dooku és Darth Sidious rendeztek meg.

A cselekmény elemei

Geonosisi kivégzés

A genosisi kivégzés a Genosis bolygón alkalmazott halálbüntetés egyik formája, melyre egy arénában kerül sor. A kivégzendő személyeket egy oszlophoz kötözik, s szörnyeket engednek rájuk, hogy megtámadják és megegyék őket (ehhez hasonló módszert használtak a Római Birodalomban, oroszlánokkal). Dooku gróf halálra ítélte Obi-Wan Kenobit, Anakin Skywalkert és Padmé Amidalát. Szerencsére a kivégzést megakadályozzák az időközben megérkezett jedi lovagok, Mace Windu vezetésével.

Anakin mechanikus keze

Dooku levágja Anakin jobb kezét, pontosan úgy, mint ahogy Darth Vader (aki ugyancsak Anakin) levágja Luke Skywalkerét. Ez a kettős kéz-levágás fontos szerepet fog betölteni a A jedi visszatér részben, amikor Luke nem öli meg Vadert látva, hogy mindkettőjüknek kibernetikus keze van. Luke keze sokkal komplikáltabb, ami a technológiai fejlődéseknek köszönhető a 22 YE és 3 YU között történhettek.

A politikai légkör

A klónok támadásának politikai légköre hasonló a hidegháborúhoz, azzal a különbséggel, hogy végül valóságos háborúba torkollik. Mivel az eredeti Csillagok háborújának a jegyzetei az 1970-es években íródtak, ez lehetett egy üzenet, hogy mit jelenthet a világ számára egy nukleáris háború.