Az 1990-es választási kampányba a megkésett újjászervezés miatt elég későn tudott csak a KDNP bekapcsolódni. Ugyanakkor országosan 317.278 szavazatot kaptak, ami 6,46%-nak felel meg. Három egyéni választókerületben is nyerni tudott a párt jelöltje (Nógrád 2., 3. és 4. EVK), így 21 mandátummal a legkisebb párt lett az országgyűlésben. Ezen a választáson a KDNP azóta is megismételhetetlen dolgot vitt véghez, hiszen úgy jutott be a törvényhozásba, hogy nem volt meg a 20 területi listája sem. Az alábbiakban felsoroljuk a KDNP területi listás eredményeit 1990-ben:

Budapest	5,75%
Baranya	5,26%
Bács-Kiskun	4,66%
Borsod-Abaúj-Zemplén	9,32%
Csongrád	4,65%
Győr-Sopron	9,81%
Heves	13,34%
Komárom	7,32%
Nógrád	15,51%
Pest	8,29%
Szabolcs-Szatmár	9,63%
Tolna	13,49%
Vas	11,74%
Veszprém	7,00%
Zala	11,02%

A választási eredmények után az Antall József alakította kormányban az MDF, az FKgP és a KDNP vett részt. A KDNP a népjóléti tárcát kapta, melyet Surján László vezetett végig. A párt szerepe kezdetben nem volt túl nagy, hiszen nélkülük is megvolt a kormánytöbbség. A kereszténydemokrata frakció azonban nagyon felértékelődött, amikor 1992-ben előbb az FKgP, majd 1993-ban a MIÉP is kivált a kormányból. jól mutatja ezt az is, hogy 1992-ben Füzessy Tibor tárca nélküli miniszteri megbízást kapott (a titkosszolgálatokért felelős). 1990 májusában váltás történt a pártelnöki pozícióban is, ezt a tisztet Surján László töltötte be 1995 januárjáig. Ezzel a pártban az újabb generáció, egy akkor 40 év körüli vezetés került hatalomra. Szívós pártszervezés kezdődött, s ez meghozta gyümölcsét. A taglétszám meghétszereződött, s immár minden megyében volt annyi tagszervezet, hogy az 1994-es választásokon a listaállításból gond ne szülessék. A KDNP végig, szinte teljesen következetesen tartott ki Antall politikája mellett.