A villamosítás, a múló évek és néhány baleset természetes ellensége lett volna a NOHAB-oknak, ám nyilvánvaló, hogy a színfalak mögött rejtett érdekek is siettették a sorozat végét. Összehasonlítva azzal, hogy a dán és a norvég államvasutaknál több, mint negyven évig üzemeltek az M61-esek szerencsésebb testvérei, hazánkban jóval hamarabb befellegzett nekik, amikor a MÁV vezetősége a 80-as évek második felében pálcát tört a sorozat felett. Széles palettáról válogattak ehhez indokokat; hol a politikára, hol a gazdasági helyzetre hivatkoztak, hogy megindokolják, miért költenek egyre kevesebbet az egyébként kifogástalanul üzemelő mozdonyok karbantartására és pótalkatrészek beszerzésére, és miért küldenek sokszor még működőképes mozdonyokat is a lángvágó alá. Az első áldozat 1987-ben a 009 volt; egy kisebb baleset után a főkeret (egyébként elég valószínűtlen) sérülését állapították meg. Gyorsan sorra kerültek mások is, sokan még könnyen javítható állapotban. Az M61 003-at például hivatalosan a kerékabroncs kopása miatt vonták ki a forgalomból. Bár mindenki láthatta, hogy a MÁV állományában nincs a NOHAB-ok pótlására alkalmas jármű, a sorozat irtása a rendszerváltás után is töretlen ütemben, a megszokott rövidlátósággal folytatódott; talán még mindig ugyanazon érdekek miatt.

Ám még az utolsó években is tanúi lehettünk emlékezetes eseményeknek. A MÁV alapításának 125. évfordulójára az M61 004 a hetvenes évek végéig használt eredeti piros-fehér festésre emlékeztető fényezést kapott 1993-ban a szokványos sötétnarancs helyett. Ugyanezen év nyarán Tapolcán egy GM-találkozót is megrendeztek, melyen kiállítottak az M61 004 és az egy évvel korábban felújított 002 mellett egy osztrák 2050-et (Henschel J12), egy horvát 2063-at (EMD GT26CW) és egy 2061-et (EMD G16), valamint más, nem GM-motoros vontatójárműveket, így gőzmozdonyokat is. Az állomás és a fűtőház példásan helyreállított épületei és a vasút vezetőségének ígéretei akár azt is sugallhatták volna, hogy végre jobb évek következnek, ám az egykori 018 lecsupaszított főkerete, amely a találkozó alatt még látható volt Tapolcán, már előrevetítette, milyen sors vár Tapolcára és a NOHAB-okra.

A kilencvenes évek második felében is akadtak azonban örömteli események. 1995-ben a 006 az újrafényezésen kívül felújított motort is kapott, míg egy évvel később tanúi lehettünk a 019 újjászületésének; ez utóbbi azért volt különösen látványos, mert a 019 hosszú ideig a selejtezés határán tengődött. Ám az 1996-os menetrend szomorú változást hozott; tovább szűkült az M61-esek szolgálati területe, Budapest pedig szegényebb lett egy hanggal. Budapest-Déli pu. és Székesfehérvár között immár villanymozdony vontatta a vonatokat; a NOHAB-ok csak Székesfehérvártól vették át a vontatást. Az ezt követő télen hivatalosan megszűnt a gőzfűtés, így néhány M61-et elláttak a villamos fűtőkocsi irányításához szükséges felszereléssel, igaz, a fűtőkocsik meghibásodása esetén még mindig vissza-visszatértek a gőzfűtésre. Ahogy rikult az M61-esek állománya, egyre több M62-es és M41-es férkőzött be a Balaton partjára, így mindennaposak lettek a késések és a szolgálatképtelenségek, melyek még az „egyszerű” utas számára is egyértelműen a szolgáltatás színvonalának gyors zuhanását jelezték. A laikusnak azonban az már nemigen juthatott tudomására, hogy a halálra ítélt M61-ek a mostoha üzemi körülmények (pl. évek óta elmaradt olajcsere és selejtezett gépekből kimentett, használt pótalkatrészek) ellenére is sokkal megbízhatóbban működtek, mint korszerűbbnek és gazdaságosabbnak kikiáltott társaik.

Az utolsó években magánkezdeményezések is felkarolták a NOHAB-ok ügyét. A leglátványosabb eredmény az M61 010 1997-es részleges felújítása volt, melynek során a mozdony az eredetihez közel álló bordó-fehér csíkos fényezést kapott. Ám nem csupán a mozdony külsője újult meg; a gép vezetőállásán és a korrózióvldelem néhány kritikus pontján is történtek javítások. Ezek anyagi fedezete teljes egészében magánkézből történt; anélkül, hogy a vasút részéről hivatalos vagy nem hivatalos köszönet bármikor is elhangzott volna. Néhány hónappal később az M61 004 a Közlekedési Múzeum védelme alá került, Tapolca város és a MÁV pedig egy szerződés előkészítésén dolgozott, melynek értelmében a 004 a sorozat leállítása után is abban a városban maradt volna, amely közel két évtizedig volt a sorozat otthona. A mozdonyt a „Tapolca” névre keresztelték; így lett a MÁV egyetlen nevet viselő dízelmozdonya (eddig csak néhány villamos vontatójárműnek adtak nevet). Ám a sors úgy hozta, hogy a gondosan ápolt és féltett mozdony két év múlva egy balesetnek esett áldozatul. Badacsonylábdihegytől nem messze a vihar egy elöregedett fát döntött ki, melybe a vonat, a 004-gyel az élén, 80 km/órás sebességgel rohant bele. Több kocsival együtt a mozdony is kisiklott és főkerete helyreállíthatatlan károkat szenvedett, így nem lehetett már szó üzemképes megőrzéséről. A baleset után sebtében megtizedelték a pálya melletti fákat, de ez nyilván nem támaszthatta fel a 004-et. Annak reménye is hamar szertefoszlott, hogy az illetékesek nem feledkeznek meg az aláírás előtt álló szerződésről. Az elveszett nosztalgiagép pótlására a 020-at festették át csíkosra a baleset után néhány hónappal, ám Tapolca számára a 020 már nem vehette át a 004 egykori tervezett szerepét. A 004 motorja sértetlenül túlélte a balesetet és megmaradhatott volna egy másik mozdony tartalék motorjaként, ha – ismét a szokásos rövidlátó módon – nem rendelik el a motor szétvágását. 1999 végén a még mindig Tapolcán őrzött 004 egyik vezetőállását leválasztották és Budapestre vitték, hogy helyreállítása után a Közlekedési Múzeum előtt állítsák ki.

És végül eljött az utolsó év. 2000 márciusában a MÁV Nosztalgia Kft. átvette az M61 001-et. Mivel a gép egy ideje már nem üzemelt és két vontatómotorja hiányzott, a MÁV vezetősége elrendelte, hogy az egyébként kifogástalanul üzemelő M61 019-től rabolják el forgóvázait; mindezt annak ismeretében, hogy az Északi Járműjavítóban még voltak javítható vontatómotorok. Az eközben külsőleg felújított és csíkosra festett M61 001 bemutatkozása azonban – egy NOHAB-tól szokatlan módon – motorhibával kezdődött. Így aztán az év nyarán, szinte titokban, a 002 is Budapestre került, hogy alapos kifosztásával pótalkatrészeket nyerjenek, többek között a 001 motorjához; mindössze néhány hónappal azután, hogy a 004 motorját értelmetlenül elpusztították! Így tehát az első rohamot Tapolcán csak három gép élte túl működőképesen: a 006, a 010 és a 020. Az utolsó nyarat még mindhárman végigdolgozták a Balaton partján és ősszel is sokáig fel-felhangzott a NOHAB-ok dallamos éneke; igaz, már egyre ritkábban. Legtovább a sorozat utolsó mozdonya, a 020 maradt üzemben. Egészen december végéig dolgozott, mígnem gondosan karácsony előttre időzítve, a NOHAB-ok csodálóinak és kedvelőinek óriási fájdalmára, elrendelték a sorozat végleges leállítását.

Az utolsó menetrend szerinti NOHAB-os vonat a 2000. december 21-én közlekedő 974 volt, melyet az M61 020 vitt Székesfehérvár és Tapolca között, hogy aztán Celldömölkig egy M41-es vigye tovább. Legalább úgy fejeződött be a pályafutásuk, ahogyan elkezdődött; egy gyorsvonattal – három és fél évtizedes pályafutásuk elején leginkább így láthattuk őket. A következő reggelen a négy Tapolcán maradt mozdony (az M61 019 10 hónapja üzemképtelenül, a 006 és a 010 napok-hetek óta leállítva, valamint az egyedül üzemképesen maradt 020) megindult Budapest felé. A 020 néhol 100 km/órával vontatta három korábban leállított testvérét a főváros felé, ahol, miután jóformán kiűzték a tapolcai személyzetet a vezetőállásról, a Nosztalgia Kft-hez vitték őket „átmeneti tárolásra”.

Jelenleg néhány megmaradt M61-es még mindig nem érezheti magát nagyobb biztonságban, mint Schrödinger macskája. Az újrafestett és üzemképessé tett M61 001, valamint 020 a MÁV Nosztalgia Kft-nek termel profitot (ez a két gép MÁV-tulajdonban maradt), míg a 006 és 019 a kft. saját tulajdona (mindketten többé-kevésbé üzemképesen). A halál torkából tapolcai segítséggel kiragadott 017 még jóval korábban megmenekült (a mozdonyt „eldugták” a selejtezési bizottság elől; vonatot továbbíttattak vele) és a pályafenntartáshoz került, ahol immár befejezett felújítása után elsősorban mérőkocsikat továbbít, új pályaszáma 2761 017-9. Az M61 010 alapítványunkhoz, és ezáltal azoknak a vasútbarátoknak a kezébe került, akik eddig is sok áldozatot hoztak, hogy egyengessék a gép útját a túlélés felé. Az egyetlen, még ma is veszélyben levő gép a 002, mióta budapesti fogsága alatt alkatrészeivel együtt attól a reménytől is megfosztották, hogy bármikor újra működőképes mozdony váljék belőle. Nem volna még lehetetlen legalább külsőleg helyreállítani és valahol kiállítani, ha nem hiányozna ehhez az illetékesek jóindulata. Hogy a 002 élve kerül-e ki a hatalom és az érdekek viharából, azt nehezen lehetne előre megmondani. De még ha a legrosszabb is jönne, legalább azzal vigasztalhatjuk magunkat, amit egy tapolcai mozdonyvezető mondott azután, hogy közel húsz évig dolgozott a NOHAB-okon:

„Lehet, hogy elvitték a gépeinket, de azt a húsz évet, amit a gépek adtak, soha nem tudják elrabolni.”